Asmada roditis yaprak renk değişikliği ile ilişkili virüs (Badnavirus decoloratiovitis)'ün genom yapısının araştırılması
Investigation on genome structure of grapevine roditis leaf discoloration associated virus (Badnavirus decoloratiovitis)
- Tez No: 985350
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Asma, Grapevine
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Asmada Roditis yaprak renk değişikliği ile ilişkili virüs (GRLDaV; Badnavirus decoloratiovitis), Caulimoviridae familyasında Badnavirus cinsi üyesidir. Araştırmada kullanılan TR-I3 izolatı Adana'nın İmamoğlu ilçesinden alınan enfekteli bitkilerinden elde edilmiştir. Örneklere toplam nükleik asit ekstraksiyonu ve PCR analizleri yapılmıştır. Ardından PCR ürünlerinin dizilenmesi ve filogenetik, aminoasit ve nükleotit düzeylerinde analizleri yapılmıştır. Yapılan analizler sonucunda TR-I3 izolatının 6.987 nükleotit uzunluğunda halkasal bir biçimde tüm genomu elde edilmiştir. TR-I3 genomu toplam dört ORF içermektedir. ORF1, ORF2, ORF3 ve ORF4 sırasıyla 432 nt, 408 nt, 5.553 nt ve 426 nt uzunluğunda ve sırasıyla 16,94 kDa, 15,06, 212,49 kDa ve 15,55 kDa moleküler kütleye sahiptir. Gen bankasındaki diğer izolatlarla %85,00-89,00 oranında nükleotit düzeyinde benzerlik göstermiştir. TR-I3 izolatının diğer GRLDaV izolatlarının ORF'leriyle %70,92-97,04 oranında amino asit benzerliği göstermiştir. Bu çalışma, GRLDaV'nin tüm genom yapısına ilişkin Türkiye kaynaklı verilere katkı sunarak literatürdeki önemli bir boşluğu doldurmuştur. Elde edilen bulgular, virüsün tanılanması, filogenetik konumunun belirlenmesi ve olası yayılma riskinin değerlendirilmesine önemli katkılar sağlamıştır. Ayrıca GRLDaV gibi viral etmenlerin bitki sağlığını tehdit edebileceği göz önünde bulundurulduğunda, bu çalışma gelecekte yürütülecek epidemiyolojik, tanısal ve kontrol stratejilerine yönelik araştırmalara da değerli bir temel oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
The virus associated with Roditis leaf discoloration in grapevine (GRLDaV, Badnavirus decoloratiovitis) belongs to the Badnavirus genus in the family Caulimoviridae. The TR-I3 isolate used in this study was obtained from infected plants taken from the İmamoğlu district of Adana. Total nucleic acid extraction and PCR analyses were performed on the samples. The PCR products were then sequenced and analyzed at the phylogenetic, amino acid, and nucleotide levels. As a result of these analyses, the complete genome of the TR-I3 isolate, a circular form with a length of 6,987 nucleotides, was obtained. The TR-I3 genome contains a total of four ORFs. ORF1, ORF2, ORF3, and ORF4 are 432 nt, 408 nt, 5,553 nt, and 426 nt, respectively, and have molecular masses of 16.94 kDa, 15.06, 212.49 kDa, and 15.55 kDa, respectively. It showed 85.00-89.00% nucleotide similarity with other isolates in the gene bank. The TR-I3 isolate showed 70.92-97.04% amino acid similarity with the ORFs of other GRLDaV isolates. This study has filled a significant gap in the literature by providing Turkiye origin data on the complete genome structure of GRLDaV. The findings have made an important contribution to the diagnosis of the virus, the determination of its phylogenetic position, and the assessment of its potential spread risk. Furthermore, considering that viral agents such as GRLDaV can pose serious threats to plant health, this study also provides a valuable foundation for future research on epidemiology, diagnostics, and control strategies.
Benzer Tezler
- Asmada hastalık yapan roditis yaprak renk değişikliği ile ilişkili virüs (Roditis leaf discoloration-associated virus)'ün moleküler teşhisinin iyileştirilmesi
Molecular diagnosis improvement of Roditis leaf discoloration-associated virus causing disease in grapevines
MÜZEYYEN MÜGE DOĞANER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Investigation on prevalence of Roditis leaf discoloration-associated virus causing disease in grapevines in Turkey vineyards
Türkiye bağlarında asmada hastalık yapan Roditis yaprak renk değişikliği ilişkili virüs (Roditis leaf discoloration associated virus)'ün yaygınlığı üzerine araştırmalar
SEDA AYDINLIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Investigation of etiology on grapevine roditis leaf discoloration associated virus
Asma Roditis yaprak renk değişikliği ilişkili virüs (Roditis leaf discoloration- associated virus)'ün etiyolojisi üzerine araştırmalar
MUHAMMET EKEMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Asmada ölükol etmeni (Phomopsis viticola sacc.)'ne karşı dayanıklılığının uyarılması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
RECEP ÜNAL
- Asmada (Vitis spp.) anter kültürü üzerine araştırmalar
Researchs on anther culture of grapevines (Vitis spp.)
SEMA ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLGÜN GÖKTÜRK BAYDAR