Origanum L. ve Thymus L. cinslerine ait bazı taksonların moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some taxa belonging to genera Origanum L. and Thymus L.
- Tez No: 992190
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET KARACA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada Antalya il sınırları içerisinde doğal olarak yetişmekte olan bazı Origanum L. ve Thymus L. bitki materyalleri farklı lokasyonlardan toplanmış ve morfolojik özelliklerine göre sınıflandırılmıştır. Her iki cinse ait toplam genoma ait DNA örnekleri izole edilmiş ve farklı DNA markır teknikleri kullanılarak kloroplast, mitokondri ve nüklear genom bilgilerinden yararlanılarak cinslere ait türler tür, lokasyon ve genotip düzeyinde araştırılmıştır. Çalışmada kullanılan örnekler bitkilerin çiçeklenme dönemlerinde, her bir tür için 3 lokasyondan, her bir lokasyondan ise en az üç genotip toplanmıştır. Araştırmada kullanılan toplam genotip sayısı 115 olup 63 adedi Origanum L. ve 52 adedi Thymus L. cinsine aittir. Origanum L. örneklerine ait DNA materyali 21 primer çifti kullanılarak SSR veya diğer adıyla mikrosatellit tekniği ve bir primer çifti kullanılarak SCAR tekniği kullanılarak çalışılırken, Thymus L. genotipleri CpSSR, CAPS-SSR (“CAPS Microsatellite”), CAPS ve DAMD-PZR teknikleri kullanılarak çalışılmıştır. Nüklear ve sitoplazmik genom tabanlı SSR ve SCAR markırlarından yararlanılarak Origanum L. cinsine ait O. saccatum, O. solymicum, O. husnucanbaseri, O. bilgeri, O. minutiflorum, O. majorana, O. onites, O. vulgare subsp. hirtum türleri UPGMA ve PCO analizleri ile karakterize edilmiştir. Türler arasında belirlenmiş olan genetik ilişkiler morfolojik temelde yapılan taksonomik sıralamayı desteklemektedir. Çalışmada Origanum L. türlerinden O. saccatum, O. solymicum, O. husnucanbaseri, O. minutiflorum, O. majorana, O. onites, O. vulgare subsp. hirtum türlerine özgü DNA markırları geliştirilmiştir. Bu DNA markırları, tür teşhisinde kullanılabilecek türe özgü SSR markırları olup, ayrıca türler arası gen akışı ve doğal melezlerin tespitinde kullanılabilecek niteliktedirler. Çalışılan her bir türde oldukça yüksek düzeyde varyasyona neden olan genetik heterozigotluk tespit edilmiştir. Aynı türe ait farklı lokasyonlarda veya aynı lokasyonda gözlenen genetik varyasyonun çeşitli seviyelerde görülmesinde coğrafik ve ekolojik faktörlerin de önemli bir rolü olduğu düşünülmektedir. Çalışmada ayrıca genotiplerin toplanmış olduğu yatay ve dikey lokasyonlar arasında genetik farklılığın bulunduğu ve bu farklılığın uçucu yağ içerikleri ile ilişkili olabileceği ön denemelerle tespit edilmiştir. Bu bağlamda, bu tez kapsamında elde edilen bulguların sadece Origanum L. türlerinin genetik karakterizasyonu ile sınırlı olmadığını, ileride yapılacak ıslah çalışmalarına da ışık tutacak nitelikte olduğunu göstermektedir. Çalışmanın diğer bölümünde ise, Lamiaceae familyasının en problemli cinslerinden biri olan Thymus L. çalışılmıştır. Çalışma materyali olarak Antalya il sınırlarında doğal olarak yetişen T. cilicicus T. revolotus, T. cherlerioides var. isauricus, T. leucotricus var. austroanatolicus, T. zygoides var. lycaonicus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. sipyleus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. davisianus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. rosulans ve T. longicaulis kullanılmıştır. DNA analizleri sonucunda, Thymus L. tür içi ve türler arasındaki genetik farklılığın yüksek düzeyde olduğu DAMD-PZR analizleri ile ortaya konulmuştur. Thymus L. taksonlarının genetik ilişkilerinin ortaya konması amacıyla daha az değişken olan kloroplast ve mitokondri lokusları kullanılmıştır. Thymus L. taksonlarının kloroplast ve mitokondri lokuslarında da DNA düzeyinde varyasyonun varlığı gözlenmiş, ancak bu varyasyonun morfolojik gözlemlerle ortaya konulmuş olan taksonomik sıralamaya uymadığı tespit edilmiştir. Çalışmada elde edilen verilere dayanarak Thymus L. genotiplerinin bir arada incelendiğinde taksonomik sıkıntının bulunduğu ve bu nedenle ileriki çalışmalarda salt Antalya il sınırları değil bütün Türkiye genelinden toplanan örneklerin ITS, MatK ve mikrosatellit markırları yardımıyla tekrar analiz edilmesi gerektiği öngörülmüştür.
