Rasyonel dizayn yöntemi ile antimikrobiyal peptid tasarımı ve biyolojik aktivitesinin araştırılması
Rational design method for antimicrobial peptide design and investigation of its biological activity
- Tez No: 1001604
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDAN AÇELYA KAPKAÇ, DOÇ. DR. HÜLYA KARACA ATSAROS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal peptidler, Antimicrobial peptides
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışmasında, doğal bir antimikrobiyal peptid olan Hadrurin, rasyonel tasarım yaklaşımıyla mutasyona uğratılarak antimikrobiyal etkinliği korunurken hemolitik ve sitotoksik etkilerinin azaltilması amaçlanmıştır. Bu kapsamda Hadrurin ve tasarlanan peptid için öncelikle in silico karakterizasyon analizleri gerçekleştirilmiş, ardından biyolojik etkinlik ve güvenlik profilleri deneysel yöntemlerle değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal aktivite, SIVI mikrodilüsyon yöntemi ile E. coli, S. aureus, P. aeruginosa, B. subtilis, S. typhimurium, E. faecalis ve K. pneumoniae türleri üzerinde incelenmiştir. Hadrurin için MIC değerleri 62.5-500 g/mL aralığında, tasarlanan peptid için ise 250-500 ug/mL aralığında belirlenmiştir. Özellikle S. typhimurium için MIC değeri Hadrurin'de 500 ug/mL iken, tasarlanan peptidde 250 ug/mL olarak saptanmıştır. Sitotoksik etkiler, Tetrahymena thermophila hücreleri kullanılarak MTT testi ile değerlendirilmiş ve 250 ug/mL konsantrasyonda 24 saatlik inkübasyon sonunda hücre canlılığı Hadrurin için %66.62, tasarlanan peptid için %83.15 olarak belirlenmiştir. Hemolitik aktivite ise memeli eritrositleri kullanılarak gerçekleştirilen hemoliz testi ile incelenmiş; 250 ug/mL konsantrasyonda Hadrurin için %50.97, tasarlanan peptid için %33.66 hemoliz değeri elde edilmiştir. Sonuç olarak, Hadrurin üzerinde uygulanan rasyoncl tasarım temelli mutasyonların, antimikrobiyal etkinliği korurken daha güvenli bir biyolojik profil sağladığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this thesis study, Hadrurin, a natural antimicrobial peptide, was subjected to rational design–based mutations with the aim of reducing its hemolytic and cytotoxic effects while preserving its antimicrobial activity. In this context, in silico characterization analyses were first performed for both Hadrurin and the designed peptide, followed by experimental evaluation of their biological activity and safety profiles. Antimicrobial activity was assessed using the broth microdilution method against E. coli, S. aureus, P. aeruginosa, B. subtilis, S. typhimurium, E. faecalis, and K. pneumoniae. The minimum inhibitory concentration (MIC) values for Hadrurin ranged between 62.5–500 µg/mL, whereas those for the designed peptide ranged between 250– 500 µg/mL. Notably, for S. typhimurium, the MIC value was determined as 500 µg/mL for Hadrurin and 250 µg/mL for the designed peptide. Cytotoxic effects were evaluated using the MTT assay on Tetrahymena thermophila cells. At a concentration of 250 µg/mL, following 24 hours of incubation, cell viability was determined to be 66.62% for Hadrurin and 83.15% for the designed peptide. Hemolytic activity was examined using a hemolysis assay performed on mammalian erythrocytes; at 250 µg/mL, hemolysis values of 50.97% for Hadrurin and 33.66% for the designed peptide were obtained. In conclusion, the rational design–based mutations applied to Hadrurin enabled the preservation of antimicrobial activity while achieving a safer biological profile.
Benzer Tezler
- Elektronı̇k balast ı̇çı̇n evı̇rmeyen alçaltıcı-yükseltı̇cı̇ dönüştürücü denetleyı̇cı̇sı̇ tasarımı
The controller design of non-inverting buck-boost converter for electronic ballast
RIDVAN KESKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiBülent Ecevit ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM ALIŞKAN
- Protein engineering applications on novel hAGEst enzyme for changing substrate specificity
Özgün hAGEst enziminin substrat özgüllüğünün değiştirilmesine yönelik protein mühendisliği uygulamaları
EREN BÜYÜKYAVUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Protein engineering applications on industrially important enzymes
Endüstriyel öneme sahip enzimlerin protein mühendisliği uygulamaları
GÜLŞAH ÖZGÜN
Doktora
İngilizce
2019
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Siyasal reklamlarda çekicilik kullanımı: 31 Mart yerel seçimlerinde yazılı basın
The use of appeals in political advertising: The case of print media in Turkish local elections of 31 March
ESRA TEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Siyasal BilimlerNecmettin Erbakan ÜniversitesiHalkla İlişkiler ve Reklamcılık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENES BAL
- Deri boyaması üzerine etki eden analitik parametrelerin optimizasyonu
Optimization of analytical parameters on leather dyeing
NURHAYAT YILDIRIM