Tütün bitkilerinde hastalıkla ilişkili mirna'ların bilgisayar ortamında tanımlanması ve fonksiyonel karakterizasyonu
In Silico Identification and Functional Characterisation of Disease-Associated miRNAs in Tobacco Plants
- Tez No: 999296
- Danışmanlar: PROF. DR. SEVGİ MARAKLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Bilim ve Teknoloji, Biotechnology, Biology, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Solanaceae (Patlıcangiller) familyasına ait olan tütün (Nicotiana tabacum L.), iyi karakterize edilmiş genomu ve yüksek transformasyon verimliliği nedeniyle moleküler biyoloji ve genetik için bir model organizmadır. Tütün üretimi, önemli ölçüde verim ve kalite kayıplarına yol açabilen çeşitli viral ve fungal patojenler tarafından ciddi şekilde tehdit edilmektedir. Bunlar arasında, tütün mozaik virüsü (TMV), tütün etch virüsü (TEV), Patates Y virüsü (Potato Virus Y, PVY), tütün yaprak kıvırcıklığı virüsü (TLCV) ve Phytophthora nicotianae, dünya çapında tütünü etkileyen yıkıcı hastalıklara neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı, tütün genomunda in siliko analizler ile TMV, TEV, PVY, TLCV olmak üzere dört viral patojen ve bir fungal patojenin (Phytophthora nicotianae) genomunu hedefleyen miRNA'ların tespit edilmesidir. Bu amaçla, referans miRNA'lar miRBase veri tabanından elde edilmiş ve NCBI veri tabanındaki tütün genomuna (taxid: 4097) karşı BLAST işlemi uygulanmıştır. Ardından, potansiyel hedef miRNA'ların ikincil gövde-ilmek (stem-loop) saç tokası yapıları RNAfold kullanılarak oluşturulmuştur. Daha sonra yapılan hedef genler RNAhibrid analizleri ile belirlenmiştir. Tütün genomunda; bu patojenler ile ilgili genleri hedefleyen TMV için 36, TEV için 18, TLCV için 21, PVY için 19 ve Phytophthora nicotianae için 74 adet yeni miRNA dizisi tanımlanmıştır. Bazı miRNA'ların birden fazla ikincil yapı oluşturduğu belirlenmiştir. Bu miRNA'ların TMV için 3 gen (TMVgp1, TMVgp2 ve TMVgp3), TLCV için 2 gen (A6262_gp1 v1 ve A6262_gp2 v2), TEV için 2 gen (TEVgp1 ve TEVgp2), PVY için 1 gen (PVYgp1) ve Phytophthora nicotianae için de 1 geni (rnl) hedeflediği tespit edilmiştir. Bazı miRNA'ların birden fazla hastalıkla ilişkili genleri hedeflediği de belirlenmiştir. Elde edilen bulgular, TMV, TLCV, TEV, PVY ve Phytophthora nicotianae'ye karşı direnç geliştirilmesinde tütün miRNA'larının etkin bir biyoteknolojik araç olarak kullanılabileceğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Tobacco (Nicotiana tabacum L.), belonging to the Solanaceae family, is a model organism for molecular biology and genetics due to its well-characterized genome and high transformation efficiency. Tobacco production is severely threatened by various viral and fungal pathogens that can cause significant yield and quality losses. Among these, tobacco mosaic virus (TMV), tobacco etch virus (TEV), potato virus Y (PVY), tobacco leaf curl virus (TLCV), and Phytophthora nicotianae cause devastating diseases affecting tobacco worldwide. The aim of this study was to identify miRNAs targeting the genomes of four viral pathogens (TMV, TEV, PVY, and TLCV) and one fungal pathogen (Phytophthora nicotianae) in the tobacco genome using in silico analyses. For this purpose, reference miRNAs were obtained from the miRBase database, and BLAST analysis was performed against the tobacco genome (taxid: 4097) available in NCBI database. Subsequently, the secondary stem–loop (hairpin) structures of potential target miRNAs were predicted using RNAfold. Target genes were then identified through RNAhybrid analyses. In the tobacco genome, 36 novel miRNA sequences targeting genes related to these pathogens have been identified for TMV, 18 for TEV, 21 for TLCV, 19 for PVY, and 74 for Phytophthora nicotianae. Some miRNAs were found to form more than one secondary structure. These miRNAs were found to target 3 genes for TMV (TMVgp1, TMVgp2, and TMVgp3), 2 genes for TLCV (A6262_gp1 v1 and A6262_gp2 v2), 2 genes for TEV (TEVgp1 and TEVgp2), 1 gene for PVY (PVYgp1), and 1 gene (rnl) for Phytophthora nicotianae. The obtained findings demonstrate that tobacco miRNAs can be effectively utilized as a biotechnological tool in the development of resistance against TMV, TLCV, TEV, PVY, and Phytophthora nicotianae.
Benzer Tezler
- Asmada hastalık yapan roditis yaprak renk değişikliği ile ilişkili virüs (Roditis leaf discoloration-associated virus)'ün moleküler teşhisinin iyileştirilmesi
Molecular diagnosis improvement of Roditis leaf discoloration-associated virus causing disease in grapevines
MÜZEYYEN MÜGE DOĞANER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM ULUBAŞ SERÇE
- Evaluation of the nurses knowledge toward COVİD 19 ın Alhılla city hospitals
Alhilla şehir hastanelerinde hemşirelerin COVİD 19'a yönelik bilgilerinin değerlendirilmesi
HUDA SUHAIL ABED AL-TAMEEMI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
HemşirelikÇankırı Karatekin ÜniversitesiHalk Sağlığı Hemşireliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RAMAZAN SERDAR ESMER
- Şeker pancarı (Beta vulgaris L.) rizosferindeki bakteriyel mikrobiyatanın belirlenerek metagenomun değerlendirilmesi ve yumuşak çürüklük etmenlerine karşı biyolojik mücadele olanaklarının araştırılması
Evaluation of the metagenome by determining the bacterial microbiota in the rhizosphere of sugar beet (Beta vulgaris L.) and investigation of biological control possibilities against soft rot agents
MUSTAFA ALPARSLAN UMARUSMAN
Doktora
Türkçe
2024
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
- Discovery of ethnobotanical knowledge patterns of highland plants along The Georgia-Turkey border
Gürcistan-Türkiye sınırı boyunca yayla bitkilerinin etnobotanik bilgisinin dağılımının keşfi
CEREN KAZANCİ ORUC
Doktora
İngilizce
2021
Çevre MühendisliğiIlıa State UnıversıtyÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MARİNE MOSULİSHVİLİ
- Böcekler ve insanlar arasındaki pozitif ilişkiler
Positive relationships between insects and humans
MURAT DOLAYMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatAtatürk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER ÇALMAŞUR