Yeniden programlanan mesane kanseri hücre hattının hücresel ve moleküler açıdan tanımlanması
Cellular and molecular characterisation of the reprogrammed bladder cancer cell line
- Tez No: 1007135
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BANU İSKENDER İZGİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Metastaz ve ilaç direnci kanser tedavisinde önemli engelleri temsil etmektedir. Kanser hücrelerinin yüksek plastisite durumu göz önüne alındığında, yeniden programlama stratejileri, tümör hücre kimliğini ve düzenleyici mekanizmalarını keşfetmek için umut vadeden bir araç olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışmanın amacı, mesane kanseri hücrelerinin tanımlanmış yeniden programlama faktörleri kullanılarak yeniden programlanıp programlanmayacağını araştırmak ve ortaya çıkan moleküler ve fenotipik değişiklikleri değerlendirmektir. Özellikle bu çalışmada HTB-4 ve UM-UC-3 mesane kanseri hücre hattında yeniden programlamanın etkilerini, pluripotent özellik belirteçlerinin ifadesindeki, hücresel morfolojideki ve kanserle ilişkili davranışlardaki değişiklikleri değerlendirerek analiz etmeyi amaçlamıştır. Yöntem: Mesane kanseri hücre hattı HTB-4 ve UM-UC-3, uygun viral titre belirlendikten sonra Sendai virüs temelli bir yaklaşım kullanılarak yeniden programlanmıştır. Hem atasal hem de yeniden programlanan hücreler, ileri analizler öncesinde 10 pasajdan fazla kültüre edilmiştir. Yeniden programlamanın hücresel fenotip üzerindeki etkileri klonojenik büyüme analizi, ilaç doz-yanıt deneyleri ve yara iyileşme migrasyon analizleri ile değerlendirilmiştir. Protein ekspresyonu ve sinyal yolaklarındaki değişiklikler Western blot analizleri ile incelenmiştir. Proteomik analizler için toplam proteinler izole edilmiş, enzimatik olarak sindirilmiş ve elde edilen peptit örnekleri etiketsiz (label-free) kantifikasyon yöntemi kullanılarak nano-sıvı kromatografi ile eşleştirilmiş tandem kütle spektrometrisi (nLC-MS/MS) ile analiz edilmiştir. Bulgular: Yeniden programlama sonucunda HTB-4 mesane kanseri hücrelerinde proliferasyon, koloni oluşturma ve göç kapasitesinin azaldığı, paklitaksel yanıtının ise hücre hattına ve doza bağlı olarak değiştiği gösterildi. İmmünfloresan boyama ve Western blot analizleri, pluripotent özellik belirteçlerinin ifade edildiğini, kanser ilişkili sinyal yolaklarının HTB-4 hücrelerinde kısmen baskılandığını ortaya koydu. Proteomik analizler sonucunda 3248 protein elde edilmiştir. Bu sonuçlarda belirlenen parametreler ile yeniden programlanan hücrelerin tamamen normalleşmediği, hibrit bir duruma yöneldiği görülmüştür. UM-UC-3 hücrelerinde yeniden programlama süreci sırasında hücrelerin substrata tutunma özelliklerini kaybederek süspanse fenotipe yönelmesi klonojenite, ilaç-doz yanıtı, yara iyileşmesi ve immünfloresan boyama gibi adezyon bağımlı deneylerden anlamlı bulgu elde edilmesini engellemiştir. Sonuç: Elde edilen bulgular, HTB-4 mesane kanseri hücrelerinde yeniden programlamanın hücresel davranış, sinyal iletimi ve proteomik yapı üzerinde belirgin fakat sınırlı bir dönüşüm oluşturduğunu göstermektedir. Yeniden programlama, hücrelerin proliferasyon ve göç gibi malign özellikleri baskıladığını ancak hücrelerin tamamen normalleşme sağlamadığını göstermektedir. Pluripotent özellik belirteçlerinin ekspresyonuna rağmen kanser ilişkili mekanizmaların kısmen korunması ve elde edilen proteomik veriler, hücrelerin yeniden programlanma sonrası malign ve normal özellikleri birlikte taşıyan hibrit bir fenotipe yöneldiğini ortaya koymaktadır. Ayrıca UM-UC-3 hücrelerinde yeniden programlama sonrasında EMT belirteçleri ve invaziv sinyal yolaklarının büyük ölçüde korunması bu hücrelerin yeniden programlamaya daha dirençli olduğunu ve agresif fenotiplerini kısmen sürdürdüğünü göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Metastasis and drug resistance represent major obstacles in cancer therapy. Given the high plasticity of cancer cells, reprogramming strategies have emerged as promising tools to explore