Moleküler kalabalıklaştırıcı reaktif ortamında Zn(II) ftalosiyanin bileşiklerinin G-kuadrupleks ve i-motif DNA afinitesinin incelenmesi
Investigation of G-quadruplex and i-motif DNA affinity of Zn(II)phthalocyanine compounds in molecular crowding reagent medium
- Tez No: 1006994
- Danışmanlar: PROF. DR. ESRA BAĞDA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Analitik kimya, Analytical chemistry
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Piperazin içeren bileşikler farklı farmokolojik aktivitelere sahiptir. Tez kapsamında DNA ve BSA etkileşimleri daha önce gösterilmiş olan piperazin-sübstitüe Zn(II) ftalosiyanin bileşiklerinin (1Q ve 2Q) G-quadruplex DNA ve i-motif DNA ile etkileşimleri incelendi. G-quadruplex dizisi oluşturan cMYC2345 ve komplementer ve i motif oluşturan cMYC2345-i dizileri ile çalışma gerçekleştirildi. İ-motif oluşumunu indüklemek ve hücre içi ortamı taklit etmek için kalabalıklaştırıcı ajan PEG kullanıldı. Job yöntemi ile stokiyometri araştırıldı ve bağlanma stokiyometrisi cMYC2345 için 1:3, cMYC2345-i için 1:1-1:2 aralığında olduğu bulundu. Sekonder DNA yapılarının 1Q ve 2Q afiniteleri UV-görünür spektrofotometrik titrasyon deneyleriyle incelendi. 1Q ve 2Q'nun UV-görünür spektrumları, yakın kızılötesi bölgede yaklaşık 350 nm'de bulunan B bandı ve yaklaşık 650 nm'de bulunan bir Q bandından oluşmaktaydı. Yakın kızılötesi bölgede omuzun absorbans değeri, ortama cMYC2345 eklenmesiyle arttı. Bu nedenle, cMYC2345 ile etkileşen ftalosiyaninlerin agregasyonu önlendi. Bu hiperkromik etki cMYC2345 motifinde oldukça belirgin olmasına rağmen cMYC2345-i'de belirgin değildi. Bağlanma sabitlerinin birbirine yakın, 105 M-1 mertebesinde olduğu ve cMYC2345-2Q etkileşimi dışında birbirine oldukça yakın olduğu bulundu. Etkileşimle birlikte ikincil yapılardaki değişimler dairesel dikroism spektroskopisi ile araştırıldı. cMYC2345 spektrumu G-kuadrupleks yapısı ile karakterizeydi. 1Q veya 2Q (0-3 mol eşdeğeri) eklenmesi, molar eliptisite değerlerinde hipokromik bir etkiye neden oldu. cMYC2345-i dizisi, i-motif CD profilini sergiledi. Hem 1Q hem de 2Q kırmızıya kaymaya neden oldu (~2–3 nm). Bu, i-motif yapısının uç istifleme veya elektrostatik etkileşimlerle olası bir stabilizasyonunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Piperazine-containing compounds have different pharmacological activities. Within the scope of this thesis, the interactions of piperazine-substituted Zn(II) phthalocyanine compounds (1Q and 2Q), whose interactions with DNA and BSA have been previously demonstrated, with G-quadruplex DNA and i-motif DNA were investigated. Studies were conducted with cMYC2345, which forms a G-quadruplex sequence, and cMYC2345-i, which forms complementary and i-motif sequences. The crowding agent PEG was used to induce i-motif formation and mimic the intracellular environment. Stoichiometry was investigated by Job's method, and the binding stoichiometry was found to be 1:3 for cMYC2345 and 1:1-1:2 for cMYC2345-i. The interactions of secondary DNA structures with 1Q and 2Q were investigated by UV-visible spectrophotometric titration experiments. The UV-visible spectra of 1Q and 2Q consisted of a B band located at approximately 350 nm in the near-infrared region and a Q band located at approximately 650 nm. The absorbance value of the shoulder in the NIR region increased with the addition of cMYC2345. Therefore, aggregation of phthalocyanines interacting with cMYC2345 was prevented. This hyperchromic effect was quite pronounced in the cMYC2345 motif, but not in cMYC2345-i. The binding constants were found to be close to each other, on the order of 105 M-1, and were quite close to each other except for the cMYC2345-2Q interaction. Changes in secondary structures upon interaction were investigated by circular dichroism spectroscopy. The cMYC2345 spectrum was characterized by a G-quadruplex structure. The addition of 1Q or 2Q (0-3 molar equivalents) caused a hypochromic effect in molar ellipticity values. The cMYC2345-i sequence exhibited the i-motif CD profile. Both 1Q and 2Q induced a redshift (~2–3 nm), suggesting possible stabilization of the i-motif structure by end-stacking or electrostatic interactions.
Benzer Tezler
- Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions
Kalabalık ortamda poly(A)-coralyne etkileşimlerinin ve DNA metilasyonunun DDD-lizin ve DDD-arginin etkileşimlerine etkisinin incelenmesi
ZEYNEP SUVACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Limbal doku türevli hücrelerin ın vitro çoğaltılmasında doku iskelesi olarak fonksiyonelleştirilmiş kollajen film kullanımının değerlendirilmesi
Evaluation of functionalised collagen film as A scaffold for in vitro expansion of limbal tissue-derived cells
MEHMET GÜRDAL
- Moleküler kristallerin erimesinin pople-karasz modeliyle incelenmesi
Studying the melting of molecular crystals with the pople and karasz model
ŞÜKRÜ ÖZGAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Fizik ve Fizik MühendisliğiErciyes ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MUSTAFA KESKİN
- Bazı ikili organik sıvı karışımlarında moleküler yapı ile ses hızı arasındaki ilişki
Başlık çevirisi yok
FERDA DEMİRCİOĞLU
- Moleküler kristallerin erime teorisi katı-katı, katı-sıvı ve sıvı kristal faz geçişleri
A theory of melting of molecular crystals: Solid-solid, solid-liquid and liquid crystalline phase transitions
ŞÜKRÜ ÖZGAN