Hastane atık suyundan izole edilen Klebsiella pneumoniae fajının izolasyonu, karakterizasyonu ve galleria mellonella enfeksiyon modeli üzerindeki etkinliğinin araştırılması
Isolation, characterization, and investigation of the efficacy of a Klebsiella pneumoniae phage isolated from hospital wastewater on galleria mellonella infection model
- Tez No: 985843
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZAFER HABİP
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çoklu ilaca dirençli (ÇİD) ve karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae (KDKp), nozokomiyal enfeksiyonlarda artan morbidite ve mortalitenin temel nedenlerinden biridir. Bu çalışmada, KDKp suşlarına karşı etkili yeni bir litik bakteriyofajın izolasyonu, genomik ve biyolojik karakterizasyonu ile Galleria mellonella modelinde in vivo etkinliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Hastane atık sularından ikili agar kaplama yöntemiyle izole edilen fajın konak aralığı, 28 farklı klinik izolat üzerinde spot test ile belirlenmiştir. Faj morfolojisi Transmisyon Elektron Mikroskobu (TEM) ile incelenmiştir. In vitro litik etkinlik, redüksiyon deneyi (time-kill assay) ile spektrofotometrik olarak analiz edilmiştir. Faj genomu, yeni nesil dizileme (Illumina) ve de novo montaj yöntemleriyle aydınlatılmış; RFLP analizi ile doğrulanmıştır. In vivo toksisite ve tedavi etkinliği, Galleria mellonella larva modelinde değerlendirilmiştir. İzole edilen fajın Podoviridae-benzeri morfolojiye sahip olduğu ve test edilen K. pneumoniae izolatlarının %75'ini (özellikle OXA-48 ve KPC pozitif suşları) lize ettiği saptanmıştır. Genomik analizde fajın 218.759 bp büyüklüğünde bir genoma ve 29 adet tRNA genine sahip olduğu belirlenmiş; bu özellikleriyle literatürde“Jumbo Faj”olarak tanımlanan gruba dahil olduğu gösterilmiştir. Genomda herhangi bir toksin, virülans faktörü veya antimikrobiyal direnç genine rastlanmamıştır. Redüksiyon deneyinde, faj uygulamasının bakteriyel yoğunluğu kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde (p < 0.001) azalttığı (%13.4 redüksiyon) saptanmıştır. In vivo modelde fajın toksik olmadığı (%100 sağkalım) kanıtlanmış; ancak akut enfeksiyon modelinde uygulanan tedavi protokolünün larvaların yaşam süresini uzatmada istatistiksel olarak anlamlı bir fark oluşturmadığı (p > 0.05) gözlenmiştir. Bu çalışmayla,“Jumbo Faj”kategorisinde, genetik olarak güvenli ve KDKp suşlarına karşı yüksek litik aktiviteye sahip yeni bir bakteriyofaj literatüre kazandırılmıştır. Fajın in vitro başarısının in vivo ortama taşınabilmesi için faj kokteylleri ve doz optimizasyon çalışmalarının yapılması önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Multidrug-resistant (MDR) and carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKp) is a major cause of increasing morbidity and mortality in nosocomial infections. This study aimed to isolate a novel lytic bacteriophage effective against CRKp strains, perform its genomic and biological characterization, and evaluate its in vivo efficacy in a Galleria mellonella infection model. The phage was isolated from hospital wastewater using the double-layer agar method. Its host range was determined by spot testing on 28 clinical isolates. Phage morphology was examined via Transmission Electron Microscopy (TEM). In vitro lytic activity was analyzed spectrophotometrically using a reduction assay (time-kill assay). The phage genome was elucidated using next-generation sequencing (Illumina) and de novo assembly, followed by RFLP verification. In vivo toxicity and therapeutic efficacy were evaluated in the Galleria mellonella larva model. The isolated phage exhibited Podoviridae-like morphology and lysed 75% of the tested K. pneumoniae isolates (particularly OXA-48 and KPC-positive strains). Genomic analysis revealed a genome size of 218,759 bp encoding 29 tRNA genes, classifying the isolate as a“Jumbo Phage.”No toxin, virulence factor, or antimicrobial resistance genes were detected in the genome. In the reduction assay, phage application significantly reduced bacterial density compared to the control group (p < 0.001, 13.4% reduction). While the phage proved to be non-toxic (in vivo 100% survival in phage control), the treatment protocol did not yield a statistically significant extension in survival time in the acute infection model (p > 0.05). This study introduces a novel bacteriophage to the literature that falls into the“Jumbo Phage”category, possesses a safe genomic profile, and demonstrates high lytic activity against CRKp strains. Future studies focusing on phage cocktails and dose optimization are recommended to translate the in vitro success to in vivo applications.
Benzer Tezler
- Türkiye'de serebral hareket bozukluklarının etiyolojisi epidemiyolojisi ve bazı klinik özellikleri
Başlık çevirisi yok
AŞER BENSUSAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1986
İstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Mikrobiyoloji laboratuvarlarında kaza nedeni oluşan enfeksiyonlar
Başlık çevirisi yok
ŞENAY TÜRE
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Gazi ÜniversitesiKazaların Çevresel ve Teknik Araştırması Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- İdrar kültürlerinden izole edilen coag (-) staphylococcus (s. epidrmidis ve s. saprophyticus)'ların idrar yolu enfeksiyonlarındaki yeri
The Place of coag (-) staphylococcus to the urinary tract infectron which are isolated from the urine cultures
SUMRU ÇITAK(KORMAN)