Endometriyozisin biyoinformatik yöntemlerle genetik mekanizmasının araştırılması
Elucidating the genetic mechanism of endometriosis using bioinformatics methods
- Tez No: 986400
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TUBA SEVİMOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Transkriptomlar, Bioinformatics, Transcriptomics
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmada endometriyozisin moleküler mekanizmasını aydınlatarak, tanı ve tedavi sürecini kolaylaştırabilecek biyobelirteçleri belirlemek ve bu biyobelirteçleri hedef alacak potansiyel tedavi edici molekülleri tespit etmek amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Endometriyozis hastalarına ait altı adet veri seti analiz edilmiş, ortak farklılaşan genlerle ilişkili hastalıklar ve sinyal yolakları zenginleştirme analizleriyle gösterilmiştir. Bu genlere ait protein-protein etkileşim ağlarının ve merkezi proteinlerin tayini yapılmıştır. En Az Mutlak Küçülme ve Seçim Operatörü (LASSO) regresyonuyla anahtar proteinler seçilmiş, anahtar ve merkezi proteinleri hedef alan potansiyel teröpatik ajanlar belirlenmiştir. Protein-ligand komplekslerinin sanal tarama çalışmaları yapılmış ve en iyi bağlanma afinitesini verenler ile kenetlenme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Analizler sonucunda 135 adet anlamlı farklılaşan ortak gen tespit edilmiştir. Bu genlerin protein etkileşim ağlarının incelenmesiyle 11 adet merkezi protein tespit edilmiştir. Zenginleştirme analizinde endometriyozisle ilişkili yolaklar: hücre adezyon molekülleri, kas hücrelerindeki sitoskeleton molekülleri, lökosit transendotelyal göçü ve fokal adezyon; hastalıklar ise Tip-2 diyabet ve hiperparatiroidizm olarak bulunmuştur. LASSO regresyonuyla seçilen 10 adet anahtar proteini Merkezi proteinleri hedef alan 10 adet potansiyel terapötik ajan tespit edilmiştir. Bu sanal tarama sonucunda en iyi bağlanma afinitelerini Prostaglandin I2 Sentaz (PTGIS) ile GSK-429286A ve Lopinavir vermiştir. Sonuç: Bu çalışmada kalsiyum homeostazisi ve endometriyozis arasında güçlü korelasyon olduğu gösterilmiştir. Bulunan sinyal yolakları, hastalıklar ve genler bu homeostazda rol oynar. LASSO regresyonuyla seçilen anahtar protein PTGIS, terapötik moleküller için potansiyel hedef olarak belirlenmiştir. GSK-429286A ve Lopinavir, endometriyozis için aday terapötik ajanlar olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Aim: This study aims to explore possible therapeutic agents that will target endometriosis and to uncover biomarkers that can shed light on the diagnostic and treatment process by clarifying the molecular mechanism of endometriosis pathogenesis. Materials and Methods: Six datasets from endometriosis patients were analyzed, and mutual differentially expressed genes were identified. Enrichment analyses determined the disease and signaling pathways in which the DEGs interact. Protein-protein interaction networks and central proteins for these genes were identified. Key proteins were selected through Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) regression. Possible therapeutic drugs that target core proteins were discovered. Following virtual screening of the discovered proteins and ligands, docking studies of complexes were performed with those have highest binding affinity. Results: As a result of the analysis, 135 common differentially expressed genes were identified. PPI of these genes was examined, and 11 central genes were identified. Signaling pathways such as adhesion molecules, cytoskeleton molecules in muscle cells, leukocyte transendothelial migration and focal adhesion as well as diseases such as Type-2 Diabetes and hyperparathyroidism are associated with endometriosis. 10 key proteins were selected through LASSO. Besides, 10 potential therapeutic agents targeting the identified proteins were uncovered. GSK-429286A and Lopinavir had the highest binding affinity among the agents tested. Conclusion: This study revealed a strong correlation between calcium homeostasis and endometriyozis. The signaling pathways, diseases and genes identified in the study are involved in this homeostasis. The key protein prostaglandin I2 synthase (PTGIS) selected by LASSO regression was determined as a potential target for therapeutic molecules. GSK-429286A and Lopinavir were revealed as candidate therapeutic agents for endometriosis.
Benzer Tezler
- Endometriozis ile otoimmün hastalıklarının potansiyel biyobelirteçlerinin biyoinformatik analizlerle belirlenmesi
Identification of potential biomarkers in endometriosis and autoimmune diseases through bioinformatic analyses
BİLGE İREM GÖÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Endometriyozisin tedavi yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of the results of treatments in the patients with endometriosis
MUSTAFA ŞİŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
Kadın Hastalıkları ve DoğumÇukurova ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF.DR. M. TURAN ÇETİN
- Endometriyozisin tanısında kemokinlerin (CXCL8, CCL2, CCL5) test olarak kullanılabilirliği
Endometriosis diagnosis of chemokines ( CXCL8 , CCL2 , CCL5 ) the availability of the test
ÜMMÜHAN ÇOŞKUN EROL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Kadın Hastalıkları ve DoğumCumhuriyet ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM BOZOKLU AKKAR
- Endometriyozis varlığının ve endometriyozis kist eksizyonunun over rezerv belirteçleri üzerine etkisi
The effect of presence of endometriosis and excision of endometriosis cyst on ovarian reserve
IŞIL KASAPOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Kadın Hastalıkları ve DoğumUludağ ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRKAN UNCU
- Endokannabinoidlerin endometriyozisteki reseptör aracılı olası etkilerinin araştırılması
Investigation of receptor mediated effects of the endocannabinoids in endometriosis
ELİF BİLGİÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Histoloji ve EmbriyolojiHacettepe ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PETEK KORKUSUZ