Geri Dön

Talaromyces funiculosus'ta gen ifadesi çalışmaları için bazı referans genlerin etkinliklerinin karşılaştırılması

Comparing the effectiveness of some reference genes for gene expression studies in talaromyces funiculosus

PDF İndir

  1. Tez No: 998397
  2. Yazar: MUSTAFA BARUT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ÖLMEZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sivas Bilim ve Teknoloji Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarım Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Dünya nüfusundaki hızlı artış ve tarımsal üretim alanlarının giderek azalması, sürdürülebilir tarım uygulamalarının önemini artırmıştır. Bitkiler için temel besin elementlerinden biri olan fosforun toprakta çözünmeyen formlara dönüşmesi, fosfor gübrelerinin etkinliğini sınırlandırmakta ve çevresel sorunlara yol açmaktadır. Bu bağlamda fosfat çözme kapasitesine sahip mikroorganizmalar, fosfor gübrelerine olan bağımlılığın azaltılmasında önemli bir alternatif olarak değerlendirilmektedir. Filamentöz funguslardan biri olan Talaromyces funiculosus, bu potansiyeli nedeniyle dikkat çekmektedir. Ancak bu organizmada gen ekspresyon analizlerinin güvenilir biçimde gerçekleştirilebilmesi için uygun referans genlerin belirlenmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, T. funiculosus izolatında 25 ve 30°C sıcaklık koşullarında ve 2., 4. ve 8. günlerde elde edilen örneklerde qRT-PCR analizleri için uygun referans genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Aday referans genler olarak 18S rRNA, β-actin (act), β-tubulin (benA) ve GAPDH genleri değerlendirilmiştir. 18S rRNA, β-actin (act) ve β-tubulin (benA) genleri optimizasyonu sağlanarak çalışmada yer alan genler olmuştur. Toplam RNA izolasyonu ve cDNA sentezi sonrasında gerçekleştirilen qRT-PCR analizlerinde Ct değerleri AriaMx HRM qPCR Software kullanılarak elde edilmiş ve uygun eşik (threshold) değeri 18S rRNA için 600, β-actin (act) ve β-tubulin (benA) genleri için 1000 olarak ayarlanmıştır. Elde edilen veriler teknik ve biyolojik tekrarlar temelinde değerlendirilmiş; sıcaklık ve gün faktörlerinin etkileri ANOVA ve contour grafikleri ile analiz edilmiştir. Ayrıca referans gen stabilitesi RefFinder platformu üzerinden NormFinder algoritması kullanılarak incelenmiştir. Sonuçlar, β-actin geninin sıcaklık, gün ve bu faktörlerin etkileşiminden anlamlı şekilde etkilendiğini ve stabil bir ekspresyon profili sergilemediğini göstermiştir. 18S rRNA geninin sıcaklıktan etkilenmediği, ancak büyüme günlerine bağlı olarak anlamlı değişimler gösterdiği belirlenmiştir. β-tubulin (benA) geninde ise sıcaklık faktörü ve sıcaklık × gün etkileşimi anlamsız bulunmuş ve bu genin çalışma koşulları altında stabil bir ifade profiline sahip olduğu ortaya konulmuştur. Sonuç olarak, T. funiculosus izolatında qRT-PCR analizleri için β-tubulin (benA) geninin birincil referans gen, 18S rRNA geninin ise yardımcı referans gen olarak kullanılabileceği belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

The rapid increase in the world population and the gradual decrease in agricultural production areas have increased the importance of sustainable agricultural practices. The conversion of phosphorus, one of the essential nutrients for plants, into insoluble forms in the soil limits the effectiveness of phosphorus fertilizers and causes environmental problems. In this context, microorganisms with phosphate solubilization capacity are considered an important alternative for reducing dependence on phosphorus fertilizers. Talaromyces funiculosus, a filamentous fungus, is attracting attention due to this potential. However, suitable reference genes must be identified to reliably perform gene expression analyses in this organism. This study aimed to identify suitable reference genes for qRT-PCR analysis in samples obtained from T. funiculosus isolates at 25 and 30°C temperatures on days 2, 4, and 8. The candidate reference genes evaluated were 18S rRNA, β-actin (act), β-tubulin (benA), and GAPDH. The 18S rRNA, β-actin (act), and β-tubulin (benA) genes were optimized and included in the study. Following total RNA isolation and cDNA synthesis, Ct values were obtained using AriaMx HRM qPCR Software in the qRT-PCR analyses, and the appropriate threshold value was set at 600 for the 18S rRNA gene and 1000 for the β-actin (act) and β-tubulin (benA) genes. The obtained data were evaluated based on technical and biological replicates; the effects of temperature and day factors were analyzed using ANOVA and contour plots. Additionally, the stability of reference genes was examined using the NormFinder algorithm via the RefFinder platform. The results showed that the β-actin gene was significantly affected by temperature, days, and the interaction of these factors, and did not exhibit a stable expression profile. The 18S rRNA gene was found to be unaffected by temperature but showed significant changes depending on growth days. In the β-tubulin (benA) gene, the temperature factor and temperature × day interaction were found to be insignificant, and it was revealed that this gene has a stable expression profile under the experimental conditions. In conclusion, it was determined that the β-tubulin (benA) gene can be used as the primary reference gene and the 18S rRNA gene as the auxiliary reference gene for qRT-PCR analyses in the T. funiculosus isolate.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1015528

    Fosfat çözen funguslar tarafından üretilen organik asitlerin karakterizasyonu ve organik asit üretiminin manipülasyonu

    Characterization of organic acids produced by phosphate-solubilizing fungi and manipulation of organic acid production

    MUHAMMED TATAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    ZiraatSivas Bilim ve Teknoloji Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİH ÖLMEZ

  2. Tez No

    871450

    Fosfor çözücü fungus Talaromyces funiculosus'un kitlesel üretimine temel teşkil edecek bazı biyolojik parametrelerin belirlenmesi

    Determination of some biological parameters providing the basis for the mass production of the phosphorus solving fungus Talaromyces funiculosus

    HİRANUR AKDAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatSivas Bilim ve Teknoloji Üniversitesi

    Tarım Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ÖLMEZ

  3. Tez No

    898450

    Talaromyces annesophieae metabolitlerinin biyolojik aktivitelerinin araştırılması

    Investigation of biological activities of talaromyces annesophieae derived metabolites

    MERYEM DOYMUŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT TAŞKIN

  4. Tez No

    575065

    Penicillium ve talaromyces cinslerine ait bazı standart suşların modifiye CYA ve malt ekstrakt agar besiyerindeki koloni morfolojileri

    Colony morphology of modified CYA and malt extract agar media of some standard strains of penicillium and talaromyces species

    GOULSOUM OUZEIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiTrakya Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BURHAN ŞEN

  5. Tez No

    436616

    Asidik maden drenajından izole edilen Talaromyces aculetus ile bazı boyarmaddelerin biyosorpsiyonu

    Biosorption of the some dyes with Talaromyces aculeatus from isolated acidic mine drainage

    ŞUHEDA KATAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyoteknolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. PINAR AYTAR ÇELİK

Geri Dön