Geri Dön

Tüberküloz tanısında kullanılan real-time ve in-house PCR yöntemlerinin karşılaştırılması

The comparison of the in-house and real-time PCR methods used in the diagnosis of tuberculosis

PDF İndir

  1. Tez No: 985041
  2. Yazar: HALİME DAĞGEZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF YAKUPOĞULLARI
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis basil kompleks (MTBK), Artus M. tuberculosis RG, Xpert MTB/RIF Ultra, hsp65, T11-T12 DNA primeri, moleküler tanı, Mycobacterium tuberculosis bacilli complex bacilli (MTBC), Artus M. tuberculosis RG, Xpert MTB/RIF Ultra, hsp65, T11-T12 DNA primers, molecular diagnosis
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İnönü Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), TB tanısı için geliştirilen yeni PCR yöntemlerini test etmekte ve yüksek tanısal performans özelliği olanları onaylayarak rutin tanıda kullanımlarını önermektedir. Ancak, bu tür onaylı yöntemlerin pahalı oluşu onların kısıtlı kaynakları olan bölgelerde kullanımını azaltmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis basil kompleksinin saptanmasında bir in-house PCR ve bir ticari real-time PCR kitinin etkinliğinin DSÖ tarafından önerilen TB-PCR kiti ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi TB Tanı Laboratuvarı'na 01 Ocak 2018-31 Aralık 2022 tarihleri arasında gönderilmiş örneklerden; klasik TB-tanı testleri yapılmış ve DSÖ tarafından önerilen Xpert MTB/RIF Ultra (Cepheid, USA) kitleri ile TB-PCR testi gerçekleştirilerek sonuçları raporlanmış toplam 242 klinik örnek çalışmaya dahil edildi. In-house PCR yönteminde T11-T12 primerleri, ticari real-time PCR olarak Artus® M.tuberculosis RG-PCR kiti (Qiagen, Almanya) kullanıldı. Bu iki PCR yönteminin tanısal performans değerleri DSÖ-onaylı PCR yöntemi ile karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışılan 242 örneğin 167'si TB-pozitif, 75'i TB-negatif idi. Örneklerin 165'i DSÖ-onaylı PCR ile pozitif ve geri kalan 77'si negatif olarak saptandı. T11-T12 in-house PCR'ın, DSÖ-onaylı kit ile pozitif ve negatif örneklerdeki uyumu sırasıyla %78.72 ve %96.10 olarak saptandı. Artus real-time PCR'ın DSÖ-onaylı kit ile pozitif ve negatif örneklerdeki uyumu sırasıyla %87.23 ve %98.70 olarak bulundu. Çalışmada, in-house PCR'ın duyarlığı %71.25, özgüllüğü %97.33; Artus real-time PCR'ın duyarlılığı %74.25 ve özgüllüğü %99.40 olarak saptandı. Tartışma: Elde edilen sonuçlar, çalışılan her iki alternatif PCR yönteminin negatif örnekleri saptamada DSÖ-onaylı PCR kiti ile %93 ve üzerinde bir uyum gösterdiğini; ancak, pozitifleri saptamada örnekteki basil yüküne bağlı olarak bu uyumun %57 ila %87 arasında değişebildiğini göstermiştir.

Özet (Çeviri)

Aim: The World Health Organization (WHO) tests new PCR methods developed for TB diagnosis, approves some of them those with high diagnostic performance and recommends their use in routine diagnosis. However, the high cost of such approved methods reduces their use in areas with limited resources. This study aimed to compare the effectiveness of an in-house PCR and a commercial real-time PCR kit in detecting Mycobacterium tuberculosis bacillus complex in clinical samples with of the TB-PCR kit recommended by WHO. Materials and Methods: Among the samples sent to İnönü University Turgut Özal Medical Center TB Diagnostic Laboratory between 01 January 2018 and 31 December 2022; a total of 242 clinical samples, whose classical TB-diagnostic tests and TB-PCR tests were performed with Xpert MTB/RIF Ultra (Cepheid, USA) kits recommended by WHO and whose results were reported, were included in the study. T11-T12 primers were used in the in-house PCR method, and Artus® M.tuberculosis RG-PCR kit (Qiagen, Germany) was used as commercial real-time PCR. The diagnostic performance values of these two PCR methods were compared with the WHO-approved PCR method. Results: Of the 242 samples studied, 167 were TB-positive and 75 were TB-negative. 165 of the samples were detected as positive by WHO-approved PCR and the remaining 77 were negative. The concordance of T11-T12 in-house PCR with the WHO-approved kit in positive and negative samples was determined as 78.72% and 96.10%, respectively. The agreement between the Artus real-time PCR and the WHO-approved kit in positive and negative samples was found to be 87.23% and 98.70%, orderly. In the study, the sensitivity of in-house PCR was 71.25% and the specificity was 97.33%; The sensitivity of Artus real-time PCR was found to be 74.25% and the specificity was 99.40%. Discussion: The results obtained showed that both alternative PCR methods studied showed 93% and above agreement with the WHO-approved PCR kit in detecting negative samples; however, it has shown that agreement in detecting positives can range from 57% to 87%, depending on the bacillary load in the sample.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    420656

    Tüberküloz tanısında asidorezistan boyama, kültür ve real-tıme PCR yöntemlerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the afb, culture, real-time PCR methods for detection of tuberculosis

    AYŞE SARI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖZDE ÖNGÜT

  2. Tez No

    288913

    Klinik örneklerden mycobacterium tuberculosis tanısında kullanılan moleküler yöntemlerinin karşılaştırılması

    Comparision of molecular methods used for diagnosis of mycobacterium tuberculosis in clinical specimens

    OLKAR ABDULMAJED

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiErciyes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. NEDRET KOÇ

  3. Tez No

    877059

    Tüberküloz tanısı ve ilaç direncinin gösterilmesine yönelik moleküler beacon esaslı gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyon kiti geliştirilmesi

    Development of a molecular beacon-based real-time polymerase chain reaction kit for the diagnosis of tuberculosis and drug resistance

    OĞUZ ARI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RIZA DURMAZ

  4. Tez No

    547407

    Aktif akciğer tüberkülozlu hastalarda mikroRNA profillerinin araştırılması

    Detection of microRNA profiles in patients with active pulmonary tuberculosis

    FATMA KALAYCI YÜKSEK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELTEM UZUN

  5. Tez No

    496436

    Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi

    Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection

    MUHAMMED BEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEVENT TRABZON

Geri Dön