Moleküler tanı konulamamış konjenital böbrek ve üriner kanal anomalisi olan hastalarda tüm ekzom dizileme verilerinin retrospektif analizi ile aday gen tespiti
Retrospective analysis of whole exome sequencing data for candidate gene identification in patients with undiagnosed congenital kidney and urinary tract anomalies
- Tez No: 971957
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLSÜM KAYHAN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Böbrek, Böbrek hastalıkları, Ekzom dizileme, Genler, Konjenital anomaliler, Malformasyonlar, Üriner sistem, Kidney, Kidney diseases, Exome sequencing, Genes, Congenital abnormalities, Abnormalities, Urinary tract
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Konjenital böbrek ve üriner kanal anomalileri (CAKUT), böbrek ve üriner sistemin embriyonik gelişim sürecindeki bozukluklardan kaynaklanan, genetik ve klinik açıdan yüksek heterojenite gösteren bir doğumsal malformasyon grubudur. Yeni nesil dizileme yöntemlerinin yaygınlaşması, hayvan modelleri ve biyoinformatik araçların kullanımı CAKUT etiyolojisinin aydınlatılmasına önemli katkılar sağlamış olsa da olguların yaklaşık %20'si ancak moleküler tanı alabilmektedir. CAKUT genetik etiyolojisinin tespiti; hastalığın doğru sınıflandırılması, uygun klinik yönetimin planlanması ve aile bireylerine doğru genetik danışmanlık verilmesi açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmada, daha önce moleküler tanı konulamamış CAKUT olgularına ait tüm ekzom dizileme (WES) verilerinin yeniden analizi ile olası hastalık yapıcı varyantların ve aday genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen 33 olgunun WES verileri, insan ve farelerde CAKUT ile ilişkilendirilmiş genler ile üriner sistemin embriyogenezi sırasında rol alan yolaklardaki genler açısından güncel veri tabanları, literatür bilgileri ve biyoinformatik araçlar kullanılarak yeniden analiz edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, üç olguda OMIM veri tabanında herhangi bir fenotip ile ilişkilendirilmemiş olan SMAD5, TBC1D1 ve NPNT genlerinde olası aday varyantlar belirlenmiştir. İki olguda ise OMIM fenotipi bulunan ACTB ve SLC7A9 genlerinde klinik bulgularla uyumlu olduğu düşünülen olası patojenik varyantlar tespit edilmiştir. Üç olguda ise CAKUT ile ilişkilendirilmiş FRYL, BICC1 ve GREB1L genlerinde saptanan klinik önemi belirsiz varyantlar klinik bulgular doğrultusunda önceliklendirilmiştir. Bu çalışma sonucunda, moleküler tanısı olmayan CAKUT olgularında aday genlerin ve olası hastalık yapıcı varyantların belirlenmesinin, genotip-fenotip korelasyonlarının genişletilmesine katkı sağlayabileceği öngörülmektedir. Olguların güncel klinik veriler ve literatür bilgileriyle yeniden değerlendirilmesi, tanısal açıdan önem taşımaktadır. Ayrıca, böbrek ve üriner kanal gelişiminde etkili olan genlerin değerlendirilmesinin ve yeni olgu bildirimlerinin literatüre ve ileri araştırmalara katkı sunabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Congenital anomalies of the kidney and urinary tract (CAKUT) are a group of congenital malformations caused by abnormalities in the embryonic development of the kidney and urinary system, exhibiting high genetic and clinical heterogeneity. Although the widespread use of next-generation sequencing methods, animal models, and bioinformatics tools has significantly contributed to elucidating the etiology of CAKUT, approximately 20% of cases can be molecularly diagnosed. Identifying the genetic etiology of CAKUT is important for the accurate classification of the disease, planning appropriate clinical management, and providing accurate genetic counseling to family members. This study aimed to reanalyze whole-exome sequencing (WES) data from previously undiagnosed CAKUT cases to identify potential disease-causing variants and candidate genes. WES data from 33 cases included in the study were reanalyzed using current databases, relevant literature, and bioinformatics tools for genes associated with CAKUT in humans and mice and genes in pathways involved in urinary system embryogenesis. The analyses identified potential candidate variants in the SMAD5, TBC1D1, and NPNT genes, which are not associated with any phenotype in the OMIM database, in three cases. In two cases, potential pathogenic variants were identified in the ACTB and SLC7A9 genes, which have OMIM-associated phenotypes, consistent with the clinical findings. Additionally, VUS variants identified in the FRYL, BICC1, and GREB1L genes associated with CAKUT in three cases were prioritized based on clinical findings. In conclusion, this study suggests that the identification of candidate genes and potential disease-causing variants in CAKUT cases without a molecular diagnosis may contribute to the expansion of genotype-phenotype correlations. Re-evaluation of the cases with current clinical data and literature information is diagnostically important. Furthermore, it is thought that the evaluation of genes involved in kidney and urinary tract development and the reporting of new cases will contribute to the literature and support future research
Benzer Tezler
- Kronik ishalli çocuklarda karbonhidrat malabsorbsiyon sıklığının araştırılması
Investigation of the frequency of carbohydrate malabsorption in children with chronic diarrhea
EMRE KIYMIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGaziantep ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET BAŞTÜRK
- Gençlikte başlayan erişkin tip diyabet (MODY) ile ilişkilendirilmiş genlerde mutasyon saptanmayan hastalar ve ailelerinde tüm ekzom dizileme yöntemiyle yeni genetik değişikliklerin araştırılması
Investigation of novel genetic variations by whole exome sequencing in patients without mutations in genes associated with maturi̇ty-onset diabetes of the young (MODY) and their families
BETÜL KESRİKLİOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÖZEN
- Approaching mosaicism for the genomic odyssey of rare and undiagnosed diseases
Nadir ve tanısı konulamamış hastalıkların genomik yolculuğunda mozaisizme yaklaşım
ECE ÇEPNİ
Doktora
İngilizce
2025
GenetikKoç ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA KAYSERİLİ KARABEY
- Endometriozisde ailesel kalıtımda gen polimorfizminin önemi
The importance of gene polymorphism in familial inheritance in endometriosis
HALE GÖKSEVER ÇELİK
Doktora
Türkçe
2024
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL
- Açıklanamayan infertilitede sperm epigenetik değişiklikleri
Sperm epigenetic alterations in unexplained infertility
MÜJDEGÜL ZAYIFOĞLU KARACA
Doktora
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ECE KONAÇ