Bağdat– Irak'ta vajinal candidasısde izole edilen candida albicans izolatlarının bazı virülanslı genlerinin tüm genom sekanslama yöntemine dayalı karşılaştırmalı genomik analizi üzerine araştırmalar
Investigations in to whole-genome sequence based comparative genomic analysis of some virulence-associated genes of candida albicans isolates from vaginal candidasis in Baghdad-Iraq
- Tez No: 963887
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKER ŞİMŞEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Candida albicans, Tüm genom sekanslama, Genomik analiz, Candida albicans, Whole genome sequencing, Genomic analysis
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, Irak'ta kadınlarda vulvovajinite neden olan en büyük etken olan patojen C. albicans'ın prevalansını araştırmayı amaçlamıştır. Bunun için moleküler epidemiyolojik bir çalışma yapılmıştır. Çalışma, Irak'taki dış kliniklerden ve İmam Hüseyin Eğitim Hastanesi'den, 7/12/2020-3/5/2021 tarihleri arasında, vulvovajinit hastası farklı yaşlardaki elli kadını kapsamaktadır. Elli vajinal örnekten ikisi, seçici diferansiyel Candida besiyeri yani HiChromAgar üzerinde farklı kolonyal morfolojilerine göre C. albicans'ın varlığını gösterdi. Ek olarak, bu iki suşun ışık mikroskobu altında incelenmesi, Candida spp.'nin tipik morfolojik özelliklerini ortaya çıkardı. Gram boyama kullanarak HiChromAgar üzerinde C. albicans olarak varsayılan tanımlamaya sahip iki açık yeşil koloninin, VITEK®2 sisteminin sonuçlarına göre C. albicans olduğu kanıtlanmıştır. Araştırma kapsamındaki quest C. albicans suşlarının moleküler tanımlaması, C. albicans'ı albicans olmayan Candida spp.'den ayıran 175 bp'lik farklı bir bant boyutuna sahip CAL5 ve NL4CAL adlı spesifik bir C. albicans primer seti kullanılarak doğrulandı. şüpheli iki suş, C. albicans suşu Vag-1 ve C. albicans suşu Vag-2 olarak belirlendi. Moleküler epidemiyoloji açısından, iki C. albicans suşu Vag-1 ve Vag-2, MLST (Multilokus sekans tiplendirme) yaklaşımı kullanılarak bir suş düzeyinde tiplendi. PubMLST veri tabanında yayınlanan şema, korunan housekeeping genlerini kodlayan yedi konsensüs lokusu kullanıldı: AAT1a, ACC1, SYA1, MP1b, ZWF1b, VPS13 ve ADP1. İki şüpheli C. albicans suşunun MLST tiplemesinin sonuçları, iki yeni C. albicans suşunun var olma olasılığını ortaya çıkarabilir. 2021, 104 sayfa
Özet (Çeviri)
This work aimed to study the prevalence of the pathogen C. albicans, the most causative agent of vulvovaginitis in women, among female patients suffering from vulvovaginitis in Iraq. To answer this question, a molecular epidemiological study was conducted. The study encompassed fifty women of different ages suffering from vulvovaginitis, collected from external clinics, Imam Hussein Theaching hospital, Iraq from 7/12/2020, to 3/5/2021. Two out of fifty vaginal samples showed the presence of C. albicans according to their distinct colonial morphology on the selective differential Candida medium namely HiChromAgar. Additionally, the examination of these two strains under light microscope did reveal the typical morphological features of Candida spp. using Gram-stain. The two light green colonies of with presumptive identification as C. albicans on HiChromAgar was proved to be C. albicans based on the results of VITEK®2 system. The molecular identification of the quest C. albicans strains under study was further confirmed using a specific C. albicans primer set namely CAL5 and NL4CAL with a distinct band size of 175 bp discriminating C. albicans from non-albicans Candida spp. The two questionable strains were designated as C. albicans strain Vag-1 and C. albicans strain Vag-2. From the molecular epidemiology point of view, the two C. albicans strains Vag-1 and Vag-2 were typed on a strain level using the approach namely MLST (Multilocus Sequence Typing). The scheme published in the PubMLST database was employed using a seven consensus loci encoding for conserved house-keeping genes namely: AAT1a, ACC1, SYA1, MP1b, ZWF1b, VPS13, and ADP1. The results of MLST typing of the two questionable C. albicans strains might reveal the likely of the presence of two novel C. albicans strains. 2021, 104 page
Benzer Tezler
- Irak\Bağdat'ta pfizer ve sinopharm COVID-19 aşıları öncesi ve sonrası immünolojik ve hematolojik belirteçler
Immunological and hematological markers before and after pfizer and sinopharm COVID-19 vaccines in Iraq\Baghdad
ANWAR M. RASHEED ABDULHUSSEIN AL-JUBOURI
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN
- An experimantal study of solar chimney in Baghdad/ Iraq
Irak Bağdat'ta kurulu güneş bacası üzerinde deneysel çalışma
MOHAMMED HAMZAH AL OBAIDI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
EnerjiGaziantep ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. PROF. DR. MEHMET SAİT SÖYLEMEZ
- An investigation of the humoral immune response to mRNA COVID-19 vaccination with two doses versus three doses in Iraq/Baghdad
Irak/Bağdat'ta mRNA COVID-19 aşılamasında ikinci doza karşı üçüncü dozun humoral yanıtının araştırılması
DHURGHAM FAHAD FTAK AL-GHURAIBAWI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. Ülkünihan YAZGAN TAVŞANOĞLU
PROF. DR. AHMED SAHİB ABDULAMİR ALABDAWI
- Aesthetic trends in mass-produced crafty items in modern Iraq: A case study from Baghdad
Modern Irak'ta toplu üretilen el sanatları nesnelerinde estetik eğilimler: Bağdat'tan bir vaka çalışması
WALEED HUSSEIN ALI ALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Güzel SanatlarÇankırı Karatekin ÜniversitesiSanat ve Tasarım Ana Sanat Dalı
PROF. DR. ERSOY YILMAZ
PROF. DR. AMER SALIM OBAID ALSALLAMI
- The study of fertility hormones like AMH and FSH with vitamin E in the adult female diet in Baghdad, Iraq
Bağdat, Irak'ta yetişkin kadınlar diyetinde E vitaminli AMH ve FSH gibi doğurganlık hormonları çalışması
MUSTAFA JABBAR FLAYYIH AL-OBAIDI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEVKİ ADEM