Molecular detection of FIM H, MRKD, and WCAG genes responsible for biofilm formation in klebsiella pneumoniae isolated from different sites of infection
Farklı enfeksiyon yerlerinden izole edilen klebsıella pneuomonae'da biyofilm oluşumundan sorumlu FİM H, MRKD, ve WCAG genlerinin moleküler saptanması
- Tez No: 987845
- Danışmanlar: PROF. DR. ERGİN KARİPTAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Biyofilmler, Klebsiella pneumoniae, Biofilms, Klebsiella pneumoniae
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Arka plan: Klebsiella pneumoniae, önemli morbidite ve ölümlü hastane ve toplum kaynaklı hastalıklara yol açmaktadır. K. pneumonia'nın biyofilm üretimi, virülans genlerine bağlıdır. Direnç, biyofilm gelişimi ile arttırılmaktadır. Bu araştırma, sodyum hipokloritin yanı sıra karanfil ekstraktını K. pneumoniae biyofilmine karşı araştırmıştır. Materyal ve yöntem: Irak, Bağdat Tıp Merkezi'ndeki hastanelerden alınan çeşitli klinik örneklerden Haziran 2021 ile Ocak 2022 arasında yaklaşık 100 Klebsiella pneumoniae izolatı elde edilmiştir. Bu bakteri, geleneksel laboratuvar yöntemleri kullanılarak izole edilmiş olup, VITEK-2 otomatik sistemi kullanılarak tanımlama yapılmıştır. Biyofilm ile ilgili genler (fimH, wcaG ve mrkD), konvansiyonel-PCR ile ve ayrıca biyofilm değerlendirmesi, üç farklı yöntem (Triptik Soya Sıvı besiyeri TSB, Kongo Kırmızı Agarı CRA ve Beyin Kalp İnfüzyon Sıvı Besiyeri BHIB) ile tespit edilmiştir. Ayrıca anti-biyofilm maddelerinin (sodyum hipoklorit ve karanfil) biyofilm üzerindeki etkisi ölçülmüştür. Bulgular: Bu araştırmada K. pneumoniae izolatları, balgam, yanık, idrar ve kanda oluşan biyofilmlerden elde edilmiş olup, irin, kulak sıvısı ve sıvı izolatlarının biyofilm oluşturma olasılığı daha düşük çıkmıştır. Kongo kırmızı agar ve beyin-kalp infüzyon besiyeri tekniklerinin kullanımıyla karşılaştırıldığında, triptik soya sıvı besiyeri kolayca ölçülebilir ve biyofilm büyümesini tanımlamanın güvenilir bir yolu olabilir. İzolatlarda mrkD ve fimH genlerinin yüksek frekansı, mrkD ve fimH genlerinin varlığı ile birlikte biyofilm üretme kapasitesi arasında da güçlü bir korelasyonu ortaya koymuştur. Ek olarak, sodyum hipoklorit ve karanfil, özellikle Syzygium aromatikleri, K. pneumoniae izolatlarında biyofilm oluşumu üzerinde güçlü bir inhibitör etki ortaya çıkarmıştır. Sonuç: K. pneumoniae'deki mrkD ve fimH genlerinin biyofilm oluşumu ile ilişkili olması onları ilginç ve uygun tedavi seçenekleri haline getirmektedir. Triptik soya sıvı besiyeri tekniği, laboratuvarlarda biyofilm oluşturan bakterileri tanımlamanın daha verimli ve güvenilir bir yoludur. Sodyum hipoklorit ve karanfil, özellikle Syzygium aromatikleri, K. pneumoniae biyofilmini inhibe etmiş ve uzaklaştırmış olup, etkisi hem bakterisidal hem de bakteriyostatik spektrumda belirli bir düzyede artış göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Background: Klebsiella pneumoniae leads to hospital and community-acquired illnesses with substantial morbidity and death. K. pneumonia's biofilm production is connected to virulence genes. Resistance is enhanced by biofilm development. This research investigated sodium hypochlorite as well as carnation extract against K. pneumoniae biofilm. Materials and methods: About 100 Klebsiella pneumoniae isolates were obtained from various clinical specimens taken from hospitals in the Medical City of Baghdad, Iraq, between June 2021 and January 2022. This bacterium was isolated by used traditionally laboratory methods and identification by used VITEK-2 automated system, biofilm-related genes (fimH, wcaG and mrkD) were detection by conventional-PCR as well as biofilm