Sirkadyan ritim genetik ifadesinin kolorektal malignite üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of circadian rhythm gene expression on colorectal malignancy
- Tez No: 1005883
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA DUMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Gastroenteroloji, Onkoloji, Biology, Gastroenterology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Gastroenteroloji ve Hepatoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Gastroenteroloji ve Hepatoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Gastroenteroloji ve Hepatoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Kolon kanseri, moleküler heterojenitesi ve karmaşık düzenleyici ağları nedeniyle prognozu öngörülmesi güç maligniteler arasında yer almaktadır. MiRNA'lar ve sirkadiyen saat genleri, gen ifadesinin post-transkripsiyonel düzenlenmesinde önemli rol oynamaktadır. Bu çalışmanın amacı, kolon kanserinde miR-217 ve sirkadiyen ritmin temel düzenleyicilerinden biri olan CLOCK geninin ifade düzeylerini değerlendirmek ve olası moleküler ilişkilerini biyoinformatik yaklaşımlarla incelemektir. Yöntem: Çalışmada, aynı bireylere ait 20 eşleştirilmiş sağlıklı ve tümörlü kolon doku örneği kullanılmıştır. miR-217 ve CLOCK gen ifade düzeyleri real-time PCR yöntemi ile analiz edilmiştir. miR-217 için U6, CLOCK için GAPDH referans gen olarak kullanılmıştır. İstatistiksel değerlendirme eşleştirilmiş Student's t-testi ile yapılmıştır. miR-217 hedef genleri TargetScan ve ENCORI (starBase) veritabanları aracılığıyla belirlenmiş; bu genler için GO, KEGG yolak zenginleştirme ve STRING protein–protein etkileşim analizleri gerçekleştirilmiştir. CLOCK genine ait ifade ve sağkalım analizleri GEPIA2 platformu kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Elde edilen sonuçlar, miR-217 ifadesinin tümörlü kolon dokularında sağlıklı dokulara kıyasla anlamlı derecede artmış olduğunu göstermiştir (p = 0,019). CLOCK geninin ifade düzeyi tümörlü ve sağlıklı dokular arasında anlamlı farklılık göstermiştir (p = 0,0018); ancak CLOCK ifadesi ile genel sağkalım arasında anlamlı bir ilişki saptanmamıştır (log-rank p = 0,48). Biyoinformatik analizler, CLOCK geninin miR-217 için öngörülen hedefler arasında yer aldığını ve miR-217 hedef genlerinin kanserle ilişkili sinyal yolakları, ubiquitin aracılı protein yıkımı, transkripsiyonel düzenleme ve RNA işlenmesi gibi temel biyolojik süreçlerde anlamlı biçimde zenginleştiğini göstermiştir. Sonuç: Bu çalışma, miR-217'nin kolon kanserinde belirgin biçimde düzensizleştiğini ve kanserle ilişkili biyolojik süreçlerde rol oynadığını ortaya koymaktadır. CLOCK geninin ise doğrudan prognostik bir belirteçten ziyade, miRNA aracılı post-transkripsiyonel düzenleme mekanizmaları yoluyla bağlama özgü bir düzenleyici rol üstlenebileceği düşünülmektedir.Elde edilen bulgular, miR-217–CLOCK ekseninin kolon kanserinin moleküler patogenezinde potansiyel bir düzenleyici ağ olabildiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Colon cancer is among malignancies for which prognosis prediction remains challenging due to molecular heterogeneity and complex regulatory networks. MicroRNAs and circadian CLOCK genes play important roles in the post-transcriptional regulation of gene expression. The aim of this study was to evaluate the expression levels of miR-217 and CLOCK, a core regulator of circadian rhythm, in colon cancer and to investigate their potential molecular associations using bioinformatic approaches. Methods: In this study, 20 paired tumor and adjacent normal colon tissue samples obtained from the same individuals were analyzed. Expression levels of miR-217 and CLOCK were determined by real-time PCR. U6 was used as the reference gene for miR-217, and GAPDH for CLOCK. Statistical analysis was performed using the paired Student's t-test. Predicted target genes of miR-217 were identified using TargetScan and ENCORI (starBase) databases, followed by Gene Ontology, KEGG pathway enrichment, and STRING protein–protein interaction analyses. Expression and survival analyses of CLOCK were evaluated using the GEPIA2 platform. Results: The results demonstrated that miR-217 expression was significantly increased in tumor tissues compared to matched normal tissues (p = 0.019). CLOCK expression levels showed a statistically significant difference between tumor and normal tissues (p = 0.0018); however, no significant association was observed between CLOCK expression and overall survival (log-rank p = 0.48). Bioinformatic analyses revealed that CLOCK is among the predicted target genes of miR-217 and that miR-217 target genes are significantly enriched in cancer-related signaling pathways, ubiquitin-mediated protein degradation, transcriptional regulation, and RNA processing. Conclusion: This study indicates that miR-217 is markedly dysregulated in colon cancer and plays a role in cancer-related biological processes. CLOCK, rather than serving as a direct prognostic biomarker, may function as a context-dependent regulatory molecule through miRNA-mediated post-transcriptional mechanisms. These findings suggest that the miR-217–CLOCK axis represents a potential regulatory network in the molecular pathogenesis of colon cancer.
Benzer Tezler
- Characterization of a small molecule stabilizing cryptochrome 1 in the mammalian circadian clock
Memeli sirkadyen saatinde kriptokrom 1'i stabilize eden bir küçük molekülün karakterizasyonu
ZEYNEP MELİS GÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu olan çocuklarda uyku ile ilişkili mikrorna'ların araştırılması
The investigation of microrna related to sleep in chi̇ldren with attention deficit and hyperactivity disorder
ÇİÇEK DEMİRUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Moleküler TıpErciyes ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF FUNDA ŞENER
- Characterization of the single nucleotide polymorphisms that effect repression activity and stability of cryptochrome2
Kriptokrom2 proteininin stabilite ve baskılama aktivitesini etkileyen tek nükleotit polimorfizmlerinin karakterizasyonu
BİLGE BAHAR ÇAMUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Identification of novel transcription factors that modulate BMAL1: CLOCK transactivation
CLOCK-BMAL1 transaktivasyonunu etkileyen yeni transkripsiyon faktorlerinin tanımlanması
SELMA BULUT
Doktora
İngilizce
2017
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Identification of ABE2A as a circadian amplitude enhancer with drug-like potency
Bir sirkadiyen saat genliği arttırıcısı olarak potansiyel bir ilaç adayı olan ABE2A'nın tanımlanması
BAŞAK VELİOĞLU ULUBAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI