Geri Dön

Hepatit delta virus RNA'sının PCR ile belirlenmesi ve kronik delta hepatitli Türk hastalarda HDV RNA genotiplendirilmesi

Detection of HDV RNA by in-house PCR method in patients with chronic hepatitis delta virus and genotyping of HDV in Turkish patients

  1. Tez No: 99399
  2. Yazar: TİJEN ŞENGEZER
  3. Danışmanlar: DOÇ.DR. A. MİTHAT BOZDAYI, PROF.DR. ÖZDEN UZUNALİMOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Gastroenteroloji, Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Gastroenterology, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
  6. Anahtar Kelimeler: Genotip, HDV, Hepatit, PCR, RFLP 41, Genotype, HDV, Hepatitis, PCR, RFLP. 42
  7. Yıl: 2000
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Hepatoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 51

Özet

ÖZET Kronik Hepatit Delta Viruslü Hastalarda Hepatit Delta Virus RNA'sının (HDV RNA) ln-house PCR (Polimeraz zincir reaksiyonu) ile Belirlenmesi ve Türk Hastalarda HDV RNA genotiplendirilmesi Hepatit Delta Virüsü (HDV) enfeksiyonu tanısında kullanılan serolojik testlerden Anti-HDV'nin, yeni ve geçirilmiş enfeksiyonu ayırmada yetersiz, HDAg'nın ise kısa süreli ve düşük titrede görülmesi, tanı ve tedaviye yanıtı izlemede HDV-RNA'nın moleküler yöntemlerle gösterilmesini önemli kılmaktadır. HDV'nin Genotip 1,11 ve III olarak tanımlanan 3 genotipi vardır. Çalışmanın amacı Hepatit Delta Virus RNA'sının RT-PCR ile belirlenmesi ve kronik delta hepatitli Türk hastalarda HDV genotipinin saptanmasıdır. Çalışmaya Anti-Delta'sı pozitif 67 hasta alındı (12K/55E). HDV-RNA, serum örneklerinden acid-guanidinium-phenol-chloroform yöntemi ile ekstrakte edildi. Hekzanükleotid ve AMV ters transkriptaz enzimi kullanılarak komplementer DNA sentezlendi. Türkiye'deki hastalarda HDV-RNA genotipi ve dizi özellikleri bilinmediğinden daha önce yayınlanmış 2'si iki turlu ve biri tek turlu olmak üzere 3 primer seti ile PCR yapıldı. Genotiplendirme, RFLP yöntemiyle, PRC ürünlerinin Smal enzimi (5"CCC/GGG 3') kullanılarak kesimi sonucu gerçekleştirildi. Viral genomun delta antijenini kodlayan bölgesine özgü, 5413-8276 ve 5414-5415 primerlerinden oluşan ve 405 bp büyüklüğünde PCR ürünü veren 3. Setin amplifikasyon etkinliği en yüksek bulundu. Bu setle çalışan 67 hastanın 59'unda HDV-RNA PCR pozitif bulundu (%88). HDV-RNA pozitif hastalara ait PCR ürünlerinin Smal enzimi ile kesimi sonucunda, hastaların tümünde 227+178 bp uzunluğunda iki banttan oluşan ve Genotip l'e karşılık gelen patern saptandı (%100). Ayrıca 22 hastada Smal enzim kesim noktalarını içine alan bölgenin DNA dizi analizi yapılarak Genotip I olduğu doğrulandı. 40PCR,HDV-RNA gösterilmesinde özgül ve duyarlı bir moleküller tanı yöntemidir. Ülkemizdeki HDV enfeksiyonlarının PCR ile tanısında 5413-8276 ve 5414-5415 primerleri viral genoma özgül gözükmektedir. Çalışmanın sonucu, Türkiye'de hakim olan HDV genotipinin Genotip I olduğunu ortaya koymaktadır.

Özet (Çeviri)

SUMMARY Detection of HDV RNA by in-house PCR method in patients with chronic Hepatitis Delta Virus and Genotyping of HDV in Turkish patients Determination of HDV RNA by molecular technics is important. Because the other serological tests like anti HDV and HD aantigen, used for diagnosis of HDV infecrion, are insufficient to precise infection decision. Anti hDV is unsufficient to compare if the infection has a story of former HDV infection or ongoing HDV infection and HDV antigen can detectable only for a short time with a low titer level in HDV infection. HDV has three major genotype; I, II, III. The aim of the study is determination of HDV RNA RT-PCR and the determination of HDV genotype in Turkish patient with chronic Delta virus infection. Sample from 67 patients with chronic HDV infection were investigated (12 F, 55 M). HDV RNA was extracted from serum by acid-guanidium-phenol- chloroform method. By using hexanucleotide and AMV reverse transcriptase enzyme cDNA synthesis is done. Because there were no any information about HDV RNA genotypes and sequences in Turkey, we used previous reported 4 primer sets for HDV RNA PCR. Genotyping is done with RFLP method by using Sma I enzyme (5'CCC / GGG 3'). After using primers 5413-8276 and 5414-5415, which are spesific for delta antigen coding region, 405 bp PCR product are obtained. The 3rd set primer's effectiviness was the high than the other primer sets in PCR. By using 3rd primer we could get HDV RNA PCR positive results in 59 patients (88 %). In genotype I pattern, two band, 227 and 178 bp formation is observed. In all HDV PCR positive patients (100 %). In 22 patients with genotype I infection is comformed with DNA sequence analysis. Sma I enzyme digestion fragment was present in this sequencing reagent also.. In Turkey, the primers 5413-8276 and 5414-5415 are viral genom specific for PCR in patients with HDV infection. The result of the study showed that the predominat genotype in Turkey is genotype I.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    256236

    Hepatit delta virüsü (HDV) tanısında 'real time' PZR temelinde yeni bir yöntem geliştirilmesi

    Development of a new method based on real time PCR in the diagnosis of hepatitis delta virus (HDV)

    YASEMİN ÇELİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. İRFAN SOYKAN

  2. Tez No

    157912

    Hepatit delta virüs RNA'sının saptanması ve genotiplemesi

    Identification and genotyping of hepatitus delta virus RNA

    SİBEL ÖZSU CAYMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. HAKAN ABACIOĞLU

  3. Tez No

    303178

    Yeni antiviral moleküllerin taranması için Hepatit Delta Virüsünün replike olabildiği hücre kültür sisteminin oluşturulması

    Development of a novel cell culture system for Hepatitis Delta Virus genome replication to study new antiviral agents

    İNCİ ÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Disiplinlerarası Hepatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI

  4. Tez No

    463842

    Tokat ili kronik Hepatit B enfeksiyonlu hastalarda Tork teno virüs (TTV) ve hepatit D virüs (HDV) araştırılması

    Investigation of Torque teno virus (TTV) and Hepatitis D (HDV) infections in patients with chronic Hepatitis B in Tokat

    YELDA DAĞCIOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEKERİYA ALTUNER

    DOÇ. DR. YUNUS BULUT

  5. Tez No

    203804

    Kronik HDV infeksiyonlu hastalarda serum HBV DNA ve HDV RNA düzeyleri ile histolojik bulguların hastalığın klinik evreleriyle ilişkisi

    The relationship between serum HBV DNA and HDV RNA levels, histological findings and clinical phases of disease in patients with chronic HDV

    MEHMET SUAT YALÇIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    GastroenterolojiDicle Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KENDAL YALÇIN

Geri Dön