Antik genom kullanılarak antik insan kemiği patolojilerinin tanımlanması
Identification of ancient human bone pathology using ancient genomes
- Tez No: 965233
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKER BÜYÜK, PROF. DR. EMRE KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Antropoloji, Biyoloji, Biyoteknoloji, Anthropology, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Antropolojik literatürde patolojik bulguların tanılanmasında genellikle makroskobik yöntemlere başvurulmakta, kemik üzerindeki lezyonlar yapısal özelliklerine göre sınıflandırılmaktadır. Ancak bu yaklaşım, patolojik süreçlerin özgül etkilerini ortaya koymada sınırlı kalmaktadır. Bu nedenle, klasik antropolojik tanılama pratiğinin moleküler biyoteknoloji ile desteklenmesi tanısal doğruluğun artırılması açısından büyük önem taşımaktadır. Side Antik Kenti'nde Bizans dönemine tarihlenen bir bireye ait temporal ve vertebra kemikleri üzerinde antik DNA (aDNA) analizleri gerçekleştirilmiştir. Antropolojik değerlendirmeler sonucunda, bireyin yaklaşık 18–20 yaşlarında yaşamını yitirdiği, cinsiyetinin erkek olduğu ve boyunun yaklaşık 160–165 cm olduğu belirlenmiştir. Temporal ve vertebra kemiklerinden gerçekleştirilen moleküler analizlerde hem 16S rRNA amplikon dizilemesi hem de shotgun metagenomik dizileme yöntemleri incelenmiştir. DNA izolasyonu sonrası gerçekleştirilen qPCR doğrulamasını takiben, her iki analiz yöntemi için kütüphane hazırlanmış ve dizileme Illumina platformunda gerçekleştirilmiştir. Elde edilen diziler, 16S için SILVA, shotgun için ise NCBI veri tabanlarına karşı hizalanmış; Galaxy platformunda uygulanan filtreleme adımlarıyla anlamlı patojen grupları bulunmuştur. Moleküler analizlerde, porotik yapıya sahip vertebra örneklerinde Mycobacterium tuberculosis patojenlerin yüksek frekansta tespit edilmesi, lezyonun enfeksiyon kökenli olduğuna dair moleküler düzeyde güçlü bir kanıt sunmaktadır. Morfolojik olarak herhangi bir patolojik belirti göstermeyen temporal kemiklerde de enfeksiyon etkenlerine ait moleküler izlerin saptanması, söz konusu enfeksiyonların sistemik düzeyde vücutta dolaşmış olabileceğini göstermektedir. Otantiklik analizleri (mapDamage) antik DNA'ya özgü hasar profillerini doğrulamıştır. Bu tez, moleküler paleopatolojinin, klasik antropolojik gözlemleri tamamlayarak antik toplumların enfeksiyon geçmişine dair daha özgül ve tanısal bilgiler sunabileceğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
In anthropological literature, the diagnosis of pathological findings is often based on macroscopic methods, where lesions on bone surfaces are classified according to structural characteristics. However, this approach is limited in revealing the specific causes of pathological processes. Therefore, supporting classical anthropological diagnostic practices with molecular biotechnology is of great importance in improving diagnostic accuracy.In this study, ancient DNA (aDNA) analyses were conducted on the temporal and vertebral bones of an individual dated to the Byzantine period, excavated from the ancient city of Side. Anthropological assessments revealed that the individual died at approximately 18–20 years of age, was biologically male, and had an estimated stature of 160–165 cm. Molecular analyses were performed using both 16S rRNA amplicon sequencing and shotgun metagenomic sequencing methods. Following DNA isolation and qPCR confirmation, sequencing libraries were prepared and sequenced using the Illumina platform. The resulting reads were aligned to the SILVA database for 16S data and to the NCBI reference database for shotgun data. Pathogenic taxa were identified through filtering steps applied via the Galaxy platform. Molecular results showed that Mycobacterium tuberculosis was detected at high frequency in vertebral samples with porotic structure, providing strong molecular evidence for an infectious origin of the lesion. Molecular traces of infection were also identified in the morphologically intact temporal bones, suggesting the possible systemic spread of infection throughout the body. Authenticity analyses (mapDamage) confirmed characteristic aDNA damage profiles. This study demonstrates that molecular paleopathology can complement classical anthropological observations and offer more specific and diagnostic insights into the infectious history of ancient populations.
Benzer Tezler
- Exploring the evolutionary history of anatolian neolithic sheep using modern and ancient genomics
Anadolu neolitik koyununun evrimsel geçmişinin antik ve modern genom kullanılarak incelenmesi
ERİNÇ YURTMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
DR. ÖĞR. ÜYESİ FÜSUN ÖZER
- Genotip impütasyonunun antik Anadolu insan genomlarında değerlendirilmesi
Evaluation of genotype imputation on ancient Anatolian human genomes
HANDE ÇUBUKCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLŞAH MERVE KILINÇ
- Kuzey iskandinavyalı insan örneklerinde hesaplamalı antik DNA çalışmaları
Northern scandinavian computational ancient DNA analysis
NURSEN DUHA ALİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoistatistikHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NURDAN ÖZER
DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- İnsan iskeletlerinde mitokondriyal genom analizi ve haplo-grup tayini
Mitochondrial genome analysis and haplo-group determination in human skeletons
NEFİZE EZGİ ALTINIŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Antropolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ARICAN
- Testing natural selection on polygenic trait-associated alleles in anatolia using neolithic and present-day human genomes
Anadolu'da neolitik ve günümüz insan genomlarının karşılaştırılmasıyla poligenik özelliklerle ilişkili aleller üzerinde doğal seçilim tespiti
EVRİM FER
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SOMEL