Veri tabanı filtreleme teknolojisi ile dizayn edilen TOAP2 türevinin (LI-15) patojen mikroorganizmalara karşı etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of TOAP2 derivative (LI-15) designed with database filtering technology against pathogeneic microorganisms
- Tez No: 946616
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞENUR YAZICI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erzurum Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Antimikrobiyal peptitler (AMP), doğuştan gelen bağışıklık sisteminin önemli bileşenlerinden biri olup; bakteriler, funguslar, bitkiler ve hayvanlar tarafından sentezlenen, geniş antimikrobiyal spektruma sahip küçük moleküllerdir. Antibiyotik direncinin küresel sağlık açısından ciddi bir tehdit haline gelmesi, yeni ve etkili antimikrobiyal ajanlara duyulan ihtiyacı artırmıştır. Bu doğrultuda AMP'ler, alternatif biyolojik ajanlar olarak ön plana çıkmaktadır. Ancak doğal AMP'lerin toksisite ve stabilite gibi sınırlayıcı özellikleri, sentetik olarak tasarlanan peptitlere olan ilgiyi artırmıştır. Son yıllarda gelişen biyoinformatik yaklaşımlar, hedefe yönelik, düşük toksisiteli ve yüksek etkinlikte AMP'lerin rasyonel tasarımına olanak sağlamaktadır. Bu çalışmada,“veri tabanı filtreleme teknolojisi”kullanılarak AMP tasarımı gerçekleştirilmiş ve antibiyofilm özellik gösteren ToAP2 peptidi analiz edilerek LI-15 peptidi tasarlanmıştır. LI-15'in antimikrobiyal, antibiyofilm ve sitotoksik özellikleri in vitro koşullarda değerlendirilmiş, sekonder yapısı FTIR ve CD spektroskopisi ile karakterize edilmiştir. Antimikrobiyal aktivitesi mikrodilüsyon ve öldürme kinetiği ile; antibiyofilm etkisi kristal viyole testi ve SEM analizleri ile test edilmiştir. Sitotoksisite analizi, insan fibroblast hücre hattı (HDFa) kullanılarak MTT ve LDH testleriyle yapılmıştır. Ayrıca, LI-15'in biyofilm oluşumuyla ilişkili virülens genleri üzerindeki etkisi qRT-PCR ile analiz edilmiştir. Sonuç olarak, ilk kez tasarlanan LI-15 peptidinin antimikrobiyal ve antibiyofilm etkiler gösterdiği, ayrıca düşük sitotoksisite profiline sahip olduğu belirlenmiştir. Bu bulgular, LI-15'in yeni bir antibiyofilm peptit adayı olduğunu önermektedir.
Özet (Çeviri)
Antimicrobial peptides (AMPs) are important components of the innate immune system and are small molecules with a broad antimicrobial spectrum synthesized by bacteria, fungi, plants, and animals. The emergence of antibiotic resistance as a serious global health threat has increased the need for novel and effective antimicrobial agents, positioning AMPs as promising alternative biological molecules. However, certain limitations of natural AMPs, such as toxicity and stability, have increased interest in synthetically designed peptides. Recent advances in bioinformatics have enabled the rational design of AMPs with target specificity, low toxicity, and high efficacy. In this study, an AMP was designed using“database filtering technology,”and the antibiofilm peptide ToAP2 was analyzed to design a novel derivative, LI-15. The antimicrobial, antibiofilm, and cytotoxic properties of LI-15 were evaluated in vitro, and its secondary structure was characterized using FTIR and CD spectroscopy. Antimicrobial activity was tested via microdilution and time-kill kinetics assays, while antibiofilm activity was assessed using crystal violet staining and SEM analysis. Cytotoxicity was evaluated using MTT and LDH assays with human fibroblast (HDFa) cells. Additionally, the effect of LI-15 on biofilm-related virulence genes was analyzed by qRT-PCR. The results demonstrated that LI-15, designed for the first time through a bioinformatic approach, exhibited antimicrobial and antibiofilm activity under in vitro conditions and had a low cytotoxicity profile. These findings suggest that LI-15 is a promising candidate as a novel antibiofilm peptide.
Benzer Tezler
- ATM networks and ATM switching architectures
ATM (Asenkron transfer modu) ağları ve ATM seçici mimarileri
TOLGA AÇIKÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BÜLENT ÖRENCİK
- Tek katlı ince filmlerin optik özelliklerinin Swanepoel modeli ile belirlenmesi için yazılım geliştirilmesi
Development of a Swanepoel model based software for determination of the optical properties of single layer thin films
ÇAĞRI KÖSE
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Fizik ve Fizik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDULLAH CEYLAN
- 3D object recognition from range images
Derinlik görüntülerinde 3 boyutlu nesne tanımlama
FATİH İZCİLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR HALICI
- Sanal kablosuz duyarga ağ tabanlı bir dağıtık-paralel siber fiziksel sistem tasarımı
Design of a distributed-parallel cyber physical system based on virtual wireless network
GÜNGÖR YILDIRIM
Doktora
Türkçe
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YETKİN TATAR
- UWB based drone localization for autonomous landing systems
Otonom iniş sistemleri için UWB tabanlı drone konumlandırma
ŞENER YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ÖNCÜ