Verification of potential protein biomarkers for detection of endometrial cancer by targeted mass spectrometry-based approach
Endometriyum kanseri tespiti için hedefli kütle spektrometresi temelli yaklaşımla potansı̇yel proteı̇n bı̇yobelırteçlerı̇nı̇n doğrulanması
- Tez No: 1003574
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SÜREYYA ÖZCAN KABASAKAL, PROF. DR. ABDULLAH KARAER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Endometriyum kanseri (EC), 2022 yılında dünya genelinde 420.242 yeni vaka ve 97.704 ölüm ile en yaygın jinekolojik malignitelerden biridir. EC, prognoz ve tedavi yanıtı açısından farklılık gösteren iki ana alt tipe ayrılır: endometrioid (EEC) ve non-endometrioid (NEC). Bu nedenle, alt tip-spesifik biyobelirteçler doğru tanı, prognoz ve tedavi sınıflandırması için kritik öneme sahiptir. Bu çalışma, EC için daha önce bildirilen potansiyel biyobelirteçleri, biyobelirteç geliştirme sürecinin temel bir aşaması olarak doğrulamayı ve onların tanısal ve prognostik açıdan değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Bu amaçla, transgelin (Q01995), peptidil-prolil cis-trans izomeraz (Q00688), siklofilin A (P62937), makrofaj kapping proteini (P40121), pirüvat kinaz M1/M2 (P14618), glutatyon S-transferaz P (P09211), manganez-süperoksit dismutaz (P04179), sitozolik aminopeptidaz (P28838) ve kompleman komponenti C4A (P0C0L4) olmak üzere dokuz proteine özgü çoklu reaksiyon izleme (MRM) yöntemi, stabil izotopik etiketli peptitler kullanılarak geliştirilmiştir. Yöntemin performansı, Avrupa İlaç Ajansı kılavuzuna uygun olarak doğrusallık, tespit limiti, cihaz stabilitesi ve örnek hazırlama tekrarlanabilirliği üzerinden değerlendirilmiştir. EEC, NEC ve sağlıklı gruplara ait doku örneklerinin protein ekstraksiyonu ve proteolitik sindirimi sonrasında dokuz proteinin özgün peptitleri izlenmiştir. Yedi proteinde anlamlı regülasyon göstermiştir. Q01995'in aşağı regülasyonu, malignitelerde tekrarlayan bir olaydır ve kanser sürecinin potansiyel biyobelirteci olabileceğini göstermektedir. Buna karşılık, P14618, P40121, Q00688 ve P28838 yukarı regülasyon göstermiştir ve kanserin karakteristik özelliklerini yansıtmaktadır. Ancak, P0C0L4'ün aşağı regülasyonu ve P09211'in yukarı regülasyonu kanserlerde genellikle gözlenmemektedir. Ek olarak, yalnızca P09211 EEC'de NEC'e kıyasla alt tip-spesifik artış göstermiş ve prognostik değerini ortaya koymuştur. Doğrulanan proteinlerin klinik uygulamaya taşınabilmesi için ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Endometrial cancer (EC) is one of the most common gynecologic malignancies, with 420.242 new cases and 97.704 deaths reported worldwide in 2022. EC comprises two major subtypes, endometrioid (EEC) and non-endometrioid (NEC), which differ in prognosis and therapeutic response. Thus, subtype-specific biomarkers are crucial for precise diagnosis, prognosis, and treatment stratification. This study aims to verify previously reported potential biomarkers for EC as an essential phase in the biomarker development pipeline and to evaluate their potential diagnostic and prognostic value. For this purpose, multiple-reaction-monitoring (MRM) method specific to nine proteins, namely transgelin (Q01995), peptidyl-prolyl cis-transisomerase (Q00688), cyclophilin A (P62937), macrophage capping protein (P40121), pyruvate kinase M1/M2 (P14618), glutathione S-transferase P (P09211), manganese-superoxide dismutase (P04179), cytosol aminopeptidase (P28838), and complement component C4A (P0C0L4), was developed with stable-isotopic-labeled (SIL) peptides. Method performance was evaluated through linearity, limit-of-detection, instrument stability, and reprodubility of sample preparation by following European Medicines Agency guideline. Unique peptides of nine proteins were monitored in tissue samples from EEC, NEC, and healthy groups following protein extraction and proteolytic digestion. Seven proteins displayed significant dysregulation. Down-regulation of Q01995 is a recurring event in malignancies, serving as a potential biomarker of cancer progression. Conversely, P14618, P40121, Q00688, P28838 were up-regulated, reflecting hallmarks of cancer. However, down-regulation of P0C0L4 and up-regulation of P09211 are not typically observed across cancers. Importantly, P09211 was the only protein showing subtype-specific elevation in EEC compared to NEC, highlighting its prognostic value. Further studies are needed for the verified proteins to be translated into clinical practice.
Benzer Tezler
- Data protection mechanism for the department information system
Başlık çevirisi yok
HASSAN ABDUL-HAMİD DABBOUSSI
- Türkiye'ye yönelik dış turist akımının çekim tipi bir analog model yoluyla değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
CEMİLE ERKUNT
- Implementation of computer graphics on computer aided process planning system for rotational parts
Başlık çevirisi yok
METE ÜNLÜSOY
