Geri Dön

Meme kanserinde circular RNA ve RNA bağlayıcı protein etkileşimlerinin in silico analizi

In silico analysis of circular RNA and RNA binding protein interactions in breast cancer

  1. Tez No: 945141
  2. Yazar: NİL LEVENT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Onkoloji, Genetics, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: meme kanseri, circRNA, RBP, in silico analiz, TCGA-data, breast cancer, circRNA, RBP, in silico analysis, TCGA-data
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

Circular RNA'lar (circRNA), lineer RNA'lardan farklı olarak dairesel yapıda olan ve son yıllarda gen düzenleme, RNA stabilitesi ve translasyon gibi birçok hücresel süreçte görev aldığı gösterilen kodlanmayan RNA molekülleridir. Hücre içindeki yapıları sayesinde çeşitli proteinleri bağlayabilme yetenekleri bulunan circRNA'lar, özellikle RNA bağlayıcı proteinler (RBP) ile de etkileşimler kurmaktadır. Çalışmamızda, circRNA RBP etkileşimlerinin potansiyel etkileşimleri meme kanseri için değerlendirilmiştir. İlk olarak tümör ve normal meme dokuları arasında anlamlı şekilde farklı eksprese edilen 11 adet gen belirlenmiş, ardından bu genler circRNA'lar ilişkilendirilmiştir. 2 genden toplam 7 tane circRNA tespit edilmiştir. Bu circRNA'ların RBP'lerle olası bağlanmaları biyoinformatik yöntemlerle analiz edilmiştir. Anlamlı etkileşime sahip RBP'ler seçilerek protein–protein etkileşim ağları kurulmuş ve işlevsel zenginleştirme analizleriyle biyolojik süreçlerdeki rolleri araştırılmıştır. Elde edilen bulgular, bazı circRNA'ların RBP'lerle güçlü etkileşimler kurarak hücre dışı yapı organizasyonu ve kanserle ilişkili sinyal yolaklarında yer aldığını göstermektedir. Bu durum, belirli circRNA'ların sadece RNA parçaları değil, aynı zamanda tümör gelişiminde etkili olabilecek aktif düzenleyiciler olduğunu düşündürmektedir. Çalışma, circRNA–RBP etkileşimlerinin meme kanseri biyolojisinde önemli olabileceğini ortaya koymakta ve bu moleküllerin tanı ya da tedavi süreçlerinde değerlendirilebileceğini önermektedir.

Özet (Çeviri)

Circular RNAs (circRNAs) are a group of non-coding RNAs that differ from linear RNAs in that they form a closed loop structure. In recent years, they have been shown to play roles in various cellular processes such as gene regulation, RNA stability, and translation. Thanks to their circular shape, circRNAs can bind to different proteins within the cell, especially RNA-binding proteins (RBPs), and can take part in important molecular interactions. In this study, potential circRNA–RBP interactions were investigated in the context of breast cancer. First, 11 genes that were significantly differentially expressed between tumor and normal breast tissue samples were identified. Then, these genes were linked to circRNAs, and a total of 7 circRNAs originating from 2 of these genes were detected. The possible binding of these circRNAs to RBPs was analyzed using bioinformatics tools. RBPs showing strong interaction potential were selected, and protein–protein interaction networks were constructed. Their roles in biological processes were then explored through functional enrichment analyses. The findings suggest that certain circRNAs may establish strong interactions with RBPs and may be involved in extracellular structure organization and cancer-related signaling pathways. This implies that circRNAs are not merely passive RNA fragments but can also act as active regulators that influence tumor development. Overall, the study highlights the potential role of circRNA–RBP interactions in breast cancer biology and suggests that these molecules may be considered in future diagnostic or therapeutic strategies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    884025

    Kurkuminin CDR1as/mir-7-5p/hedef genleri aracılığıyla meme kanseri hücrelerine etkisinin araştırılması

    Investigation of curcumin effect on breast cancer cells through CDR1as/mir-7-5p/target genes

    ASMAA M.H. ABUAISHA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genel Cerrahiİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK

    DR. MURAT KAYA

  2. Tez No

    911487

    Meme kanserinde hsa_circ_0001546 ve hsa_circ_0025244'ün ekspresyon analizi ve circrna/mirna/gen aksislerinin in silico yöntemler ile araştırılması

    Expression analysis of hsa_circ_0001546 and hsa_circ_0025244 in breast cancer and investigation of circrna/mirna/gene axes via in silico methods

    FAHRÜNNİSA ABANOZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. ŞÜKRÜ ÖZTÜRK

    DOÇ. DR. İLKNUR SUER

  3. Tez No

    946976

    Meme kanserinde gprc5a gen ekspresyonunun circGPRC5A aracılı düzenlemesinin araştırılması

    Investigating circGPRC5A-mediated regulation of GPRC5A gene expression in breast cancer

    ESTHEFANY YARLUZ SOUQUETT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    BiyolojiBursa Uludağ Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF UZ YILDIRIM

  4. Tez No

    922741

    Kodlanmayan rna'ların meme kanseri moleküler subtipleri ile ilişkisi

    The association of non-coding rnas with breast cancer molecular subtypes

    SİBEL GÖÇMEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Tıbbi BiyolojiPamukkale Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELDA ŞİMŞEK

  5. Tez No

    924018

    Meme kanseri hastalarında sirküler RNA seviyelerinin belirlenmesi

    Determination of circular RNA levels in breast cancer patients

    ŞENOL ENDER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genel Cerrahiİstanbul Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SÜLEYMAN BADEMLER

Geri Dön