Rescuıng K-RAS – GAİ heterodımerızatıon through α-ınterface hot spot mutatıons
K-RAS – GAİ heterodimerleşmesinin α-arayüzü hot spot mutasyonlariyla kurtarilmasi
- Tez No: 1001327
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
K-Ras, Ras süperailesine ait küçük bir GTP bağlayıcı proteindir ve hücre proliferasyonu, hayatta kalma ve farklılaşmayı kontrol eden sinyal yolaklarının düzenlenmesinde kritik rol oynar. Bu işlevler, GDP/GTP döngüsünün ve protein–protein etkileşimlerinin gerçekleştiği G-domain üzerinden yürütülür. Gαi ise, hücre büyümesi, gen transkripsiyonu, iyon kanal aktivitesi, hücresel farklılaşma ve metabolizmayı düzenleyen AC-cAMP-PKA yolunu inhibe eden heterotrimerik bir G proteindir. K-Ras'a benzer şekilde Gαi de, yapısal olarak homolog ve yüksek derecede korunmuş bir G-domain içerir ve laboratuvarımızdan elde edilen güncel bulgulara göre bu domain, K-Ras4B ile heterodimerleşmede rol oynamaktadır. Bu etkileşimlerin, K-Ras'ın α3-α4 arayüzü üzerinden homodimerleşmesi için gerekli olan α-arayüzü“hot-spot”noktalarına karşılık gelen bölgelerde gerçekleştiği düşünülmektedir. K-Ras α-arayüzünün bozulması Gαi ile olan etkileşimi zayıflatırken, Gαi'de karşılık gelen konumlara yerleştirilen taklit mutasyonlar heterodimerleşmeyi güçlendirmekte ve Ras–Gα dimerizasyonunda korunmuş G-domain noktalarının önemini vurgulamaktadır. Bu çalışmada, K-Ras α-arayüzü hot-spot'larına karşılık gelen Gαi noktaları (K247, M248, D251, S252, N255 ve T260) yük tersine çeviren mutasyonlara tabi tutulmuş ve bu telafi edici mutasyonların homodimerleşmesi bozulmuş K-Ras4B mutantları ile heterodimerleşmeyi kurtarıp kurtaramayacağı test edilmiştir. Canlı N2a hücrelerinde FRET tekniği kullanılarak, K-Ras homodimerleşmesinin baskılandığı koşullarda tamamlayıcı mutasyonların K-Ras–Gαi heterodimerlerinin oluşumu ve stabilitesi üzerindeki etkileri incelenmiştir. Bu çalışma, K-Ras–Gαi heterodimerleşmesini izole eden bir deneysel sistem oluşturmayı ve bu proteinlerin korunmuş G-domain'lerindeki özgül noktalar arasındaki elektrostatik etkileşimlerin, plazma membranında K-Ras–Gαi heterodimerlerinin oluşumuna nasıl katkıda bulunduğunu açıklamayı amaçlamaktadır.
Özet (Çeviri)
K-Ras is a small GTP-binding protein belonging to the Ras superfamily and is crucial for regulating signaling pathways that control cell proliferation, survival, and differentiation. These functions rely on its G-domain, where GDP/GTP cycling and protein–protein interactions occur. Gαi is a heterotrimeric G-protein having an inhibitory effect on the AC-cAMP-PKA pathway which regulates cell growth, gene transcription, ion channel activity, cellular differentiation, and metabolism. Like K-Ras, Gαi contains a structurally homologous and conserved G-domain, which plays a role in its hypothesized heterodimerization with K-Ras4B as recent studies from our lab suggested. These interactions appear dependent on corresponding α-interface "hot-spot'' residues analogous to those required for K-Ras homodimerization through its α3-α4 interface. Disruption of the K-Ras α-interface weakens its interaction with Gαi, whereas mimic mutations introduced at corresponding positions of Gαi enhance heterodimerization, highlighting the importance of conserved G-domain residues in Ras-Gα dimerization. In this study, residues on Gαi (K247, M248, D251, S252, N255, and T260) corresponding to key K-Ras α-interface hot-spots are subjected to charge-reversal mutations to test whether these compensatory mutations can rescue heterodimerization with homodimer-impaired K-Ras4B mutants. Using the FRET technique in live N2a cells, the effects of complementary mutations on the formation and stability of K-Ras-Gαi heterodimers were examined under conditions in which K-Ras homodimerization is impaired. This work aims to create a set-up where K-Ras-Gαi heterodimerization can be isolated and to clarify how electrostatic interactions between specific residues on the conserved G-domains of these proteins contribute to the assembly of K-Ras-Gαi heterodimers at the plasma membrane.
Benzer Tezler
- Ratlarda deneysel olarak oluşturulan testis iskemi reperfüzyon hasarı üzerine nimesulid'in koruyucu etkilerinin araştırılması
The protective effect of nimesulid on experimental testis ischemia reperfusion injury in rats
EYÜP CAN POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Eczacılık ve FarmakolojiErzincan ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DURDU ALTUNER
- Şirketler arası birleşme ve devralmaların incelenmesi ve Türkiye'deki durum
Başlık çevirisi yok
CEMİL ÜSTÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
BankacılıkMarmara ÜniversitesiBankacılık Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERİŞAH ARICAN
- Avrupa merkezciliği kapsamında Türkiye'de Eski Çağ tarihçiliğinin gelişim süreci
Eurocentrism within the scope of the process of development of ancient historiography in Turkey
GÜLSÜN ACAR
- Rescuing the bears, silencing the bear leaders: Bear dancing in historical context and its abolition in Turkey
Ayıları kurtarıp ayıcıları susturmak: Tarihsel bağlamda ayı oynatıcılığı ve Türkiye'de yasaklanışı
PELİN TÜNAYDIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
AntropolojiSabancı ÜniversitesiKültürel Çalışmalar Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYŞE PARLA
- A critical assessment of identity markers of Circassians of Turkey during 'The Airbridge Operation' for rescuing Syrian Circassians in the Syrian civil war
Suriye iç savaşında Suriyeli Çerkesleri kurtarmaya yönelik 'Hava Köprüsü Operasyonu' sürecinde Türkiye Çerkeslerinin kimlik işaretlerinin kritik değerlendirimi
HANİFE DİDEM BAŞ BİLGE
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kamu Yönetimiİstanbul Bilgi ÜniversitesiKültürel Çalışmalar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYHAN KAYA