Evaluation of the starter culture potential of non-saccharomyces yeasts in green table olive fermentation by molecular methods
Sofralık yeşil zetin fermentasyonunda non- saccharomyces mayaların starter kültür potansiyelinin moleküler yöntemlerle değerlendirilmesi
- Tez No: 1002043
- Danışmanlar: PROF. DR. YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL, DR. ÖĞR. ÜYESİ BİLAL AĞIRMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Biyoistatistik, Microbiology, Biotechnology, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Mikrobiyal fermentasyon, Sofralık zeytin, Yeni nesil dizileme, Microbial fermentation, Table olives, High throughput sequencing
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Zeytin, yüzyıllardır Akdeniz diyetinin önemli bir parçası olmuştur. Ancak zeytinler, özellikle oleuropein başta olmak acı tada neden olan fenolik bileşikler içerdiğinden ham haliyle doğrudan tüketime uygun değildir. Zeytinin tüketime uygun hale gelebilmesi için oleuropeinin parçalanması gerekmektedir. Bu çalışma, sofralık yeşil zeytin fermentasyonunda spontan fermantasyon ve alkali uygulamaya alternatif olarak yerli non-Saccharomyces mayaların oleuropein degradasyon yeteneklerine odaklanarak starter kültür olma potansiyellerini değerlendirmiştir. Biyoteknolojik özelliklerine göre üç maya türü -Metschnikowia pulcherrima, Wickerhamomyces anomalus ve Hanseniaspora opuntiae- starter adayları olarak seçilmiş ve sofralık yeşil zeytin fermantasyonlarına inoküle edilmiştir. Seçilen mayaların tüm genom dizilemesi ve salamura örneklerinin amplikon tabanlı dizilemesi Oxford Nanopore Teknolojisi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Maya inoküle edilen fermantasyonlar, spontan fermantasyon ve alkali uygulama ile farklı açılardan karşılaştırılmıştır. Amplikon tabanlı dizileme ve qPCR sonuçları, seçilen mayaların mantar toplulukları içinde baskın hale geldiğini buna karşın bakteriyel topluluğun kayda değer ölçüde bu durumdan etkilenmediğini göstermiştir. Ayrıca, Sarı ulak çeşidinin doğal mikrobiyotasında W. anomalus, M. pulcherrima, Hanseniaspora spp. ve Saccharomyces cerevisiae'nin doğal olarak bulunduğu tespit edilmiştir. Oleuropein düzeyleri, spontan fermantasyona göre maya inoküle edilen fermentasyonlarda özellikle H. opuntiae belirgin düzeyde daha düşük bulunmuştur. Son olarak, seçilen mayalar tüm genom düzeyinde tanımlanmış ve tüm genom dizilemesine dayalı in silico anotasyon ile gıda güvenliği, β-glukozidaz ve killer toksin ile ilişkili protein tahminleri ortaya konulmuştur. Sonuç olarak, çalışmadaki bulgular, seçilen yerli mayaların umut vaat eden starter adayları olduğunu ve sofralık yeşil zeytin üretiminde spontan fermantasyon ile alkali uygulamaya alternatif bir yaklaşım sunma potansiyeline sahip olabileceklerini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Olives have been an essential component of the Mediterranean diet for centuries. However, olives are naturally inedible due to phenolic compounds, particularly oleuropein, which impart bitter taste. Oleuropein degradation is necessary to make them suitable for consumption. This study evaluated the potential of indigenous non-Saccharomyces yeasts as a starter culture for green table olive fermentation, focusing on their ability to degrade oleuropein as an alternative to spontaneous fermentation and alkaline treatment. Three yeast species -Metschnikowia pulcherrima, Wickerhamomyces anomalus and Hanseniaspora opuntiae- were selected as starter culture candidates based on their biotechnological properties and inoculated to green table olive fermentations. Whole genome sequencing of selected yeasts and amplicon-based sequencing of brine samples were carried out using Oxford Nanopore Technology. Yeast inoculated fermentations were compared with spontaneous fermentation and alkaline treatment across multiple aspects. Amplicon-based sequencing and qPCR results indicated that selected yeasts became dominant within the fungal community while bacterial community was not substantially affected. Moreover W. anomalus, M. pulcherrima, Saccharomyces cerevisiae, Hanseniaspora spp. were detected as part of the native microbiota of Sarı ulak cultivar. Oleuropein levels were significantly lower in yeast inoculated fermentations, particularly H. opuntiae inoculated trial, than the spontaneous fermentation. Finally, selected yeasts were identified at the genome level and in silico annotation of whole genome sequencing revealed predicted proteins associated with food safety, β-glucosidase and killer toxin associated proteins. Overall, findings of this study indicate that selected indigenous yeasts are promising starter candidates and may have the potential alternative approach to spontaneous fermentation and alkaline treatment.
Benzer Tezler
- AÇIK OLMA HALLERİ: TASARIM PRATİKLERİNDE AÇIK KAYNAK KÜLTÜRÜ ÜZERİNE BİR DEĞERLENDİRME
THE STATES OF OPENNESS: AN EVALUATION OF OPEN SOURCE CULTURE IN DESIGN PRACTICES
HATİCE CANSU CÜRGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU ERDEM
- Kültür ekonomisi: Bir kentin mirasının değerlendirilmesi, Diyarbakır örneği
Culture economy: An evaluation of the heritage for city of Diyarbakır
DENİZ ÖZGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU KERİMOĞLU
- Türkiye'de sivil toplum sorunsalı ve eğitim alanında faaliyet gösteren sivil toplum kuruluşlarının değerlendirilmesi: Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği, Türkiye Eğitim Gönülleri Vakfı,Türk-Eğitim-Sen örneği
The civil society problems in Turkey and the evaluation of the non- governmental organizations that study on the field of education: The Association in Support of Contemporary Living, The Educational Volunteers Foundation of Turkey, The Turkish Education Trade Union sample
LEVENT ERASLAN
Doktora
Türkçe
2008
Eğitim ve ÖğretimAnkara ÜniversitesiEğitimin Kültürel Temelleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL DOĞAN
- Pirinç ve mercimeğin probiyotik fermente içecek üretiminde potansiyel kullanım olanağının araştırılması
Investigation of the potential use of rice and lentils in probiotic fermented beverage production
ZEYNEP KİLCİ
Doktora
Türkçe
2024
Gıda MühendisliğiBursa Uludağ ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU AKPINAR BAYİZİT
- Tüketim kültürü değişimi bağlamında işlevini yitiren/ölü alışveriş merkezlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of dead malls in the context of consumption cultural change
EDA VELİBAŞOĞLU
Doktora
Türkçe
2022
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLÇİN PULAT GÖKMEN