Salisiliden temelli schiff bazlarının bazlık kuvvetleri ve tümör ilişkili proteinlerle etkileşiminin hesapsal yöntemlerle araştırılması
Investigation of the basicity of salicylidene-based schiff bases and their interactions with tumor-associated proteins using computational methods
- Tez No: 958125
- Danışmanlar: DOÇ. SULTAN ERKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Salisiliden radikaline fenilimino, 2-metilfenilimino, 2-nitrofenilimino, 2-klorofenilimino, 2,6-dimetilfenilimino, 2,6-dinitrofenilimino, 2,6-diklorofenilimino, 2,6-dimetoksifenilimino, metilimino, izopropilimino, klorimino ve etilimino grupları bağlanarak HL1-HL12 Schiff bazları dizayn edildi. HL1, HL2 ve HL4 Schiff bazlarının deneysel olarak belirlenmiş olan bazlık sabitleri çeşitli seviyelerde hesaplandı, kıyaslama analizi yapıldı ve B3LYP/6-31G(d) seviyesi optimal seviye olarak belirlendi. HL1-HL12 Schiff bazları B3LYP/6-31G(d) seviyesinde optimize edildi. IR ve NMR spektrumları hesaplandı. Schiff bazların temel durum moleküler yapıları optimize yapılardan elde edilen IR gerilme frekansları, 1H-NMR ve 13C-NMR kimyasal kayma değerlerinden karakterize edildi. HL1-HL12 Schiff bazlarının sulu faz optimizasyonundan bazı moleküler tanımlayıcıları ve bazlık sabitleri ve gaz faz optimizasyonundan proton ilgileri hesaplandı. Schiff bazların pKb değerleri ile HOMO enerjileri ve proton ilgileri arasında hemen hemen doğrusal ve ters orantılı bir ilişki olduğu bulundu. Schiff bazlar MCF-7 ve A549 hücre hatlarında PDB kodları 3HY3 ve 1M17 olan protein zincirlerine docklandı ve onların doking pozları, bağlanma enerjileri (BE), etkileşim enerjileri (İE) ve toplam etkileşim enerjileri (TIE) hesaplandı. Bazlık kuvveti ile antitümör aktiflik arasında bir ilişki olup olmadığını araştırmak için Schiff bazların pKb değerlerine karşı BE, IE ve TIE grafikleri çizildi. pKb değeri yüksek olan Schiff bazların antitümör aktifliğinin genel olarak yüksek olduğu bulundu. Ancak pKb değeri ile antitümör aktivite arasında doğrusal bir ilişki olmadığı belirlendi.
Özet (Çeviri)
HL1-HL12 Schiff bases were designed by attaching phenylimino, 2-methylphenylimino, 2-nitrophenylimino, 2-chlorophenylimino, 2,6-dimethylphenylimino, 2,6-dinitrophenylimino, 2,6-dichlorophenylimino, 2,6-dimethoxyphenylimino, methylimino, isopropylimino, chlorimino and ethylimino groups to the salicylidene radical. Experimentally determined basicity constants of HL1, HL2 and HL4 Schiff bases were calculated at various levels, comparison analysis was performed and B3LYP/6-31G(d) level was determined as the optimal level. The HL1-HL12 Schiff bases were optimized at the B3LYP/6-31G(d) level. IR and NMR spectra were calculated. The ground state molecular structures of Schiff bases were characterized from IR stretching frequencies, 1H-NMR and 13C-NMR chemical shift values obtained from the optimized structures. Some molecular descriptors and basicity constants from aqueous phase optimization of HL1-HL12 Schiff bases and proton affinities from gas phase optimization were calculated. It was found that there is an almost linear and inversely proportional relationship between the pKb values of Schiff bases and their HOMO energies and proton affinities. Schiff bases were docked to protein chains with PDB codes 3HY3 and 1M17 in MCF-7 and A549 cell lines and their docking poses, binding energies (BE), interaction energies (IE) and total interaction energies (TIE) were calculated. In order to investigate whether there is a relationship between basicity strength and antitumor activity, BE, IE and TIE graphs were drawn against pKb values of Schiff bases. It was found that the antitumor activity of Schiff bases with high pKb values was generally high. However, it was determined that there was no linear relationship between pKb value and antitumor activity.
Benzer Tezler
- Demir şelatlayıcı salisiliden asilhidrazid grubu sentetik bileşiklerin kanserli hücrelerin proliferasyonu üzerindeki etkisinin nöroblastoma hücrelerinde incelenmesi
Analysis of the effect of iron chelating salicylidene azilidrazi group synthetic compounds on proliferation of cancer cells in neuroblastoma cells
SÜLEYMAN ARZIMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Moleküler TıpMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL YILDIZ
- Investigation of thermal decomposition kinetics of Cr, Mo and W hexacarbonyl complexes of the schiff base salicylidene -3-amino-1, 2, 4-triazole using thermogravimetric methods
Salisilinden-3-amino-1, 2, 4-trizol schiff bazının Cr, Mo ve W hekzakarbonilleri ile verdiği komplekslerin ısısal bozunma kinetiğinin termogravimetrik olarak incelenmesi
GÜLDEN GÜNSEVER
- 2-Salisiliden amino-4,5-tetrametilen-3-siyanotiyofen bileşiğinin kristal yapısı ve direk yöntemler
Başlık çevirisi yok
H.GÜL COŞKUN
- N- salisiliden-L-sisteinin demir, kobalt, nikel, bakır ve çinko komplekslerinin kararlılık sabitlerinin potansiyometrik yöntemle tayini
The Determination of stability constants of N-salicylidene-L-cysteine iron, cobalt, nickel, copper and zinc complexes by potentiometric method
AYŞEN KURT
- N-Salisiliden -L- asparaginin krom, mangan, demir, kobalt, nikel, bakır ve çinko komplekslerinin kararlılık sabitlerinin potansiyometrik yöntemle tayini
The Determination of stability constants of N- salicylidene -L- asparagine chromium, manganase, iron, cobalt nickel, copper and zinc complexes by potentiometric method
HÜLYA DEMİRCAN
