Omicron varyantına özgü yardımcı T hücrelerin COVİD-19 konvalesan bireylerde incelenmesi ve orijinal antijenik sin kavramının CD4+ t hücre epitopları üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigation of Omicron-specific helper T cells in COVID-19 convalescent individuals and analyzing the effect of original antigenic sin on CD4+ T cell epitopes
- Tez No: 998878
- Danışmanlar: PROF. DR. SEVGİ KALKANLI TAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Allergy and Immunology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Alerji ve immünoloji, Korona virüs enfeksiyonları, Solunum yolları enfeksiyonları, İmmünoloji, Allergy and immunology, Coronavirus enfections, Respiratory tract infections
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İmmünoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: İmmünoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Türk popülasyonunda COVID-19 konvalesan bireylerde Omicron varyantına özgü bellek CD4⁺ T hücre yanıtlarının değerlendirmek; önceki enfeksiyon öyküsünün bu yanıtlar üzerindeki etkisini Orijinal Antijenik Sin kavramı çerçevesinde incelemektir. Hesaplamalı biyoloji yöntemleriyle, SARS-CoV-2 varyantları arasındaki epitop düzeyinde çapraz reaktiviteyi, korunmuşluk durumunu ve immünodominant bölgeleri belirleyerek aşı stratejilerine katkı sağlayacak immünolojik veriler sunmak hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: COVID-19 konvalesan bireylerin PKMH'leri, Wild type ve Omicron varyantlarına özgü Spike peptid havuzları ile in vitro uyarılmıştır. CD4⁺ T hücre aktivasyonu ve bellek alt popülasyonları, çok renkli akan hücre ölçer ile analiz edilerek immün fenotiplemeleri gerçekleştirilmiştir. Python tabanlı pipeline ve NetMHCIIpan EL 4.1 algoritması kullanılarak varyantlara özgü mutasyonların CD4⁺ T hücre epitopları üzerindeki etkisi, bağlanma afinitesi ve epitop kayıpları incelenmiştir. Potansiyel CD4⁺ T hücre epitopları tanımlanmış; farklı varyantlar arasında çapraz reaktif olma potansiyeli taşıyan epitoplar ile immünodominant, immünojenik, korunmuş ve HLA-kısıtlı epitoplar belirlenmiştir. Bulgular: Konvalesan bireylerde, Omicron varyantlarına karşı güçlü CD4⁺ T hücre aktivasyonu ve varyantlar arası yüksek çapraz reaktivite saptanmıştır. Wt(–) grubunda Omicron'a özgü TEM2 ve TEM3 yanıtlarının, Wild type'a kıyasla anlamlı düzeyde yüksek olduğu belirlenmiştir. Güçlü bağlayıcı epitopların yaklaşık %85'inin varyant mutasyonlarından etkilenmeyerek korunduğu; ancak JN.1 sonrası varyantlarda NTD bölgesinde yoğunlaşan epitop kayıpları olduğunu gösterilmiştir. Tüm varyantlarda korunan, yüksek afiniteli 89 epitop-HLA çifti tanımlanmış, immunodominant HLA sınıf II alleleri belirlenmiştir. Sonuç: Önceki enfeksiyon ve aşılamanın, Omicron varyantına karşı çapraz reaktif ve kalıcı bir CD4⁺ T hücre hafızası oluşturduğu gösterilmiştir. SARS-CoV-2 varyantlarındaki mutasyonlara rağmen hücresel bağışıklığın korunduğu ve özellikle DR ve DP allelleri tarafından sunulan immünodominant epitopların evrensel aşı tasarımları için kritik adaylar olduğu ortaya konulmuştur.
Özet (Çeviri)
Aim: The aim is to evaluate Omicron variant–specific memory CD4⁺ T cell responses in COVID-19 convalescent individuals within the Turkish population and to investigate the impact of prior infection history within the framework of the Original Antigenic Sin. The study aims to provide immunological data contributing to future vaccine strategies by determining epitope-level cross-reactivity, conservation status, and immunodominant regions among variants. Materials and Methods: PBMCs from COVID-19 convalescent individuals were stimulated in vitro with Wild type and Omicron Spike peptide pools. CD4⁺ T cell activation and memory subpopulations were analyzed through multicolor flow cytometry to determine immunophenotypic profiles. Using a Python-based pipeline and NetMHCIIpan EL 4.1 algorithm, the impact of variant-specific mutations on CD4⁺ T cell epitopes were defined, including binding affinity and epitope loss. Cross-reactive, immunodominant, immunogenic, conserved, and HLA-restricted CD4⁺ T cell epitopes across different variants were characterized. Results: Convalescent individuals exhibited robust CD4⁺ T cell activation and high cross-reactivity against Omicron variants. In the Wt(–) group, Omicron-specific TEM2 and TEM3 responses were significantly higher compared to those against the Wild type. Approximately 85% of strong-binding epitopes remained conserved and unaffected by variant mutations. Across all variants, 89 conserved, high-affinity epitope–HLA pairs were identified, and immunodominant HLA class II alleles were determined. Conclusion: Prior infection and vaccination were shown to establish a cross-reactive and durable CD4⁺ T cell memory against Omicron variant. Cellular immunity remains preserved, and immunodominant epitopes—particularly those presented by DR and DP alleles—emerge as critical candidates for universal vaccine design.
Benzer Tezler
- COVİD-19 konvalesan bireylerde Omicron varyantına özgü Sitotoksik T hücre yanıtlarının ölçülmesi ve SARS-CoV-2 CD8+ T hücre epitoplarında orijinal antijenik sin rolünün araştırılması
Measuring Omicron-specific cytotoxic T cell responses in COVID-19 convalescent individuals and investigating the role of original antigenic sin in SARS-CoV-2 CD8+ T cell epitopes
AYLİN SEHER UZUNOĞLU
Doktora
Türkçe
2025
Allerji ve İmmünolojiSağlık Bilimleri Üniversitesiİmmünoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVGİ KALKANLI TAŞ
- Identification of single domain antibodies against SARS-CoV-2 omicron variant via protein-protein docking approaches
SARS-CoV-2 omikron varyantına özgü tek domainli antikorların protein-protein kenetlenmesi yaklaşımlarıyla tanımlanması
ÖZKAN İLMEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
MikrobiyolojiAbdullah Gül ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER
- Koronavirüs hastalığı 2019 (COVID-19) etkeni olan SARS-CoV-2'nin omicron KP.3.1.1 varyantına karşı geliştirilen DNA aşı modelinin immünojenitesinin gösterilmesi
Demonstration of the immunogenicity of a DNA vaccine model developed against the omicron KP.3.1.1 variant of SARS-CoV-2, the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19)
İREM YAVUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiAşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN CAN
- COVID-19 delta ve omıcron varyantlarında hastane yatışı olan hastalarda aşılama ve çoğalma döngüsü ile bu verilerin mortalite üzerine etkisi: Retrospektif çalışma
Vaccination and cycle threshold and the effect of these data on mortality in COVID-19 delta and omicron variants in hospital installed patients: A retrospective study
EZGİ ÇORBACI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Göğüs HastalıklarıMarmara ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları ve Yoğun Bakım Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMİHA EMEL ERYÜKSEL
- SARS cov 2 spike protein mrna'sının farklı hücre hatlarında oluşturacağı immün yanıtın genomik ve proteomik olarak araştırılması
Genomic and proteomic investigation of the immune response of sars COV 2 spike protein mrna in different cell lines
HALE ÖKSÜZ
Doktora
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BERTAN YILMAZ