COVID-19 İmmünopatolojisinin Epigenetik Analizi
Epigenetic Analysis of COVID-19 Immunopathology
- Tez No: 1004242
- Danışmanlar: DOÇ. DR. METİN BUDAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Epigenetik, Korona virüs enfeksiyonları, İmmünositokinler, Epigenetic, Coronavirus enfections, Immunocytokines
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Giriş ve Amaç: COVID-19'un ağır seyrettiği hastalarda, düzensizleşmiş immün yanıtlar ve aşırı sitokin sinyalleşmesi belirgindir. Sitokin gen promotörlerindeki lokus özgül DNA metilasyonu, dolaşımdaki sitokin düzeylerinin ötesinde, hastalık seyrinin ağırlığı ile ilişkili stabil immün düzenleyici durumları yansıtabilir. C-X-C motifli kemokin ligandı 10 (CXCL10) ve tümör nekroz faktörü (TNF), COVID-19'un ağır seyretmesinde rol oynayan temel mediyatörlerdir; ancak bu genlerin promotör metilasyon örüntüleri klinik şiddet basamakları boyunca yeterince tanımlanmamıştır. Bu çalışmanın amacı, hastanede yatan COVID-19 hastalarında CXCL10 ve TNF promotörlerine ait lokus özgül DNA metilasyon örüntülerini karakterize etmek ve bu örüntülerin hastalık şiddeti ile ilişkisini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: Hastanede izlenen COVID-19 hastalarından elde edilen periferik kan DNA'sında CXCL10 ve TNF promotör metilasyonu değerlendirildi. Tarama yapılan 106 örnekten, önceden tanımlanmış dışlama kriterleri sonrası 96'sı analize dahil edildi. Serviste tedavi edilen hastalar ile yoğun bakım gereksinimi olan hastalar karşılaştırıldı. Bisülfit dönüşümünü takiben metilasyon-spesifik PZR kullanılarak metilasyon kantifiye edildi ve beta değerleri olarak ifade edildi. Bulgular: CXCL10 kohort genelinde belirgin ve homojen hipometilasyon gösterirken, TNF tutarlı hipermetilasyon sergiledi. Yoğun bakım hastalarında CXCL10 metilasyonu servis hastalarına kıyasla belirgin biçimde daha düşük olup, TNF metilasyonu yoğun bakım grubunda hafif düzeyde daha yüksekti. Yaş, yoğun bakım durumu ile CXCL10 metilasyonu arasındaki ilişkinin bir bölümüne aracılık ederken, global metilasyon her iki sitokin için de ilişkileri aracılık etmedi. Çok değişkenli modellerde CXCL10 hipometilasyonu, yoğun bakım yatışı ve mortalite ile bağımsız olarak ilişkili bulundu. TNF metilasyonu ise hastalık şiddeti veya klinik sonlanımlar ile anlamlı bağımsız bir ilişki göstermedi. Sonuç: CXCL10 promotör hipometilasyonu, global DNA metilasyonundan bağımsız ve kısmen yaş ile açıklanan biçimde, COVID-19'da klinik şiddet ve mortalite ile güçlü şekilde ilişkili olabileceği görülmüştür. Bu bulgular, ağır hastalıkla bağlantılı lokus özgül bir epigenetik imzayı desteklemektedir. Buna karşılık, TNF metilasyonu görece stabil görünmekte ve şiddet sınıflandırması açısından daha sınırlı bilgi sunmaktadır. Sitokin gen metilasyonunun hedeflenmiş değerlendirilmesi, akut hastalıkta immün disregülasyonun biyolojik olarak anlamlı belirteçlerini sağlayabilir.
Özet (Çeviri)
Background and Aim: In patients with severe COVID-19, dysregulated immune responses and excessive cytokine signaling are prominent. Locus-specific DNA methylation at cytokine gene promoters may reflect stable immune regulatory states associated with the severity of disease progression beyond circulating cytokine levels. C-X-C motif chemokine ligand 10 (CXCL10) and tumor necrosis factor (TNF) are key mediators involved in the severe course of COVID-19; however, promoter methylation patterns of these genes across clinical severity strata remain insufficiently characterized. The aim of this study was to characterize locus-specific DNA methylation patterns at the promoters of CXCL10 and TNF in hospitalized patients with COVID-19 and to evaluate their association with disease severity. Material and Methods: Promoter methylation of CXCL10 and TNF was assessed in peripheral blood DNA obtained from hospitalized patients with COVID-19. Of 106 screened samples, 96 were included in the analysis after applying predefined exclusion criteria. Patients treated on regular wards were compared with those requiring intensive care. Following bisulfite conversion, methylation was quantified using methylation-specific PZR and expressed as beta values. Results: CXCL10 exhibited pronounced and homogeneous hypomethylation across the cohort, whereas TNF showed consistent hypermethylation. Patients requiring intensive care demonstrated significantly lower CXCL10 methylation compared with ward patients, while TNF methylation was modestly higher in the intensive care group. Age partially mediated the association between intensive care status and CXCL10 methylation, whereas global DNA methylation did not mediate associations for either cytokine. In multivariable models, CXCL10 hypomethylation was independently associated with both intensive care admission and mortality. In contrast, TNF methylation showed no meaningful independent association with disease severity or clinical outcomes. Conclusion: CXCL10 promoter hypomethylation is strongly associated with clinical severity and mortality in COVID-19, independently of global DNA methylation and partially explained by age. These findings support the presence of a locus-specific epigenetic signature linked to severe disease. By contrast, TNF methylation appears relatively stable and provides more limited information for severity stratification. Targeted assessment of cytokine gene methylation may offer biologically meaningful markers of immune dysregulation in acute illness.
Benzer Tezler
- COVID-19 patogenezi ile antikor yanıtı arasındaki ilişki
Relationship between COVID-19 pathogenesis and antibody response
HİLAL DURMUŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ AÇAR YAZICI
- COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Relationship between SARS-COV-2 full genome analysis and clinical findings in patients diagnosed with COVID-19
FİRUZE SOYAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA SARI
- COVID-19 hastalarının takibinde hastalık şiddeti ile dolaşımdaki T ve B lenfosit alt gruplarının ilişkisinin multiparametrik immünfenotiplendirme aracılı belirlenmesi
Determination of the relationship between disease severity and circulating T and B lymphocyte subgroups in the follow-up of COVID-19 patients by means of multiparametric immune phenotyping
ULVIYYA ABISHOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEHİCE KURTARAN
- Covid-19 Sosyal İzolasyon Sürecinin Üniversite Öğrencilerinde Fiziksel Aktivite Düzeyi, Umutsuzluk, Algılanan Stres ve Yaşam Kalitesi Üzerine Etkisi
The Effect of Covid-19 Social Isolation Process on Physical Activity Level, Hopelessness, Perceived Stress and Quality of Life in University Students
ASENA ALĞANTEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Fizyoterapi ve Rehabilitasyonİstanbul Arel ÜniversitesiFizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SANEM ŞENER
- Covid-19 pandemisinde, sağlık çalışanlarının anksiyete ve depresyon düzeyleri ile mesleki doyum ve tükenmişlikleri arasındaki ilişki: Bodrum ilçesi örneği
The relationship between anxiety and depression levels and the occupational satisfaction and burnout among health care workers during Covid-10 pandemic: Bodrum sample
MİZGİN BORAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Psikolojiİstanbul Arel ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERAL AKBIYIK