Expression and purification of protein operating in DNA replication and repair
DNA replikasyonu ve onarımında görev alan proteinin ekspresyonu ve saflaştırılması
- Tez No: 987719
- Danışmanlar: DR. ALFREDO DE BİASİO
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Unıversıty Of Leıcester
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Eğitimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
DNA replikasyonu, DNA'nın kendini kopyalaması sürecidir. DNA'nın doğru bir şekilde kopyalanması, tüm organizmalar için her hücre bölünmesinden önce kritik bir adımdır. Organizmalar, ultraviyole (UV) ışığı, mutajenik kimyasallar, reaktif metabolitler veya DNA'ya zarar veren diğer ajanlar gibi dışsal ve içsel etkenlere sürekli olarak maruz kalır. Bu durum, genom bütünlüğünün tehdit altında olmasına yol açabilir. Bunu önlemek için genomlar, hasar görmüş DNA'yı onarmaya yönelik özelleşmiş enzimlerle donatılmıştır. Bununla birlikte, bu onarım mekanizmalarına rağmen, bazı hasarlar kalıcı hale gelebilir ve replikasyonun durmasına sebep olabilir. DNA hasarı bu nedenle replikasyon duraklamalarına yol açabilir ve hücreler, bu hasarları aşmak için translesion DNA sentezi (TLS) adı verilen bir süreç aracılığıyla özel polimerazları kullanır. TLS, genomun sürekli olarak kopyalanmasını ve hücre hayatta kalımını sağlar. Bu nedenle TLS, sürekli replikasyonun sürdürülmesinde kritik bir rol oynar; ancak bazen mutajenik olabilir ve insan kanseri ile ilişkilendirilmiştir. Buna rağmen TLS'in moleküler mekanizması hâlâ tam olarak anlaşılamamıştır. Bu projenin amacı, TLS sürecinde görev alan rekombinant proteinleri üretmek ve saflaştırmak, böylece downstream yapısal çalışmalarda kullanarak TLS'in mekanistik anlayışını geliştirmektir. Proteinler E. coli'de eksprese edilecek ve afiniteli kromatografi, iyon değişim kromatografisi ve jel filtrasyonu gibi çeşitli kromatografik teknikler kullanılarak saflaştırılacaktır. Anahtar Kelimeler PCNA, translesion DNA sentezi, ubikuitinasyon, protein saflaştırma
Özet (Çeviri)
Tez özeti DNA replikasyonu, DNA'nın kendini kopyalaması sürecidir. DNA'nın doğru bir şekilde kopyalanması, tüm organizmalar için her hücre bölünmesinden önce kritik bir adımdır. Organizmalar, ultraviyole (UV) ışığı, mutajenik kimyasallar, reaktif metabolitler veya DNA'ya zarar veren diğer ajanlar gibi dışsal ve içsel etkenlere sürekli olarak maruz kalır. Bu durum, genom bütünlüğünün tehdit altında olmasına yol açabilir. Bunu önlemek için genomlar, hasar görmüş DNA'yı onarmaya yönelik özelleşmiş enzimlerle donatılmıştır. Bununla birlikte, bu onarım mekanizmalarına rağmen, bazı hasarlar kalıcı hale gelebilir ve replikasyonun durmasına sebep olabilir. DNA hasarı bu nedenle replikasyon duraklamalarına yol açabilir ve hücreler, bu hasarları aşmak için translesion DNA sentezi (TLS) adı verilen bir süreç aracılığıyla özel polimerazları kullanır. TLS, genomun sürekli olarak kopyalanmasını ve hücre hayatta kalımını sağlar. Bu nedenle TLS, sürekli replikasyonun sürdürülmesinde kritik bir rol oynar; ancak bazen mutajenik olabilir ve insan kanseri ile ilişkilendirilmiştir. Buna rağmen TLS'in moleküler mekanizması hâlâ tam olarak anlaşılamamıştır. Bu projenin amacı, TLS sürecinde görev alan rekombinant proteinleri üretmek ve saflaştırmak, böylece downstream yapısal çalışmalarda kullanarak TLS'in mekanistik anlayışını geliştirmektir. Proteinler E. coli'de eksprese edilecek ve afiniteli kromatografi, iyon değişim kromatografisi ve jel filtrasyonu gibi çeşitli kromatografik teknikler kullanılarak saflaştırılacaktır. Anahtar Kelimeler PCNA, translesion DNA sentezi, ubikuitinasyon, protein saflaştırma
Benzer Tezler
- Recombinant production and biochemical characterization of novel CYP102S from hisaralan and antarctica identified by metagenomics approaches
Hisaralan ve antarktika'dan metagenomik yaklaşımla yeni tanımlanan CYP102S enzimlerinin rekombinant üretimi ve biyokimyasal karakterizasyonu
ELİF MEHVEŞ ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Production of MBP-Taq I restriction endonuclease fusion protein by recombinant Escherichia coli harboring pETMET
MBP-Taq I restriksiyon endonükleaz füzyon proteininin pETMET plazmidi içeren rekombinant escherichia coli harboring pETMET
BAHAR BİLGEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. BETÜL KIRDAR
- Metal içeren hekzahistidin zincirlerinin modellenmesi ve metalin amino asit etkileşimlerindeki rolünün incelenmesi
Modeling of metal-containing hexahistidine chains and examining the role of metal in amino acid interactions
ALPARSLAN NUMAN YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
- Kentsel atıksu arıtma tesisi anaerobik çamur çürütücülerinin dinamik proses modelleme yaklaşımı ile analizi
Analysis with dynamic process modeling approach of anaerobic sludge digesters of the urban wastewater treatment plant
KERİM EKİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYRETTİN GÜÇLÜ İNSEL
- Expression and purification of Arabidopsis thaliana heterotrimeric G protein alpha subunit (GPA1) using bacteria and yeast systems
A.Thaliana G-proteini alfa altbirimi (GPA1)' ın bakteri ve maya sistemlerinde ekspresyonu ve saflaştırılması
HAZAL BÜŞRA KÖSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyokimyaSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS