SCN1A GENİNDE VARYANT TAŞIYAN HASTALARDA VARYANTINLOKALİZASYONU İLE FENOTİPİK BULGULARIN KORELASYONU
Correlation Between Variant Localization and Phenotypic Findings in Patients Carrying Variants in the SCN1A Gene
- Tez No: 975711
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE SEMRA HIZ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Child Health and Diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmada, SCN1A geninde saptanan patojenik varyantların proteindeki yapısal lokalizasyonları ile klinik fenotip arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma, Şubat 2015 – Şubat 2025 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi Çocuk Nöroloji Kliniği'ne başvuran ve SCN1A geninde patojenik varyant saptanan toplam 21 hastanın verilerinin retrospektif olarak incelenmesiyle gerçekleştirilmiştir. Çalışmaya yalnızca patojenik varyant taşıyan olgular dahil edilmiş; olası patojenik varyantlar ve belirsiz anlamlılık taşıyan varyantlar (VUS) değerlendirme dışı bırakılmıştır. İzlem sürecinde eksitus olan hastalar ile tedavi sürecinde bilgi paylaşımını kabul etmeyen ailelere ait olgular da çalışma kapsamına alınmamıştır. Genetik tanılar, yeni nesil dizileme (Next Generation Sequencing, NGS) teknolojisi kullanılarak konulmuştur. Gerekli görülen olgularda saptanan varyantlar Sanger dizileme yöntemi ile doğrulanmıştır. Bu çalışmada yeni bir laboratuvar testi uygulanmamış, mevcut genetik analiz sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Klinik veriler, hasta dosyaları ve elektronik tıbbi kayıt sistemlerinden elde edilmiştir. Elde edilen veriler IBM SPSS Statistics v27 (IBM Corp., Armonk, NY, ABD) programı kullanılarak analiz edilmiştir. Kategorik değişkenlerin karşılaştırılmasında Pearson ki-kare testi ve Fisher exact testi uygulanmış; p < 0,05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: Anlamsız (erken durdurucu) varyantların erken başlangıçlı ve tedaviye dirençli epilepsi sendromlarıyla ilişkili olduğu; anlam değiştirici varyantların ise daha geniş bir fenotipik çeşitlilik gösterdiği ve bazı olgularda daha hafif seyirli klinik tablolarla seyredebileceği saptanmıştır. Ayrıca cinsiyet farklılıkları dikkat çekmiş; kızlarda anlamsız (erken durdurucu) varyantların, erkeklerde ise anlam değiştirici varyantların daha sık bulunduğu belirlenmiştir. Sonuç: SCN1A varyantlarının fenotipik etkilerinin yalnızca varyant tipine değil, aynı zamanda proteindeki lokalizasyona ve olası cinsiyet farklılıklarına da bağlı olduğu gösterilmiştir. Bu bulgular, SCN1A ilişkili epilepsilerin tanı, prognoz ve tedavi süreçlerinde dikkate alınmalı; bireyselleştirilmiş tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayacak şekilde yorumlanmalıdır.
Özet (Çeviri)
Objective: The aim of this study was to evaluate the relationship between the structural localization of pathogenic variants in the SCN1A gene and the associated clinical phenotype. Materials and Methods: A total of 21 patients who presented to the Pediatric Neurology Clinic of Dokuz Eylül University Faculty of Medicine between February 2015 and February 2025 and were identified to carry pathogenic SCN1A variants were retrospectively analyzed. Only pathogenic variants were included; likely pathogenic variants and variants of uncertain significance (VUS) were excluded. Patients who had died during follow-up and those whose families did not consent to provide clinical information were also excluded. Genetic diagnoses were established by next-generation sequencing (NGS) and, when required, confirmed by Sanger sequencing. Clinical data were obtained from patient files and the hospital's electronic medical record system. Statistical analyses were performed using IBM SPSS Statistics v27. Categorical variables were compared using Pearson's chi-square and Fisher's exact tests, and a p-value of <0.05 was considered statistically significant. Results: Nonsense variants were strongly associated with early-onset, treatment-resistant epileptic syndromes, while missense variants showed broader phenotypic variability, including milder clinical outcomes in some patients. Gender-related differences were also observed, with nonsense variants more frequent in females and missense variants more common in males. Conclusion: The phenotypic impact of SCN1A variants depends not only on variant type but also on their protein localization and possible sex-related biological differences. These findings may provide valuable insights for diagnosis, prognosis, and therapeutic strategies in SCN1A-related epilepsies. Larger, prospective studies are warranted to further clarify genotype–phenotype correlations and the role of sex in disease expression.
Benzer Tezler
- İdiyopatik jeneralize epilepsi tanısı alan olguların yeni nesil dizileme yöntemi ile genetik etiyolojisinin araştırılması
The investigation of the genetic etiology in idiopathic generalized epileptic disorders by next generation sequencing technique
ENGİN ATLI
Doktora
Türkçe
2021
GenetikTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN GÜRKAN
- Klinik ekzom dizileme sonucu elde edilen verilerden retrospektif olarak acmg ikincil bulgular ile ilişkili 81 gende ve genişletilmiş taşıyıcılık taraması için seçilen genlerde patojenik, muhtemel patojenik varyant sıklığının araştırılması
Investigation of the frequency of pathogenic/likely pathogenic variants in the data obtained retrospectively as a result of clinical exome sequencing in acmg 81 genes associated with secondary findings and expanded gene panel for carrier screening
ŞEHİME GÜLSÜN TEMEL
Doktora
Türkçe
2024
GenetikBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUNUS KASIM TERZİ
DOÇ. DR. ŞEBNEM ÖZEMRİ SAĞ
- Fetal kardiyak anomalilerinde genetik etiyolojinin yeni nesil dizileme yöntemi ile araştırılması
Investigation of genetic etiology in fetal cardiac anomalies using next generation sequencing
HİLAL ŞENTÜRK
- Ailesel geçiş gösteren idiyopatik epilepsilerin genetik altyapısının aydınlatılması
Identifying genetic basis of familial idiopathic epilepsies
FEYZA NUR TUNCER
- Molecular genetic analysis of benign epilepsy syndromes
Selim epilepsi sendromlarının moleküler genetik analizi
MELEK ASLI KAYSERİLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. HANDE ÇAĞLAYAN