Kelch benzeri ECH ilişkili protein 1 ile nükleer faktör eritroid 2 ilişkili faktör 2 protein etkileşimine yönelik yeni inhibitörlerin moleküler modelleme uygulamaları ile geliştirilmesi
Development of new inhibitors for kelch-like ECH related protein 1 and nuclear factor erythroid 2 related factor 2 protein interaction with molecular modeling applications
- Tez No: 977977
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GİZEM TATAR YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyomühendislik, Moleküler Tıp, Biotechnology, Bioengineering, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Nükleer Faktör Eritroid 2 İlişkili Faktör 2 (NRF2), insanlarda hücresel antioksidan tepkinin düzenlenmesinde anahtar bir transkripsiyon faktörüdür. Ayrıca NRF2, inflamasyon ya da hasar sonucu oluşan oksidatif strese karşı koruma sağlayan antioksidan proteinin ekspresyonunu düzenleyen önemli bir lösin fermuar (bZIP) proteinidir. Oksidatif stres koşulları altında Kelch Benzeri ECH İlişkili Protein 1 (KEAP1)'in aktivitesi azalır ve NRF2 çekirdekte birikir. Bu şekilde KEAP1, hücresel stresin kritik bir sensörü olarak işlev görür. KEAP1-NRF2-ARE yolağı, oksidatif stresi nötralize eden ana koruma mekanizmasıdır. Bu yolağın kanser, kalp-damar hastalıkları, diyabet, otoimmün hastalıklar gibi birçok hastalıkta koruyucu etkisi bulunmaktadır. Son yıllarda bu yolağın farmakolojik inhibisyonu, oksidatif stres ile karakterize edilen birçok kronik hastalığın tedavisi için umut verici olmaya başlamıştır. Bu tez çalışmasında, KEAP1-NRF2 etkileşimini hedef alan yeni inhibitörlerin moleküler modelleme teknikleri ile geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Bu doğrultuda, ChEMBL ve BindingDB veri bankalarından taranan 400 adet kimyasal bileşik KEAP1-NRF2 etkileşimine yönelik moleküler kenetlenme yöntemi ile incelenmiştir. Ayrıca, bu bileşiklerin vücuttaki Absorpsiyon, Dağılım, Metabolizma, Eliminasyon (ADME) özellikleri gibi ilaç metabolizmasını etkileyen temel parametreler ile farmakokinetik açıdan uygunlukları değerlendirilmiştir. Böylece, kanser, kardiyovasküler hastalıklar, diyabet ve nörodejeneratif bozukluklar dahil olmak üzere çeşitli patofizyolojik süreçlerde etkili olan oksidatif stresin düzenleyicisi olarak görev alan KEAP1-NRF2 yolağını hedef alan, yan etkisi düşük ve daha etkin yeni ajanların moleküler modelleme yöntemleri ile geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Sonuç olarak, bu yolağa yönelik yeni inhibitörlerin geliştirilmesi; zaman, maliyet ve insan gücü gereksinimlerini en aza indirerek, bilimsel ve ekonomik açıdan yüksek katma değer taşıyan bir tez çalışması ortaya koymayı hedeflemektedir.
Özet (Çeviri)
NRF2 (Nuclear Factor Erythroid 2 Related Factor 2) is a key transcription factor in the regulation of the cellular antioxidant response in humans. Additionally, NRF2 is an important leucine zipper (bZIP) protein that regulates the expression of antioxidant protein that protects against oxidative stress resulting from inflammation or damage. Under conditions of oxidative stress or inflammation, the activity of KEAP1 decreases and NRF2 accumulates in the nucleus. In this way, KEAP1 functions as a critical sensor of cellular stress. The KEAP1- NRF2-ARE pathway is the main protection mechanism that neutralizes oxidative stress. This pathway has a protective effect on many diseases such as cancer, cardiovascular diseases, diabetes, and autoimmune diseases. In recent years, pharmacological inhibition of this pathway has become promising for the treatment of many chronic diseases characterized by oxidative stress. This study aims to develop new inhibitors targeting the KEAP1-NRF2 interaction using molecular modeling techniques. In this direction, 400 chemical compounds scanned from the ChEMBL and BindingDB databases will be examined by the molecular docking method. In addition, the basic parameters affecting drug metabolism such as Absorption, Distribution, Metabolism, and Elimination (ADME) properties of these compounds in the body and their pharmacokinetic compatibility will be evaluated. Thus, it is aimed to develop new, more effective agents with low side effects targeting the KEAP1-NRF2 pathway, which acts as a regulator of oxidative stress involved in various pathophysiological processes, including cancer, cardiovascular diseases, diabetes, and neurodegenerative disorders, by using molecular modeling methods. As a result, the development of new inhibitors for this pathway targets to present a thesis study with high added value in scientific and economic terms by minimizing time, cost and manpower requirements.
Benzer Tezler
- Şizofreni hastalarında heme oksijenaz-1(HO-1), kelch benzeri ECH ile ilişkili protein 1 (KEAP1), nükleer faktör eritroid-2 ile ilişkili faktör 2 (NRF2) ve interlökin-38(IL-38) düzeylerinin araştırılması
Investigation of heme oxygenase-1(HO-1), KELCH-like ECH-associated protein 1 (KEAP1), nuclear factor erythroid-2-associated factor 2 (NRf2), and interleukin-38(IL-38) levels in patients with schizophrenia
HASAN ÜLKER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
PsikiyatriDicle ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET GÜNEŞ
- Streptozotosinle diyabet oluşturulan ratlara probiyotik karışımı ve kurkumin uygulamasının oksidatif stres ve insülin direnci üzerine etkisi
Effects of probiotic mixture and curcumin administration on oxidative stress and insulin resistance in streptozotocin-induced diabetes rats
MELİHA ÇAVDAR
Doktora
Türkçe
2024
Beslenme ve DiyetetikErciyes ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜGE YILMAZ
- Investigation of nuclear factor erythroid 2-related factor 2 levels in the sera of children with chronic kidney disease
Çocukluk çağı kronik böbrek hastalarının serumlarında nükleer faktör eritroid 2 ile ilişkili faktör 2 düzeylerinın araştırılması
ZAID RAKAN MOHAMMED MOHAMMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaGaziantep ÜniversitesiBiyokimya Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEYİTHAN TAYSI
- Keap-1/Nrf2 yolağının küçük hücreli dışı akciğer kanserindeki rolü
The role of Keap-1/Nrf2 pathway in non small cell lung cancer
SENA ÖKMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiOnkoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKÇEN ÖMEROĞLU ŞİMŞEK
PROF. DR. SAFİYE AKTAŞ
- Hidradenitis süpürativa hasta serumlarında Nrf2 -Keap-1 ve Sestrin-2 yolağının araştırılması
Investigation of Nrf2 -Keap-1 ve Sestrin-2 pathways in hidradenitis suppurativa patients sera"
İSMAİL HAKKI GÜRBÜZ
Doktora
Türkçe
2025
BiyokimyaGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEYİTHAN TAYSI