evaluation by three different methods (Tryptic Soy Broth TSB, Congo Red Agar CRA and Brain Heart Infusion Broth BHIB). Additionally, the impact of anti-biofilm materials (sodium hypochlorite and carnation) on biofilm was measured. Results: In this investigation, K. pneumoniae isolates obtained from sputum, burns, urine, and blood formed biofilms. Pus, ear fluid, and fluid isolates were less likely to form biofilms. When compared to the use of Congo red agar and the brain-heart infusion broth techniques, tryptic soy broth is readily quantified and may be a reliable way to identify biofilm growth. The high frequency of the mrkD and fimH genes in isolates was also a strong correlation among the capacity to produce biofilm along with the presence of mrkD and fimH genes. In addition, sodium hypochlorite and carnation, in particular Syzygium aromatics, revealed a strong inhibitory influence on the biofilm establishment in K. pneumoniae isolates. Conclusion: mrkD and fimH genes in K. pneumoniae are associated with biofilm formation, making them interesting appropriate treatment options. The tryptic soy broth technique is a more efficient and dependable way to identify biofilm-forming bacteria in laboratories. Sodium hypochlorite and carnation, in particular Syzygium aromatics, inhibited and removed K. pneumoniae biofilm, and the impact increased with a level in the both bactericidal and bacteriostatic spectrum.
Benzer Tezler
- Kadınlarda üriner sistem enfeksiyonlarından üropatojenleri oluşturan biyofilmin izolasyonu, tanımlanması ve moleküler karakterizasyonu
Isolation, identification and molecular characteriation of biofilm forming uropathogens from urinary tract infections in women
SUMAYA JABBAR KARIEM ASKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKAY ÇORAK ÖCAL
PROF. DR. ASAL AZİZ TAWFEEQ
- Investigation of cytokines changes associated with genotype of Escherichia coli strains and Cytomegalovirus isolated from in women with vaginitis in Misan province, Iraq
Irak'ın, Misan ilindeki vajinitli kadınlardan izole edilen Esherichia coli suşları ve Sitomegalovirus genotipi ile ilişili sitokin değişikliklerinin araştırılması
HIBA JAWAD BAQER AL -LAMI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IRMAK POLAT
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZAHRAA ADNAN AL-SHAMMARI
- İdrar yolu enfeksiyonu olan Irak'lı diyabetik hastalardan izole edilen Escherichia coli suşlarında fimH geninin saptanması ve serum sitokin (IL-6 VE IL-8) düzeyleri ile ilişkisinin belirlenmesi
Detection of fimH gene in Escherichia coli strains isolated from Iraqi diabetic patients with urinary tract infection and determination of its associations with serum cytokine (IL-6 VE IL-8) levels
HAYDER GHASSAN JAWAD AL-BAGHDADİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER KEÇELİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ REHAB SHAFİQ ALMALIKI
- Üropatojen escherichia coli'de bazı adezyon ilişkili genlerı̇n ekspresyonunun moleküler olarak tespı̇t ve Bağdat-Irak hastalarından elde edı̇len klinik ı̇zolatlarda antı̇bı̇yotı̇k dı̇rencı̇ ile ilişkisi
Molecular detection of the expression of some adhesion-related genes in uropathogenic escherichia coli and their relationship with antibiotic resistance in clinical isolates from patients from Baghdad and Iraq
ALAA ALI JAWAD MHANNAWEE
Doktora
Türkçe
2025
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERDAL TARHANE
- Kanatlı orijinli escherichia coli suşlarının virülens özelliklerinin fenotipik ve moleküler metotlarla belirlenmesi
Detection of virulence properties escherichia coli orginated from poultry by phenotipic and molecular methods
ZAFER CANTEKİN