Kars yöresine ait kavılca buğdayının (triticum dicoccum schrank) yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemi ile mitokondriyal DNA sekansının analizi
Analysis of the mitochondrial DNA sequence of kars kavilca wheat (triticum dicoccum schrank) using next-generation sequencing (NGS) method
- Tez No: 982280
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DOĞAN İLHAN, DOÇ. DR. KAAN HÜRKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kafkas Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Türkiye'nin önemli gen kaynaklarından biri olan ve Kars yöresine ait yerel Kavılca buğdayı (Triticum dicoccum Schrank)'nın mitokondriyal genomu (mtDNA) henüz detaylı bir çalışma ile belirlenmemiştir. Bu bilgi temelinde, bu tez çalışmasında Yeni Nesil Sekanslama (NGS) teknolojilerini kullanarak Kars Kavılca buğdayının mitokondriyal DNA dizisini belirlemek, genom yapısını karakterize etmek ve evrimsel ilişkilerini aydınlatmak amaçlanmıştır. T. dicoccum buğday örneklerinden yüksek kalitede DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Mitokondriyal genomun dizilenmesi, (Illumina1.9) platformu kullanılarak yapılmıştır. Elde edilen ham veriler biyoinformatik analizlere tabi tutularak mitokondriyal genom birleştirilmiş (assembly) ve gen haritalaması (annotation) yapılmıştır. Analizler kapsamında, genom içerisindeki özellikle tekrar eden diziler (repeat regions) ve bu bölgelerin yapısal organizasyonu detaylı bir şekilde incelenmiştir. Ayrıca, elde edilen T. dicoccum mtDNA sekansı, Triticum cinsi içerisindeki diğer diploid ve poliploid buğday türleri (T. monococcum, T. urartu, T. aestivum vb.), yakın akraba Aegilops türleri ve Poaceae familyasındaki diğer tahıl (örn. Hordeum vulgare, Oryza sativa) referans genomları ile karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalı veriler ışığında, Kavılca buğdayının evrimsel konumunu belirlemek amacıyla kapsamlı bir filogenetik analiz gerçekleştirilmiş ve türler arası genetik ilişkiler ortaya konmuştur. Elde edilen mitogenom 452,613 bp uzunluğunda olup, 38 protein kodlayan gen, 40 tRNA ve 6 rRNA geni içermektedir. Filogenetik analizler, Kavılca buğdayının modern buğday türleri T. aestivum ve T. turgidum ile aynı klad içinde yer aldığını ortaya koymuştur. Gerçekleştirilen bu tez çalışmasının, Kars yöresi Kavılca buğdayının mitokondriyal genomuna dair yüksek çözünürlüklü bir moleküler veri sunduğu ve bu önemli kültürel miras bitkisinin genetik yapısının anlaşılmasına ve korunmasına yönelik stratejilere katkı sağladığı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Kavılca wheat (Triticum dicoccum Schrank), a local landrace from the Kars region and one of Turkey's important genetic resources, has not yet had its mitochondrial genome (mtDNA) characterized through a detailed study. Based on this information, this thesis aimed to determine the mitochondrial DNA sequence of Kars Kavılca wheat, characterize its genomic structure, and elucidate its evolutionary relationships using Next-Generation Sequencing (NGS) technologies. High-quality DNA isolation was performed from T. dicoccum wheat samples. Sequencing of the mitochondrial genome was carried out using the Illumina 1.9 platform. The obtained raw data were subjected to bioinformatic analyses, through which the mitochondrial genome was assembled and annotated. Within the scope of the analyses, particularly the repetitive sequences (repeat regions) within the genome and the structural organization of these regions were examined in detail. In addition, the obtained T. dicoccum mtDNA sequence was compared with the reference genomes of other diploid and polyploid wheat species within the genus Triticum (T. monococcum, T. urartu, T. aestivum, etc.), closely related Aegilops species, and other cereal genomes within the Poaceae family (e.g., Hordeum vulgare, Oryza sativa). In light of these comparative data, a comprehensive phylogenetic analysis was conducted to determine the evolutionary position of Kavılca wheat, and interspecific genetic relationships were revealed. The resulting mitogenome is 452,613 bp in length and contains 38 protein-coding genes, 40 tRNA genes, and 6 rRNA genes. Phylogenetic analyses demonstrated that Kavılca wheat clusters within the same clade as modern wheat species T. aestivum and T. turgidum. This thesis study is considered to provide high-resolution molecular data on the mitochondrial genome of Kavılca wheat from the Kars region and to contribute to strategies aimed at understanding and conserving the genetic structure of this important cultural heritage plant.
Benzer Tezler
- Kars yöresine ait Kavılca (Triticum dicoccum Schrank) bitkisinin SSR yöntemi ile genotiplendirilmesi
Genotyping of Kavılca (Triticum dicoccum Schrank) plant of Kars region using SSR method
HATİCE DEMİR
- Kars yöresine ait ata buğdayı Kavılca ve modern ekmeklik buğdaydan hazırlanan un ve ekmeğin fonksiyonel özelliklerinin ve sağlık etkilerinin incelenmesi
Investigation of the functional properties and health effects of flour and bread prepared from Kavılca wheat grown in Kars and modern bread wheat
ELİF FEYZA AYDAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
- Kars yöresine ait bazı hizmet sektörlerinde fiziksel koşulların iş kazalarına etkisinin araştırılması
Investigation of the effects of physical conditions on occupational accidents in some service sectors of Kars region
ESRA DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Çalışma Ekonomisi ve Endüstri İlişkileriKafkas Üniversitesiİş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. MUSTAFA YÜKSEK
- Kars yöresi Türk halk müziği ezgilerinin müzikal analizi ve müzik eğitiminde kullanılabilirliği
Musical analysis and usability of Turkish folk music in Kars region interms of education
ŞERMİN ULUMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MüzikAtatürk ÜniversitesiGüzel Sanatlar Eğitimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT KAMİL İNANICI
- Kars mutfaklarında kullanılan geleneksel bakır kapların şekil ve süsleme özelikleri
Shape and ornamental features of traditional copper pots used in Kars kitchens
FULYA AKHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
El SanatlarıIğdır ÜniversitesiGeleneksel Türk Sanatları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CAVİT POLAT