Geri Dön

COVİD-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi

Relationship between SARS-COV-2 full genome analysis and clinical findings in patients diagnosed with covid-19

PDF İndir

  1. Tez No: 810807
  2. Yazar: FİRUZE SOYAK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TUĞBA SARI
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Pamukkale Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Enfeksiyon Hastalıkları Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 114

Özet

Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu koronavirüs hastalığı (COVID-19), Aralık 2019'un sonlarında Wuhan'da ortaya çıkarak kısa sürede tüm dünyada etkisini göstermiştir. Pandemiden kısa süre sonra ortaya çıkan SARS-CoV-2 varyantları, epidemiyolojik ve klinik bulgularda, aşı ve tedavi seçeneklerinde değişikliklere neden olarak pandeminin seyrini değiştirmiştir. SARS-CoV-2 virüsünün genomik dizilimini belirlemek için kullanılan bir teknik olan sekanslama, yeni varyantların ve mutasyonların tespiti ve karakterizasyonu için önemli bir araçtır. RNA dizisindeki değişikliklerin belirlenmesi, virüsün evrimi, yayılımı, bulaşıcılığı, hastalığın klinik bulguları ve aşıların etkililiği gibi faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlar ve salgının kontrolünde önemli bir rol oynar. Bu çalışmada farklı dönemlerde takip edilen belirli özelliklere sahip COVID-19 hastalarından elde edilen SARS-CoV-2 örneklerinde tam genomik sekanslama yapılarak virüsün yapısal değişikliklerinin görülme sıklıkları ve hastalığın klinik bulgularına etkisi analiz edilmiştir. 2022 Ocak ve Kasım ayları arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde takipli 21 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. COVID-19 hastalarının nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örnekleri alınarak viral RNA'ları ekstrakte edilmiş ve tam genomik sekanslama analizi gerçekleştirilmiştir. Hastalar klinik durumlarına göre hafif, orta ve ciddi klinik seyirli olmak üzere gruplandırılmış, klinik durumları, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve PCR pozitiflik süresi ile gen analizi sonuçları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 21 hastanın 13'ü (%61,9) erkek ve yaş ortalamaları 65,3±20,7 (26-97) idi. Toplamda 18 (%85,7) hastanın hastanede (servis veya yoğun bakım) takip ve tedavisi yapılırken, üç (%14,3) hasta ayaktan takip edildi. Çalışmada 12 hastada Omicron BA.2, dört hastada Omicron BA.1, dört hastada Omicron BA.5 alt varyantları ve bir hastada Delta varyantı saptandı. İncelenen tüm izolatlarda c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), c.14144C>T (NSP12 P323L) mutasyonları saptandı. Hastalardan izole edilen örneklerde tespit edilen mutasyonlar ile bu mutasyonların tüm dünyada aynı sekansta görülme sıklıkları Pearson korelasyon testi ile karşılaştırıldığında, bu değişkenler arasında yüksek derecede pozitif bir korelasyon bulundu. (r(163)=0.81, p

Özet (Çeviri)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Coronavirus Disease-2019 (COVID-19) caused by it, emerged in Wuhan at the end of December 2019 and quickly spread worldwide. SARS-CoV-2 variants that emerged shortly after the pandemic began have changed the course of the pandemic by causing changes in epidemiological and clinical findings, as well as in vaccination and treatment options. Sequencing, a technique used to determine the genomic sequence of the SARS-CoV-2 virus, is an important tool for the detection and characterization of new variants and mutations. Determining changes in the RNA sequence contributes to understanding factors such as the virus's evolution, spread, infectivity, clinical findings of the disease, and effectiveness of vaccines, and plays an important role in controlling the epidemic. In this study, genomic sequencing was performed on SARS-CoV-2 samples obtained from COVID-19 patients with certain characteristics followed during different periods, and the frequency of structural changes in the virus and their effects on clinical findings of the disease were analyzed. Between January and November 2022, 21 patients from the Department of Infectious Diseases and Clinical Microbiology at Pamukkale University Hospital were included in the study. Nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples were obtained from COVID-19 patients, and their viral RNA was extracted and subjected to whole-genome sequencing analysis. The patients were grouped as having mild, moderate, or severe clinical courses based on their clinical status, and the relationship between their clinical status, laboratory results, radiological findings, PCR positivity duration, and genetic analysis results was investigated. Of the 21 patients included in the study, 13 (61.9%) were male, and their mean age was 65.3±20.7 (26-97). Eighteen (85.7%) patients were hospitalized, and three (14.3%) patients were followed up as outpatients. In the study, Omicron BA.2 subvariants were detected in 12 patients, Omicron BA.1 subvariants in four patients, Omicron BA.5 subvariants in four patients, and Delta variant in one patient. The mutations c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), and c.14144C>T (NSP12 P323L) were detected in all isolates analyzed. When the mutations detected in the samples taken from the patients were compared with the frequencies of these mutations in other sequences worldwide, a high positive correlation was found between these variables (r(163)=0.81, p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    857933

    GBP2 ve GBP5 gen ekspresyon düzeylerinin COVID 19 prognozuna etkisi

    Effect of GBP2 and GBP5 gene expression levels on COVID 19 prognosis

    ABDULLAH YÜCEL BABA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAHADIR FEYZİOĞLU

  2. Tez No

    714525

    COVID-19 tanılı hastalarda akut faz reaktanı olarak serum pentraksin-3 ve supar düzeylerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of serum pentraxin-3 and supar levels as acute phase reactants in patients with COVID-19

    UFUK AKBAYIRLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Mikrobiyolojiİzmir Katip Çelebi Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELÇUK KAYA

  3. Tez No

    878680

    COVİD-19 tanılı hastalarda AST, ALT, CPK, CRP, LDH, lenfosit ve WBC parametrelerinin retrospektif değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of AST, ALT, CPK, CRP, LDH, lymphocyte and WBC parameters in patients with COVID-19

    BİLGE ERALP

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyokimyaNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TURAN AKDAĞ

  4. Tez No

    704878

    Acil servise başvuran COVID-19 tanılı hastalarda kullanılan risk skorlama sistemlerinin kritik COVID-19 hastalığı ve mortaliteyi erken öngörme performanslarının retrospektif olarak karşılaştırılması

    Retrospective comparison of risk scoring systems used in emergency departments for early prediction of critical COVID-19 disease and mortality in COVID-19 patients

    ABDULLAH ERHAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    İlk ve Acil YardımAnkara Üniversitesi

    Acil Tıp Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜGE GÜNALP

  5. Tez No

    754788

    COVID-19 hastalarında nefrolojik problemler

    Nephrological problems in COVID-19 patients

    ERGİN KARATAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    İç HastalıklarıVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ERDEM

Geri Dön