Verification of potential protein biomarkers for detection of endometrial cancer by targeted mass spectrometry-based approach
Endometriyum kanseri tespiti için hedefli kütle spektrometresi temelli yaklaşımla potansı̇yel proteı̇n bı̇yobelırteçlerı̇nı̇n doğrulanması
- Tez No: 1003574
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SÜREYYA ÖZCAN KABASAKAL, PROF. DR. ABDULLAH KARAER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Endometriyum kanseri (EC), 2022 yılında dünya genelinde 420.242 yeni vaka ve 97.704 ölüm ile en yaygın jinekolojik malignitelerden biridir. EC, prognoz ve tedavi yanıtı açısından farklılık gösteren iki ana alt tipe ayrılır: endometrioid (EEC) ve non-endometrioid (NEC). Bu nedenle, alt tip-spesifik biyobelirteçler doğru tanı, prognoz ve tedavi sınıflandırması için kritik öneme sahiptir. Bu çalışma, EC için daha önce bildirilen potansiyel biyobelirteçleri, biyobelirteç geliştirme sürecinin temel bir aşaması olarak doğrulamayı ve onların tanısal ve prognostik açıdan değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, transgelin (Q01995), peptidil-prolil cis-trans izomeraz (Q00688), siklofilin A (P62937), makrofaj kapping proteini (P40121), pirüvat kinaz M1/M2 (P14618), glutatyon S-transferaz P (P09211), manganez-süperoksit dismutaz (P04179), sitozolik aminopeptidaz (P28838) ve kompleman komponenti C4A (P0C0L4) olmak üzere dokuz proteine özgü çoklu reaksiyon izleme (MRM) yöntemi, stabil izotopik etiketli peptitler kullanılarak geliştirilmiştir. Yöntemin performansı, Avrupa İlaç Ajansı kılavuzuna uygun olarak doğrusallık, tespit limiti, cihaz stabilitesi ve örnek hazırlama tekrarlanabilirliği üzerinden değerlendirilmiştir. EEC, NEC ve sağlıklı gruplara ait doku örneklerinin protein ekstraksiyonu ve proteolitik sindirimi sonrasında dokuz proteinin özgün peptitleri izlenmiştir. Yedi proteinde anlamlı regülasyon göstermiştir. Q01995'in aşağı regülasyonu, malignitelerde tekrarlayan bir olaydır ve kanser sürecinin potansiyel biyobelirteci olabileceğini göstermektedir. Buna karşılık, P14618, P40121, Q00688 ve P28838 yukarı regülasyon göstermiştir ve kanserin karakteristik özelliklerini yansıtmaktadır. Ancak, P0C0L4'ün aşağı regülasyonu ve P09211'in yukarı regülasyonu kanserlerde genellikle gözlenmemektedir. Ek olarak, yalnızca P09211 EEC'de NEC'e kıyasla alt tip-spesifik artış göstermiş ve prognostik değerini ortaya koymuştur. Doğrulanan proteinlerin klinik uygulamaya taşınabilmesi için ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Endometrial cancer (EC) is one of the most common gynecologic malignancies, with 420.242 new cases and 97.704 deaths reported worldwide in 2022. EC comprises two major subtypes, endometrioid (EEC) and non-endometrioid (NEC), which differ in prognosis and therapeutic response. Thus, subtype-specific biomarkers are crucial for precise diagnosis, prognosis, and treatment stratification. This study aims to verify previously reported potential biomarkers for EC as an essential phase in the biomarker development pipeline and to evaluate their potential diagnostic and prognostic value. For this purpose, multiple-reaction-monitoring (MRM) method specific to nine proteins, namely transgelin (Q01995), peptidyl-prolyl cis-transisomerase (Q00688), cyclophilin A (P62937), macrophage capping protein (P40121), pyruvate kinase M1/M2 (P14618), glutathione S-transferase P (P09211), manganese-superoxide dismutase (P04179), cytosol aminopeptidase (P28838), and complement component C4A (P0C0L4), was developed with stable-isotopic-labeled (SIL) peptides. Method performance was evaluated through linearity, limit-of-detection, instrument stability, and reprodubility of sample preparation by following European Medicines Agency guideline. Unique peptides of nine proteins were monitored in tissue samples from EEC, NEC, and healthy groups following protein extraction and proteolytic digestion. Seven proteins displayed significant dysregulation. Down-regulation of Q01995 is a recurring event in malignancies, serving as a potential biomarker of cancer progression. Conversely, P14618, P40121, Q00688, P28838 were up-regulated, reflecting hallmarks of cancer. However, down-regulation of P0C0L4 and up-regulation of P09211 are not typically observed across cancers. Importantly, P09211 was the only protein showing subtype-specific elevation in EEC compared to NEC, highlighting its prognostic value. Further studies are needed for the verified proteins to be translated into clinical practice.
Benzer Tezler
- Parkinson hastalarının nöronal eksozomlarında Miro1 ve Mitofusin 2 proteinlerinin incelenmesi ve biyobelirteç adaylığı açısından değerlendirilmesi
Examination of Miro1 and Mitofusin 2 proteins in neuronal exosomes of Parkinson's patients and assessment for biomarker candidacy
ŞAYESTE ÇAĞIL İNAL
Doktora
Türkçe
2025
Moleküler TıpAnkara ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL GÜNEŞ
DOÇ. DR. REZZAK YILMAZ
- Determination and verification of new targets in liver cancer
Karaciğer kanserinde yeni hedeflerin belirlenmesi ve doğrulanması
UMUT EKİN
Doktora
İngilizce
2022
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Valorization of functional protein from a plant based food waste: Sour cherry kernel, and its physicochemical characteristics
Bir bitkisel gıda atığı olarak vişne çekirdeğinden elde edilen proteinlerin fizikokimyasal ve fonksiyonel özelliklerinin belirlenmesi
HATİCE SAADİYE ERYILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
DR. ASLI CAN KARAÇA
- Molecular recognition based self assembly of engineered proteins on nanoscaled gold surfaces
Nano-ölcek metal yüzeylerde moleküler tanıma esaslı kendiliğinden montaj olabilen protein tasarımı
BANU TAKTAK KARACA
Doktora
İngilizce
2015
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
YRD. DOÇ. DR. BÜLENT BALTA
- Structure-based drug design studies for the discovery of novel carbonic anhydrase IX-selective inhibitors
Karbonik anhidraz IX'a seçici yeni inhibitörlerin yapı bazlı bilgisayar destekli tasarımı
VUSLAT ÖYKÜ SAYIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI