Secondary structure prediction in the promoter region 3 of the group 2 k5 capsule gene cluster of uropathogenic escherichia coli
Üropatojenik escherichia coli'nin grup 2 k5 kapsül gen kümesinin promotör bölge 3'ünde ikincil yapı tahmini
- Tez No: 986937
- Danışmanlar: PROF. DR. IAN ROBERTS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: The Unıversıty Of Manchester
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kapsüllü Escherichia coli, idrar yolu enfeksiyonlarından yenidoğan menenjiti ve septisemiye kadar çeşitli ciddi enfeksiyonlara yol açar. Polisakkarit kapsül (veya K antijeni) üretimi, patojen E. coli suşlarının yaygın bir özelliğidir. Bir bakterinin kapsülü, özellikle konağın savunma mekanizmalarından korunma gibi birçok bakteri fonksiyonu için kritik öneme sahiptir. K5 kapsül gen kümesinin gen ifadesi, iki karşıt yönde yer alan promotörün — promotör bölge 1 ve promotör bölge 3 — etkinliğiyle transkripsiyon seviyesinde düzenlenir. Ayrıca, pek çok virülans faktöründe olduğu gibi K5 kapsül gen kümesi ifadesinin sıcaklık tarafından da düzenlendiği bilinmektedir. Bu çalışmada, literatürdeki önceki bilgilere göre promotör bölge 3 işaretlendi ve K5 kapsülünün promotör bölge 3'ünde RNA ikincil yapısını belirlemek için mfold web sunucusu kullanılarak RNA ikincil yapısının kapsül gen ifadesi düzenlenmesine etkisi değerlendirildi. Bu çalışma, 37°C ve 20°C'de katlanmış RNA üzerinde promotör bölge 3'ün konformasyonel farklılıklarını; Shine-Dalgarno dizisi, H-NS bağlanma bölgesi ve JUMPstart bölgesi gibi belirli bölgeleri vurgulayarak ortaya koymuştur. Ayrıca, bu çalışma K5 kapsülündeki UTR'nin fonksiyonunu inceleyecek gelecekteki deneylere yönelik önemli içgörüler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Encapsulated Escherichia coli lead to a range of serious infections from urinary tract infections to neonatal meningitis and septicaemia. Polysaccharide capsule (or K antigen) expression is a common feature of pathogenic E.coli strains. Capsule of a bacterium is crucial for a number of functions of the bacterium especially protection of the bacterium from host defences. K5 capsule gene cluster gene expression is regulated at the level of transcription by the activity of two convergent promoters, promoter region 1 and promoter region 3. Also, it is known that expression of K5 capsule gene cluster is regulated by temperature like many virulence factors. In this study, the promoter region 3 was labelled regarding to previous literature and mfold web server was used to find RNA secondary structure in the promoter region 3 of the K5 capsule for evaluation of the effect of RNA secondary structure on the capsule gene expression regulation. This study demonstrated conformational differences of the promoter region 3 on the folded RNA at 37°C and 20°C by highlighting certain regions such as Shine-Dalgarno sequence, H-NS binding site, and JUMPstart region. This study also provides important insight into future experiments to explore function of the UTR on the K5 capsule.
Benzer Tezler
- Orman yangınlarının mekânsal dağılımı ve hava kalitesine etkilerinin uydu verileri ve makine öğrenme yöntemleri ile analizi: 2025 Türkiye ve kaliforniya (LA) yangınları
Analysis of spatial distribution of forest fires and their impacts on air quality using satellite data and machine learning methods: 2025 turkey and california (LA) fires
İLAY NUR TÜMER
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF SERTEL
- Yapıştırıcıların genel özellikleri ve çekme gerilmesine maruz yapışma birleşmesinin analitik ve nümerik olarak incelenmesi
Başlık çevirisi yok
LEVENT KODAKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1996
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TEMEL KATİL
- İstanbul'daki su isale hatlarının deprem risk analizi
Earthquake risk analysis of water transmission lines in İstanbul
EMİR EKREM BARUTÇU
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİMMET KARAMAN
- Cloning of AtBOR4 gene to Medicago sativa L. (Leguminosa-Fabecea) to generate boron tolerant plant cultivar
AtBOR4 geninin bora karşı dirençli Medicago sativa L. geliştirilmesi amaçlı klonlanması
HÜSEYİN TOMBULOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
GenetikFatih ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. M.SERDAL SAKÇALI
YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ
- Finansal ürünlerin vergilendirme ve yasal düzenlemeler açısından değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
ATİLLA UYANIK