tumour cell identity and regulatory mechanisms. The aim of this study was to investigate whether bladder cancer cells can be reprogrammed using defined reprogramming factors and to evaluate the resulting molecular and phenotypic alterations. Specifically, this study aimed to analyse the effects of reprogramming in the HTB-4 and UM-UC-3 bladder cancer cell lines by assessing changes in pluripotency marker expression, cellular morphology, and cancer-associated behaviours. Methods: The bladder cancer cell lines HTB-4 and UM-UC-3 were reprogrammed using a Sendai virus–based approach after determining the appropriate viral titer. Both parental and reprogrammed cells were cultured for more than 10 passages prior to downstream analyses. The effects of reprogramming on cellular phenotype were evaluated using clonogenic growth assays, drug dose–response experiments, and wound healing migration analyses. Changes in protein expression and signalling pathways were examined by Western blot analysis. For proteomic analyses, total proteins were isolated, enzymatically digested, and the resulting peptide samples were analysed by nano-liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (nLC-MS/MS) using a label-free quantification approach. Results: Reprogramming reduced proliferation, colony-forming ability, and migratory capacity in HTB-4 bladder cancer cells, while the response to paclitaxel varied in a cell-line- and dose-dependent manner. Immunofluorescence and western blot analyses demonstrated the expression of pluripotency markers and partial suppression of cancer-associated signalling pathways in HTB-4 cells. Proteomic analyses identified 3248 proteins. These findings indicate that reprogrammed cells did not achieve complete normalisation but instead shifted toward a hybrid cellular state. In UM-UC-3 cells, reprogramming led to a loss of adhesion properties and a transition toward a suspension-like phenotype, precluding meaningful results from adhesion-dependent assays including clonogenicity, drug dose-response, wound healing, and immunofluorescence. Conclusion: Overall, the findings demonstrate that reprogramming induces a pronounced but limited transformation in cellular behaviour, signalling, and proteomic architecture in HTB-4 bladder cancer cells. Reprogramming suppressed malignant traits such as proliferation and migration but did not result in full normalisation. Despite the expression of pluripotency markers, the partial preservation of cancer-associated mechanisms the reprogrammed cells adopt a hybrid phenotype encompassing both malignant and normal features. Furthermore, the persistence of EMT markers and invasive signalling pathways in reprogrammed UM-UC-3 cells suggests a higher resistance to reprogramming and partial maintenance of their aggressive phenotype.
Benzer Tezler
- Development of a modular and open-sourcetomographic imaging software : enhancingthe reconstruction module for low-dose CT and dbt
Modüler ve açık kaynak kodlu tomografik görüntülemeyazılımı: düşük doz BT ve SMT taramaları içinrekonstrüksiyon alt modülünün geliştirilmesi
SEMA ALTUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSA YILDIRIM
- Güvenlik kısıtlı tamsayılı doğrusal programlama modeli ve Ankara ili itfaiye hizmetlerinde uygulanması
Reliability restricted integer linear programming model and it's application on fire department in Ankara
KADİR KORHAN BABADAĞ
- Impact of ict on the architectural design process: Disruption and hybridization
BIT'in mimari tasarım sürecine etkisi:Bozulma ve hibritleşme
EMRE İŞLEK
Doktora
İngilizce
2024
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET EMİN ŞALGAMCIOĞLU
- Finite element analysis of orthogonal metal cutting operations
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA USTA
Doktora
İngilizce
1999
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. S. ENGİN KILIÇ
- IMF ve Türkiye'de uygulanan istikrar programları
IMF and applicated stability programmes in Turkey
NİGER ETİK UĞURBAŞ
