Gıdalarda bulunan çeşitli bakteriler için türe özgü primerlerin dizayn edilmesi
Designing species-specific primers for various bacteria found in foods
- Tez No: 1007261
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHSİN AYDIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoloji, Microbiology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Adıyaman Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, gıda güvenliği açısından kritik öneme sahip olan patojen bakterilerin hızlı, spesifik ve hassas bir şekilde tespit edilmesi amacıyla türe özgü primerler tasarlamayı ve bu primerlerin Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) tekniği kullanılarak laboratuvar koşullarında etkinliğini değerlendirmeyi hedeflemiştir. Gıda kaynaklı hastalıkların önlenmesi, halk sağlığının korunması ve gıda endüstrisinin güvenilirliğinin sürdürülebilirliği açısından bu tür moleküler tanı yöntemlerinin geliştirilmesi büyük önem taşımaktadır. Çalışmada, özellikle Salmonella spp., Escherichia coli, Listeria spp. ve Bacillus spp. ait önemli bakteri türlerine yönelik primer dizaynları yapılmış ve bu primerlerin spesifikliği, duyarlılığı ve amplifikasyon verimliliği deneysel olarak test edilmiştir. Primer tasarımında 16S rRNA geni gibi korunmuş bölgelerin yanı sıra türe özgü genler (örneğin bceT, cytK, prs, iap, iroN ve uspA) hedef alınmıştır. Primerlerin optimizasyonu için farklı bağlanma sıcaklıkları (annealing) ve PZR koşulları denenmiş, başarılı sonuçlar elde edilen primerler belirlenmiştir. Bu çalışmada, Bacillus türlerinin tespiti için tasarladığımız bceT genine özgü primerler, 51°C bağlanma sıcaklığında başarılı bir şekilde amplifikasyon sağlamıştır. Ancak aynı bakteriler için hazırladığımız cyt/hk ve tuf gen primerleri beklenen sonucu vermediği gözlemlenmiştir, yani bu primerler hedef DNA'yı çoğaltamamıştır. Salmonella Typhimurium analizlerde ise farklı genler için değişen sonuçlar alınmıştır. iroN geni 54°C'de güzel bir şekilde çalışırken, bigA geni için 57°C ve 59°C sıcaklıkların daha uygun olduğu saptanmıştır. iacP geni ise ilginç bir durum gösterdi; standart PZR'da sonuç alınamamış olup gradient PZR yöntemiyle başarılı olunmuştur. Listeria monocytogenes identifikasyonu için geliştirilen iap ve prs gen primerleri, çalışılan tüm deneysel parametrelerde amplifikasyon gerçekleştirememiştir. Bu durum, primer sekanslarının yeniden optimize edilmesi gerekliliğini veya hedef bölgelerdeki genetik polimorfizmleri düşündürmektedir. Escherichia coli tanımlamasında kullanılan uspA geni primerleri, literatürde belirtilen protokole uygun olarak başarılı şekilde çalışmış ve bu genin tür spesifik tanımlamada güvenilir bir moleküler markır olduğu doğrulanmıştır. Elde edilen bulgular, tasarlanan primer setlerinin bir bölümünün gıda kaynaklı patojenlerin tanımlanmasında etkili olduğunu, ancak bazı primerlerin fizikokimyasal parametreler açısından yeniden optimize edilmesi gerektiğini ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
This study aimed to design species-specific primers for the rapid, specific, and sensitive detection of pathogenic bacteria that are critically important for food safety, and to evaluate their effectiveness under laboratory conditions using the Polymerase Chain Reaction (PCR) technique. The development of such molecular diagnostic methods is of great importance for preventing foodborne illnesses, protecting public health, and ensuring the sustainability of food industry reliability. The study focused on designing primers for significant bacterial species, particularly Salmonella spp., Escherichia coli, Listeria spp., and Bacillus spp., and experimentally evaluated their specificity, sensitivity, and amplification efficiency. In primer design, conserved regions such as the 16S rRNA gene were targeted alongside species-specific genes (e.g., bceT, cyt/hk, prs, iap, iroN, and uspA). Optimization was performed by testing different annealing temperatures and PCR conditions to identify primers yielding successful results. In this study, the bceT-specific primers designed for Bacillus spp. successfully amplified the target at an annealing temperature of 51°C. However, the cytK and tuf gene primers for the same bacteria failed to produce the expected results, indicating no amplification of the target DNA. For Salmonella Typhimurium, varying results were obtained for different genes. While the iroN gene amplified effectively at 54°C, the bigA gene performed optimally at 57°C and 59°C. The iacP gene exhibited an interesting outcome which indicated that standard PCR failed to yield results, but successful amplification was achieved using gradient PCR. For Listeria monocytogenes, the iap and prs gene primers did not produce amplification under any tested experimental conditions. This suggests the need for primer sequence reoptimization or indicates potential genetic polymorphisms in the target regions. In contrast, the uspA gene primers for Escherichia coli performed successfully following the protocol specified in the literature, confirming this gene's reliability as a species-specific molecular marker. The findings demonstrate that while some of the designed primer sets were effective in identifying foodborne pathogens, others require reoptimization of physicochemical parameters.
Benzer Tezler
- Analytical studies on bioactive components of natural materials
Doğal malzemelerin biyoaktif bileşenleri üzerine analitik çalışmalar
VESELİNA ADIMCILAR
Doktora
İngilizce
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA BEDİA ERİM BERKER
- Manisa yöresinde demir eksikliği anemi prevalansı ve demir eksikliği anemisinde tarama testi olarak rutin hemogram, RDW ve ferritinin kullanımı
The prevalance of iron deficieny anemia in Manisa and using of hemogram, RDW and ferritin for searcing of iron deficiency anemia
VİLDAN ÜRK TAŞYENEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıCelal Bayar ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ALİ ONAĞ
- İstanbul'da tüketime sunulan beyaz peynir örneklerinde Listeria monocytogenes varlığının araştırılması
Investigation of the presence of Listeria monocytogenes in white cheese samples presented for consumption in Istanbul
NİL KAYA
- Kuru incirlerde küf florası ve aflatoksigenik küflerin saptanması
Başlık çevirisi yok
SİBEL BÜYÜKŞİRİN
- Tarhana hamuru fermantasyonunun mikrobiyal taksonomik yapısının ve populasyon dinamiğinin belirlenmesi
Determination of microbial taxonomic structure and population dynamic of the tarhana dough fermantation
SERAP ÖZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyoteknolojiPamukkale ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET HİLMİ ÇON