Bazı zeytin çeşitlerinde RNA Seq yöntemiyle kendine uyuşmazlığa sebep olan genlerin belirlenmesi
Investigation of self-incompatibility mechanism in some olive varieties using RNA-Seq method
- Tez No: 973186
- Danışmanlar: PROF. DR. YILDIZ KAÇAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Zeytin (Olea europaea), kendine uyuşur, kendine uyuşmaz ve kısmen kendine uyuşur olmak üzere üç farklı döllenme özelliğine sahiptir. Kendine uyuşmazlık, çiçek tozu pistil etkileşiminde, aynı S allellerin denk gelmeleri nedeniyle hücresel bir tepkinin aktivasyonu sonucu gerçekleşmektedir. Uyuşmazlık, zeytinde önemli problemlerden birisidir ve kendine uyuşmazlık mekanizmasının tanımlamasında hala önemli eksiklerin bulunduğu görülmektedir. Bu tez çalışmasında uyuşmazlık mekanizmasının aydınlatılması ve uyuşmazlığa neden olan genlerin tespit edilmesi amacıyla Yeni Nesil Dizileme teknolojilerden ILLUMİNA High Seq 2000 dizileme platformundan yararlanılarak transkriptom analizi yapılmıştır. Çalışmada, kendine uyuşmaz Kilis Yağlık ve kendine uyuşur Saurani çeşitlerine ait farklı saatlerde alınan çiçek dokuları kullanılmış ve yapılan histolojik analizlerle çiçek tozu çim borusundaki farklı gelişim evrelerine sahip doku örnekleri kullanılmıştır. Dizileme sonucunda her kütüphaneye ait 11,14-19,28 GB ham okuma ve 10-18 GB temiz okuma elde edilmiştir. Elde edilen temiz okumaların yaklaşık %90'ı referans genoma haritalanmış ve haritalama sonrasında her kütüphaneye ait yaklaşık 20.000 transkript belirlenmiştir. 36. saate ait kütüphanede uyuşmazlığa neden olan genlerin ekspresyonunda farklılıklar tespit edilmiştir. Bu kütüphanede tilakoid, fotosistem ve hücre zarı bileşenleri gibi hücresel kompenantların, enzim inhibitör, transmembran taşıyıcı ve oksidoredüktaz aktivite, ETS taşıyıcı sistem ve hidrolizini enzimlerin dahil olduğu moleküler fonksiyonların ve hücre tanıma, tozlanma, çiçek tozu çim borusu ve pistil etkileşimi, çiçek tozu tanıma ve uzama süreci ile hücre duvarı modifikasyonu gibi biyolojik proseslerle ilgili genlerin ekspresyonunda önemli değişikliklerin olduğu görülmüştür. KEGG analizlerinde, fotosentez, pentoz ve glukuronat dönüşümleri, sekonder metabolizma ve fenilpropanoid biyosentezi, ABC taşıyıcıları proteinleri, S ile ilişkili yolakların önemli derecede rol aldığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, S-lokus, programlı hücre ölümü ve patojen direnç ile ilgili mekanizmaların, kendine uyuşur Saurani çeşidi ile kendine uyuşmazlık gösteren Kilis Yağlık çeşidinde ekspresyon düzeyleri bakımından önemli farklılıkların olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Olive (Olea europaea) has three distinct fertilization traits: self-compatible, self-incompatible, and partially self-compatible. Self-incompatibility occurs as a result of the activation of a cellular response due to the coincidence of identical S alleles during pollen-pistil interaction. Incompatibility is a significant problem in olives, and it appears that significant gaps remain in the definition of the self-incompatibility mechanism. In this thesis, transcriptome analysis was conducted using the ILLUMINA High Seq 2000 sequencing platform, a Next Generation Sequencing technology, to elucidate the incompatibility mechanism and identify the genes causing incompatibility. In this study, flower tissues from the self-incompatible Kilis Yağlık and self-compatible Saurani varieties, collected at different times of year, were used, and histological analyses were performed to identify tissue samples from different developmental stages of the pollen tube. Sequencing yielded 11.14-19.28 GB of raw reads and 10-18 GB of clean reads for each library. Approximately 90% of the clean reads obtained were mapped to the reference genome, and approximately 20,000 transcripts belonging to each library were identified after mapping. Differences in the expression of genes causing discrepancies were detected in the 36-hour library. Significant changes were observed in the expression of genes related to cellular components such as thylakoids, photosystems, and cell membrane components; molecular functions including enzyme inhibitors, transmembrane transporters, and oxidoreductase activities; the ETS transporter system and hydrolysis enzymes; and biological processes such as cell recognition, pollination, pollen tube and pistil interaction, pollen recognition and elongation, and cell wall modification. KEGG analyses revealed significant roles in photosynthesis, pentose and glucuronate conversions, secondary metabolism and phenylpropanoid biosynthesis, ABC transporter proteins, and S-related pathways. As a result, it was determined that there were significant differences in the expression levels of S-locus, programmed cell death and pathogen resistance mechanisms in the self-compatible Saurani variety and the self-incompatible Kilis Yağlık variety.
Benzer Tezler
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
- Bazı sert çekirdekli meyve türlerinde döllenme biyolojisi üzerinde yöntem çalışmaları
Başlık çevirisi yok
ATBİMOĞLU ADALET
- Bazı yer ve sırık fasulye çeşitlerinde optimal melezleme şartlarının tespiti üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
TÜRKAN KOÇLU