Özet (Çeviri)
In this study some Origanum L. and Thymus L. plant materials naturally grown at different locations within the province of Antalya were collected based on the morphological characteristics and classified. Total genomic DNAs belonging to both genera were isolated and investigated using different DNA techniques to gain knowledge of the species, type, location and genotype level utilizing chloroplast, mitochondrial and nuclear genomes. Plant leaf materials used in the study were collected from genotypes grown in various different locations. From each location at least three genotypes were collected for each species during the flowering of plants. The total number of genotypes used in the study was 115 in total, consisting of 63 Origanum samples and 52 Thymus L. samples. 21 SSR primer pairs in a microsatellite technique and utilizing one primer pair in a SCAR technique were used for genetic studies of Origanum L. while CpSSR, CAPS-SSR (“CAPS Microsatellite”), CAPS and DAMD-PCR techniques were used for Thymus L. genetic studies. UPGMA and PCO analyses were utilized using the SSR and SCAR markers obtained from nuclear and cytoplasmic genomes for characterization of Origanum L. genus O. saccatum, O. solymicum, O.husnucanbaseri, O. minutiflorum, O. majorana, O. onites, O. vulgare subsp. hirtum species. The genetic relationships between among the species and genotypes based on the DNA markers agreed with the morphological based taxonomic ranking. In this study species-specific DNA markers were developed specific to O. saccatum, O. solymicum, O. husnucanbaseri, O. minutiflorum, O. majorana, O. onites, O. vulgare subsp. hirtum which belong to Origanum L. genus. These DNA markers developed in this study are SSR markers which are well qualified to be used in the determination of gene flow between species and natural hybrids. Studies revealed that species in Origanum genus have high level of genetic variations and most of them are genetically heterozygous. Further studies also showed that there were great genetic differences among the species grown in different locations indicating the effects of geographic and ecological factors on genetic variations. Genetic differences among the plant genotypes which were collected at horizontal and vertical locations could be related with the essential oil contents. Thus researchers or plant breeders could obtain genotypes with high essential oil contents using the genetic markers identified in this study. In the other part of this study, Thymus L. which is the genus of the most problematic and complicated member of the Lamiaceae family was studied. In the study T. cilicicus, T. revolotus, T. cherlerioides var. isauricus, T. leucotricus var austroanatolicus, T. zygoides var. lycaonicus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. sipyleus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. davisianus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. rosulans and T. longicaulis naturally grown in the Antalya province were studied. In the result of this study, it was observed that the genus Thymus L. has high level of genetic variations at both in intra and inter species level based on the DAMD-PCR analysis. Analyses of chloroplast and mitochondria loci of Thymus L. revealed there were high level of variations in DNA, however, cluster analyses based on the loci could not support the morphological relations based on the morphological observations. Based on the data obtained from this study it was concluded that genotypes in Thymus L. might have some kind of contaminations in terms of genotypic mixture and therefore further studies are required to reanalyzed the genotypes of Thymus L. with additional samples collected from more locations. The use of new markers and DNA sequencing analyses such as ITS, Mat K and microsatellite could be useful in these types of analyses.
Benzer Tezler
- Labiatae familyasına özgü yaygın bazı türlerin uçucu yağ bileşenlerinin GC-MS ile miktar tayini, metot validasyonu ve analizi
Quantification, method validation and analysis of essential oil componennts of some common species of labiatae family by GC-MS
SEDAT ÜSTÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiDicle ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF VARHAN ORAL
- Kekik olarak adlandırılan bazı bitki cinslerinin tohumlarında farklı çimlendirme yöntemleri ve tarla performanslarının belirlenmesi
Determining the field performances and different germination techniques on the seeds of some plant genus named as thyme
ERAY HAYTA
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
ZiraatAdnan Menderes ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OLCAY ARABACI
- Ülkemizin doğu bölgesinde halk arasında kullanılan bazı yabani kekik türlerinin kimyasal ve biyolojik yönden incelenmesi
Chemical and biological analysis of some wild thyme species used among the population in eastern part of our country
MEHMET VEYSİ ÇAĞLAYAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
KimyaDicle ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDULSELAM ERTAŞ
- Türkiye'de yetişen farklı kekik türlerinin antimikrobiyal aktivitelerinin ve moleküler genotiplerinin belirlenmesi
Determination of antimicrobial activity and molecular genotypes of different thyme species grown in Turkey
SİBEL KEREM
- Origanum onites L. uçucu yağı ve ekstresinin elde edilmesinde kullanılan farklı distilasyon ve ekstraksiyon tekniklerinin ürün kalitesine etkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the efficiency of different distillation and extraction techniques used in obtaining essential oil and extract on origanum onites L. on product quality
BURÇİN MERSİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYRİYE GÜLÇİN SALTAN İŞCAN