Geri Dön

İntragenik antimikrobiyal peptid türevlerinin karakterizasyonu, tek ve çift türlü biyofilm oluşumu üzerine etkilerinin incelenmesi

Characterization and investigation of intragenic antimicrobial peptide derivatives against mono and dual-species biofilm formation

  1. Tez No: 946617
  2. Yazar: GÜLER TUBA BUĞDACI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞENUR YAZICI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erzurum Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 123

Özet

Çoğu enfeksiyon türü, özellikle kronik enfeksiyonlar, polimikrobiyal kökenlidir ve bu tür enfeksiyonlarda birden fazla mikroorganizma etkileşim hâlinde rol oynamaktadır. Staphylococcus aureus ve Pseudomonas aeruginosa, kronik polimikrobiyal enfeksiyonlarda etkileşimleri iyi bilinen iki önemli bakteriyel patojendir. Yapılan çalışmalar, bu iki bakterinin in vivo birlikte bulunmasının hastalık seyri üzerinde etkili olduğunu göstermektedir. Bu tez çalışmasında, S. aureus ve P. aeruginosa'nın birlikte çift türlü biyofilm oluşturabilmesi için uygun bir besiyeri ortamı belirlenmiş ve çift türlü biyofilm oluşumu gram boyama, taramalı elektron mikroskobu (SEM) ve floresan mikroskopisi gibi mikroskobik yöntemlerle doğrulanmıştır. Veritabanı filtreleme teknolojisi kullanılarak APD3 veritabanında yer alan antimikrobiyal peptitler arasından seçilen Hs02 peptidinden yola çıkarak yeni türevler (VR-10 ve GV-13) tasarlanmıştır. Bu antibiyofilm peptitler HPLC ile saflaştırılmış ve MS ile doğrulaması yapılmıştır. Saflaştırılan peptitlerin karakterizasyonu ise CD spektroskopisi ve FTIR ile gerçekleştirilmiştir. Karakterizasyonun ardından, peptitlerin hem tek hem de çift türlü biyofilm modellerine karşı antimikrobiyal ve antibiyofilm aktiviteleri değerlendirilmiş, biyofilm yapıları ve hücre morfolojileri SEM ve floresan mikroskopisi ile incelenmiştir. Ayrıca, bu peptitlerin bakteri hareketliliği üzerindeki etkileri ve hücre canlılığı üzerindeki etkileri de analiz edilmiştir. Virülansla ilişkili genlerin (icaA, hla, agrA, blaZ, pbp2a, lasB, pilA, algD ve oprL) ekspresyon seviyelerindeki değişiklikler kantitatif gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR) yöntemi ile belirlenmiştir. Ayrıca, MTT testi ile peptitlerin sitotoksik etkileri ve hemoliz testi ile hemolitik aktiviteleri değerlendirilmiş; her iki peptidin de güvenli olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, biyoinformatik analizler sonucu potansiyel antibiyofilm aktivitesi gösterdiği öngörülen VR-10 ve GV-13 peptitlerinin, antimikrobiyal özellikleri ile birlikte tek ve çift türlü biyofilm modellerine karşı etkili olabilecek yeni adaylar olduğu ortaya konmuştur.

Özet (Çeviri)

Most types of infections, especially chronic infections, are of polymicrobial origin, and multiple microorganisms play a role in such infections. Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa are two important bacterial pathogens whose interactions are well known in chronic polymicrobial infections. Studies show that the coexistence of these two bacteria in vivo has an effect on the course of the disease. In this thesis study, a suitable medium was determined for S. aureus and P. aeruginosa to form a dual-species biofilm together, and the formation of the dual-species biofilm was confirmed by microscopic methods such as gram staining, scanning electron microscopy (SEM) and fluorescence microscopy. New derivatives (VR-10 and GV-13) were designed based on the Hs02 peptide selected from the antimicrobial peptides in the APD3 database using database filtering technology. These antibiofilm peptides were purified by HPLC and confirmed by MS. The characterization of the purified peptides was performed by CD spectroscopy and FTIR. After characterization, the antimicrobial and antibiofilm activities of the peptides against both single and double biofilm models were evaluated, and their biofilm structures and cell morphologies were examined by SEM and fluorescence microscopy. In addition, the effects of these peptides on bacterial motility and cell viability were also analyzed. Changes in the expression levels of virulence-associated genes (icaA, hla, agrA, blaZ, pbp2a, lasB, pilA, algD and oprL) were determined by quantitative real-time PCR (qRT-PCR) method. In addition, the cytotoxic effects of the peptides were evaluated by MTT test and their hemolytic activities were evaluated by hemolysis test; both peptides were found to be safe. As a result, it has been revealed that the peptides VR-10 and GV-13, which are predicted to show potential antibiofilm activity as a result of bioinformatic analyzes, are new candidates that can be effective against single and double type biofilm models with their antimicrobial properties.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    752114

    Geniş spektrumlu beta - laktamaz üreten klebsıella pneumonıae izolatlarının rep - PCR genomik parmak izi tekniği kullanılarak moleküler tiplendirilmesi

    Molecular typing of extended -spectrum beta-lactamase-producing klebsiella pneumonia isolates using rep-PCR genomic fingerprinting technique

    NIHAD SHAHADHA ABED ABED

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyomühendislikKırşehir Ahi Evran Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERGİN KARİPTAŞ

  2. Tez No

    409908

    Sinop ili topraklarından izole edilen pseudomonas türlerinin moleküler karakterizasyonu

    Molecular characterization of Pseudomonas species isolated from soil of si̇nop provinces

    NUR ALTINDAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiSinop Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMET BERBER

  3. Tez No

    496434

    Investigation of the possible effect of intragenic MEFV gene CpG island methylation on mRNA transcription and pyrin localization

    MEFV geni intragenik CpG adacığı metilasyonunun mRNA transkripsiyonu ve pyrin lokalizasyonu üzerindeki olası etkisinin araştırılması

    GÖKÇE ERDEM

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  4. Tez No

    60204

    Kromozom 7q2.1-q3.1'de yer alan TUB 9 ve TUB 20 DNA polimorfizmlerinin sağlıklı Türk toplumunda incelenmesi

    Analysis of TUB 9 and TUB 20 DNA polymorphisms on chromosome 7q 2.1-q3.1 in healthy Turkish population

    ASLI ÜMMÜS BAHADIRLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET KART

  5. Tez No

    164682

    Spinal misküler atrofi hastalarında SMN geni ekzon 7 ve 8'in moleküler analizi

    Molecular analysis of exon 7 and 8 of SMN gene spinal muscular atrophy patients

    SABRİYE KOCATÜRK SEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Tıbbi BiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. HALİL KASAP

Geri Dön