COVİD-19 konvalesan bireylerde Omicron varyantına özgü Sitotoksik T hücre yanıtlarının ölçülmesi ve SARS-CoV-2 CD8+ T hücre epitoplarında orijinal antijenik sin rolünün araştırılması
Measuring Omicron-specific cytotoxic T cell responses in COVID-19 convalescent individuals and investigating the role of original antigenic sin in SARS-CoV-2 CD8+ T cell epitopes
- Tez No: 998875
- Danışmanlar: PROF. DR. SEVGİ KALKANLI TAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Allergy and Immunology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Alerji ve immünoloji, Korona virüs enfeksiyonları, Sitotoksisite-immünolojik, Solunum yolları enfeksiyonları, Allergy and immunology, Coronavirus enfections, Cytotoxicity-immunologic, Respiratory tract infections
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Hamidiye Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İmmünoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: İmmünoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmada, COVID-19 konvalesan bireylerde SARS-CoV-2 Wild-type ve Omicron varyantlarına özgü bellek CD8+ T hücre yanıtlarının frekansını ve özgüllüğünü belirlemek; önceki enfeksiyon öyküsünün bu yanıtlar üzerindeki etkisini ve Orijinal Antijenik Sin fenomeninin hücresel bağışıklık üzerindeki rolünü deneysel ve hesaplamalı biyoloji yöntemleriyle araştırmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya dahil edilen katılımcılardan izole edilen PKMH'ler, SARS-CoV-2 Wild-type ve Omicron Spike peptit havuzları ile in vitro stimüle edilmiştir. CD8+ T hücrelerinin aktivasyon profillerinin ve bellek alt popülasyonlarının immünofenotiplemeleri çok renkli akan hücre ölçer yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Hesaplamalı biyoloji analizleriyle, OAS fenomeninin etkilerini araştırmak amacıyla Python tabanlı bir pipeline ve NetMHCpan-EL-4.1 algoritması kullanılarak varyant-spesifik mutasyonların epitoplar üzerindeki etkisi, bağlanma afinitesi ve epitop kayıpları incelenmiştir. Bu analizler ile, potansiyel CD8+ T hücre epitopları tanımlanmış; farklı varyantlar arasında çapraz reaktif olma potansiyeli taşıyan epitoplar ile immünodominant, immünojenik, korunmuş, HLA-kısıtlı epitoplar belirlenmiştir. Bulgular: Her iki çalışma grubunda da varyantlara karşı güçlü CD8+ T hücre yanıtları tespit edilmiştir. Merkezi bellek CD8+ T hücrelerinin, Omicron varyantına karşı Wild-type suşuna kıyasla istatistiksel olarak daha yüksek aktivasyon gösterdiği saptanmıştır. Wt(-) grupta Wild-type antijenine karşı çapraz reaktif yanıtların varlığı, hücresel bağışıklığın varyantlar arasında korunduğunu göstermiştir. Biyoinformatik analizlerde, varyantlar arasında epitopların %98'den fazlasının korunduğu, ancak immünolojik açıdan kritik olan Reseptör Bağlanma Bölgesi'nde yoğun epitop kayıplarının yaşandığı belirlenmiştir. Sonuç: Bu çalışma, Omicron varyantlarının CD8+ T hücre epitoplarında kısmi kayıplara neden olsa da, hücresel bağışıklığın büyük ölçüde korunduğunu ve bellek T hücrelerinin varyantları tanıma kapasitesinin sürdüğünü ortaya koymaktadır. Enfeksiyon geçmişinin bağışıklık yanıtını şekillendirdiği ve yeni varyantlara karşı gelişen yanıtların çapraz reaktivite ile desteklendiği sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Aim: This study aims to determine the frequency and specificity of memory CD8+ T cell responses to SARS-CoV-2 Wild-type and Omicron variants in COVID-19 convalescent individuals. Furthermore, it investigates the impact of prior infection history on these responses and the role of the Original Antigenic Sin phenomenon in cellular immunity, utilizing both experimental and computational biology approaches. Materials and Methods: PBMCs were stimulated in vitro with SARS-CoV-2 Wild-type and Omicron Spike peptide pools. The activation profiles and memory subpopulations of CD8+ T cells were immunophenotyped using multicolor flow cytometry. To investigate the OAS phenomenon computationally, Python-based pipeline and the NetMHCpan-EL-4.1 algorithm were employed to examine the impact of variant-specific mutations on epitopes, including binding affinity changes and epitope loss. Results: Strong CD8+ T cell responses against both variants were detected in both study groups. Notably, central memory CD8+ T cells exhibited statistically higher activation against the Omicron variant compared to the Wild-type strain. The presence of cross-reactive responses to the Wild-type antigen in the Wt(-) group suggests that cellular immunity is preserved across variants. Bioinformatic analyses revealed that while over 98% of epitopes were conserved among variants, significant epitope loss occurred within the immunologically critical Receptor Binding Domain. Conclusion: This study demonstrates that despite partial losses in CD8+ T cell epitopes caused by Omicron variants, cellular immunity remains largely intact, and memory T cells retain the capacity to recognize viral variants. We conclude that infection history shapes the immune landscape and that responses to novel variants are supported by cross-reactivity.
Benzer Tezler
- Omicron varyantına özgü yardımcı T hücrelerin COVİD-19 konvalesan bireylerde incelenmesi ve orijinal antijenik sin kavramının CD4+ t hücre epitopları üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigation of Omicron-specific helper T cells in COVID-19 convalescent individuals and analyzing the effect of original antigenic sin on CD4+ T cell epitopes
MERVE SAİDE UZUNOĞLU
Doktora
Türkçe
2025
Allerji ve İmmünolojiSağlık Bilimleri Üniversitesiİmmünoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVGİ KALKANLI TAŞ
- Nötrofil hücre dışı tuzaklarının oluşumunda (NETosis) DEK proteininin rolünün araştırılması
Investigation of the relationship between DEK protein and NETosis formation
İRFAN BAKİ KILIÇ
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KANDİLCİ
- COVID-19 geçiren hastalarda anti-SARS-Cov-2 antikor düzeylerinin ELISA ve virüs nötralizasyon testi ile değerlendirilmesi
Evaluation of anti-SARS-CoV-2 antibody levels in patients with COVID-19 by ELISA and virus neutralization test
MEHMET İLKER TOSUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KİRİŞCİ
- Yoğun bakımda yatan COVID-19 tanılı hastalarda immün konvalesan plazma tedavisinin hastalığın prognozu ve mortalite üzerine etkisi
Başlık çevirisi yok
ESRA DAĞLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Anestezi ve ReanimasyonSağlık Bilimleri ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FETHİ GÜLTOP
- Süleyman Demirel Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde COVID-19 tedavisinde konvalesan immün plazma uygulanan ve uygulanmayan hastaların karşılaştırılması
Comparison of patients with and without convalescent immunoplasma for the treatment of COVID-19
KAĞAN ŞEVİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA NURLU TEMEL