Çoklu ilaca dirençli A. baumannii' de gelişmiş CRISPR-Cas9HF1 sistemi ile hedef gen silinmesi
Target gene deletion in multidrug-resistant A. baumannii using the developed CRISPR-Cas9HF1 system
- Tez No: 988419
- Danışmanlar: PROF. DR. TÜLİN ÖZBEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Genetics, Microbiology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Günümüzde Acinetobacter baumannii enfeksiyonlarının artış göstermesi çoklu ilaca dirençli bu patojende yüksek doğruluklu genom düzenleme tekniklerinin geliştirilmesini gerekli kılmaktadır. Klasik CRISPR-Cas9 sistemlerinde sık görülen in/del mutasyonları, transisyon/transversiyon değişimleri ve hedef dışı kesimler bakterinin zayıflatılması için genomik müdahalelerin etkin çalışmasını kısıtlamaktadır. Bu tez çalışmasında, A. baumannii' de hedeflenen genin açık okuma çerçevesinin (ORF) geri dönüşümsüz silinmesi amacıyla optimize edilmiş, homolog rekombinasyon temelli yeni bir CRISPR-Cas9 tabanlı genom düzenleme sistemi geliştirilmiştir. İlk aşamada konvansiyonel Cas9 plazmitleriyle ampC geni hedeflenmiş; doğal transformasyon metodolojisiyle üç farklı homolog rekombinasyon stratejisi uygulanmıştır. Ancak bu mutantlarda ampC gen ORF bölgesi sabit kalmakla birlikte in/del mutasyonlar ve hedef dışı kesimler gözlenmiştir. Bu sınırlılıkları aşmak için kapsül biyosentezinden sorumlu ptk geni belirteç olarak seçilmiş; homolog rekombinasyonu artırmak amacıyla recA ve recBCD genlerini içeren pİYRecHR plazmidi tasarlanmıştır. Cas9HF1 endonükleazı ve IPTG kontrollü indüksiyon sistemiyle yapılan düzenleme sonucunda ptk geninin ORF' sinin bütünüyle başarıyla silinmesi sağlanmıştır. Geliştirilen Cas9HF1 tabanlı sistem, A. baumannii ve diğer patojenlerde tam gen silinmesi için güçlü bir araç sunmakta olup, canlı zayıflatılmış aşı geliştirme çalışmalarına önemli katkı sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
The increasing incidence of Acinetobacter baumannii infections today necessitates the development of high-precision genome editing techniques to combat this multidrug-resistant pathogen. Frequent in/del mutations, transition/transversion changes, and off-target cuts observed in conventional CRISPR-Cas9 systems limit the effective genomic interventions required for bacterial attenuation. In this thesis study, a new CRISPR-Cas9-based genome editing system optimized for irreversible deletion of the open reading frame (ORF) of the target gene in A. baumannii was developed based on homologous recombination. Initially, the ampC gene was targeted using conventional Cas9 plasmids, and three different homologous recombination strategies were applied via natural transformation methodology. However, in these mutants, although the ampC gene ORF region remained intact, in/del mutations and off-target cuts were observed. To overcome these limitations, the ptk gene responsible for capsule biosynthesis was selected as a marker, and the pİYRecHR plasmid containing recA and recBCD genes was designed to enhance homologous recombination. Through editing with the Cas9HF1 endonuclease and an IPTG-controlled induction system, complete deletion of the ptk gene ORF was successfully achieved. The developed Cas9HF1-based system provides a powerful tool for full gene deletion in A. baumannii and other pathogens and contributes significantly to live attenuated vaccine development studies.
Benzer Tezler
- Yoğun bakım hastalarının kan kültürlerinden izole edilen çoklu ilaca dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae'nin tüm genom dizileme analizi ile karşılaştırılması
Comparison of multiple drug resistant acinetobacter baumannii and klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures of intensive care patients by whole genome sequencing analysis
NOOR ABDULLAH HUSSAIN HUSSAIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
- Çoklu ilaca dirençli acinetobacter baumannii suşunun neden olduğu infeksiyonun tedavisinde kolistin ve kolistinin rifampisin, trimetoprim sulfametoksazol, teikoplanin ile birlikte kullanımının etkinliği
Efficacy of colistin and colistin combined with rifampicin, trimethoprim sulfamethoxazole, teicoplanin for treatment of infection caused by acinetobacter baumannii strains
CİHAN YEŞİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAkdeniz ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATA NEVZAT YALÇIN
- Çoklu ilaca dirençli (ÇİD) klinik izolatlarda biyofilm oluşumu ve biyosidal aktivite saptama
Biofilm formation in clinical isolates with multiple drug resistant (MDR) and detection of biocidal activity
BURCU SEBİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL KARAHASAN
- Çoklu ilaca dirençli acinetobacter baumannii suşları ile gram negatif enterik bakterilerde çeşitli antibiyotiklerin sinerjistik etkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of synergistic activity of various antibiotic combinations against multidrug-resistant acinetobacter baumannii and gram negative enteric bacteria
GÜLE AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiKlinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL BALIK
- Çoklu ilaca dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında kolistin duyarlılığının farklı yöntemlerle saptanması, kolistin direncinin moleküler ve hızlı yöntemlerle belirlenmesi
Detection of colistin susceptibility in multidrug resistant Acinetobacter baumannii isolates by different methods, determination of colistin resistance by molecular and rapid methods
FATİH MEHMET AKILLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP ARZU İLKİ