NDR1/HIN1-LİKE (NHL) gen ailesinin ayçiçeği bitkisinde omiksyaklaşımlar kullanılarak karakterize edilmesi ve abiyotikstres altındaki rollerinin belirlenmesi
Characterization of the NDR1/HIN1-LİKE (NHL) gene family insunflower plant using omics approaches and determinationof their roles under abiotic stress
- Tez No: 972743
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKER BÜYÜK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Botanik, Biology, Biotechnology, Botany
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
NDR1/HIN1-benzeri (NHL) gen ailesinin temel bir işlevi, bitkilerin büyüme ve gelişim evrelerinin yanı sıra stres tepkilerini düzenlemektir. NHL gen ailesi, günümüze dek çeşitli bitki türlerinde biyoinformatik araçlar kullanılarak incelenmiş olmasına rağmen, Helianthus annuus (ayçiçeği) üzerinde henüz araştırılmamıştır. Bu araştırma, H. annuus'un tüm genomu boyunca NHL gen ailesinin tanımlandığı ve karakterize edildiği ilk çalışmadır. Çalışmada NHL gen ailesinin moleküler ve fizikokimyasal özelliklerini incelemek amacıyla çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak in siliko bir yaklaşım benimsenmiştir. Sonuç olarak, 33 adet NHL geni keşfedilmiş ve filogenetik analizlere göre bu genler üç kategoride sınıflandırılmıştır. Eşanlamlı (Ks) ve eşanlamlı olmayan (Ka) substitüsyon oranlarının analizi, filogenetik ilişkiler ve sinteni desenleri, H. annuus, Arabidopsis thaliana ve Oryza sativa türlerinde NHL genlerinin poliploidizasyonu ve evrimi hakkında önemli bilgiler sağlamıştır. Transkriptom analizi, NHL genlerinin ayçiçeğinde dokuya özgü bir ifade değişim modeli gösterdiğini ortaya koymuştur. Ayrıca, kantitatif Real-Time PCR sonuçlarına göre H. annuus yapraklarında kuraklık stresine yanıt olarak NHL genlerinin mRNA seviyelerinde kontrole göre önemli farklılıklar tespit edilmiştir. Bunun yanında, PhotosynQ cihazı ile gerçekleştirilen ölçümlere göre birçok fotosentetik, biyokimyasal ve fiziksel parametrenin değiştiği gösterilmiştir. Genel olarak, bu araştırmanın sonuçları, H. annuus'ta NHL genlerinin gelişimi ve işlevlerinin altında yatan moleküler mekanizmalar hakkında önemli yeni bilgiler sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
An essential function of the NDR1/HIN1-like (NHL) gene family is to regulate the growth and developmental phases of plants as well as stress response. The NHL gene family has not yet been examined in Helianthus annuus (sunflower), despite the fact that it has been examined in several plant species utilizing bioinformatics technologies. This research was the first that the NHL gene family was identified and characterized throughout the whole genome of H. annuus. An in-silico approach was employed, utilizing various bioinformatics tools to explore the molecular and physicochemical characteristics of NHL genes. Consequently, 33 NHL genes were discovered and categorized using phylogenetic analysis into three categories. The analysis of synonymous (Ks) and non-synonymous (Ka) substitution rates, phylogenetic relationships, and synteny patterns provided important insights into the polyploidization, evolution, and domestication of NHL genes across H. annuus, Arabidopsis thaliana and Oryza sativa. Transcriptome analysis demonstrated a tissue-specific expression pattern of NHL genes in P. vulgaris. Additionally, in reaction to drought stress in H. annuus leaves, most of NHL genes were discovered to be activated on the basis of Real-Time PCR results. Moreover, many photosynthetic, biochemical and physical parameters have been revealed to change with the PhotosynQ device. In general, the outcomes of this research provide important new insights into the molecular mechanisms underlying the development and functions of NHL genes in H. annuus.
Benzer Tezler
- Verticillium dahliae dayanım genlerinin Solanum linnaeanum türünden belirlenmesi ve karakterizasyonu
Determination and characterization of Verticillium dahliae resistance genes from Solanum linnaeanum
İLKNUR KÜLAHLIOĞLU ÇEĞİL
Doktora
Türkçe
2025
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEBAHATTİN ÇÜRÜK
- Role of hMOB2 in cell cycle progression and DNA damage signalling
Hücre döngüsü progresyonunda ve DNA hasar sinyalinde hMOB2'nin rolü
RAMAZAN GÜNDOĞDU
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiUnıversıty College LondonKanser Biyolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALEXANDER HERGOVICH
- Diyabetik retinopatili hastalarda ön kamara sıvısında VEGF, IL-6, TAK, TOS düzeylerindeki değişikliklerin değerlendirilmesi
Evaluation of VEGF, IL-6, TAK, TOS level changes in humour aqueous of patients with diabetic retinopathy
ERDİNÇ BOZKURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Göz HastalıklarıSakarya ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRSOY ALAGÖZ
- Diyabetik retinopatide konvansiyonel inflamasyon parametreleri ile inflamatuvar sitokin düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of conventional inflamatory parameters with levels of inflammatory cytokines in diabetic retinopathy
METİN GÜÇLÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıUludağ Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN TUNCEL
- Diyabetik olgularda sfingolipid metabolizmasındaki değişikliklerin katarakt operasyonu sonrası makula kalınlığına etkisi
The effect of changes in sphingolipid metabolism on macular thickness following cataract surgery in patiens with diabetes
EZGİ NAZ ENSARİ DELİOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Göz HastalıklarıYıldırım Beyazıt ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NAGİHAN UĞURLU