Over kanseri transkriptom verisinde paklitaksel direnci ile ilişkili genlerin araştırılması
Investigation of genes associated with paclitaxel resistance in ovarian cancer transcriptome data
- Tez No: 951562
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEREN SUCULARLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Onkoloji, Biology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Biyoinformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Over kanseri, jinekolojik maligniteler arasında en yüksek mortalite oranına sahip olup çoğu hasta tanı anında ileri evrededir. Standart tedavi cerrahi müdahale ve platin-taksan temelli kemoterapiyi içermekle birlikte, zamanla gelişen kemoterapi direnci tedavi etkinliğini azaltmakta ve sağkalımı olumsuz etkilemektedir. Bu tez çalışmasında, paklitaksele karşı gelişen direncin moleküler temellerini aydınlatmak amacıyla, paklitaksele duyarlı ve dirençli over kanseri hücre hatları (OVCAR3, SKOV3, TOV21G) karşılaştırılarak farklı gen ifadesi analizi yapılmıştır. GEO veri tabanından elde edilen transkriptom verileri kullanılarak üç hücre hattında ortak olarak ifadesi değişen 34 gen saptanmıştır. Bu genlere yönelik yapılan GO, KEGG ve PPI analizleri sonucunda, paklitaksel direncinin immün yanıt, lipid metabolizması, damar gelişimi ve ekstraselüler matriks organizasyonu gibi süreçlerle ilişkili olduğu saptanmıştır. Özellikle ABCB1, IL6, CXCL8, MCAM, CMPK2 ve PSMB9 gibi genler merkezi konumda bulunmuş ve bazıları sağkalım ile ilişkilendirilmiştir. Bu bulgular, paklitaksel direncinin çok yönlü ve karmaşık mekanizmalarla geliştiğini ortaya koymakta olup ilgili genlerin potansiyel biyobelirteç ve tedavi hedefleri olarak değerlendirilmesinin önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Ovarian cancer has the highest mortality rate among gynecological malignancies, with most patients being diagnosed at an advanced stage. Although the standard treatment consists of surgical intervention combined with platinum-taxane-based chemotherapy, the development of chemoresistance over time reduces treatment efficacy and negatively affects survival. In this thesis study, to elucidate the molecular mechanisms underlying paclitaxel resistance, differential gene expression analysis was performed by comparing paclitaxel sensitive and resistant ovarian cancer cell lines (OVCAR3, SKOV3, TOV21G). Based on the analysis of transcriptome data obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO), 34 genes were found to be commonly differentially expressed in all three cell lines. GO, KEGG, and PPI analyses of these genes revealed that paclitaxel resistance is associated with biological processes such as immune response, lipid metabolism, angiogenesis, and extracellular matrix organization. Genes including ABCB1, IL6, CXCL8, MCAM, CMPK2, and PSMB9 were found as hub genes in the network, and some were associated with survival. These findings demonstrate that paclitaxel resistance develops through multifaceted and complex mechanisms and highlight the importance of considering these genes as potential biomarkers and therapeutic targets.
Benzer Tezler
- Development and application of novel machine learning approaches for RNA-seq data classification
RNA dizileme verilerinin siniflandirilmasinda yeni makine öğrenimi yaklaşimlarinin geliştirilmesi ve uygulanmasi
GÖKMEN ZARARSIZ
Doktora
İngilizce
2015
BiyoistatistikHacettepe ÜniversitesiBiyoistatistik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDEM KARABULUT
DOÇ. DR. AHMET ÖZTÜRK
- Molecular effects of plant-based drugs on breast cancer by mapping transcriptome data on protein-protein interactions
Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanmasıyla bitkisel ilaçların meme kanserine moleküler etkilerinin araştırılması
RONALD REGAN ODONGO
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASUMAN DEMİROĞLU ZERGEROĞLU
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Identification of long non-coding RNAs overcoming tamoxifen resistance in estrogen receptor alpha positive breast cancer
Östrojen reseptörü alfa pozitif meme kanserinde tamoksifen direncini kıran uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
HİLAL BAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ÖZGÜR ŞAHİN
- Ekstrasellüler genom materyallerinin meme kanseri üzerine etkisi
The effect of extracellular genome materials on breast cancer
BÜŞRA YAŞA ÇEVİK
- Küçük ısırgan otunun (Urtica urens) prostat kanseri üzerine etkisinin moleküler mekanizmalarının araştırılması
Investigating the molecular mechanisms of the effects of dwarf nettle (Urtica urens) on prostate cancer
GÜLSÜM TERZİOĞLU
