Identification of specific single chain variable fragments (scFv) against a cancer-associated cytokine
Kanser ilişkili sitokine karşı spesifik tek zincirli değişken fragmanların (scFv) tanımlanması
- Tez No: 1007500
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL ÇETİNEL MEMİŞ, DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM KUTLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biology, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hepatoselüler karsinom (HCC), dünya çapında yüksek ölüm oranlarına sahip olup, yetersiz erken tanı nedeniyle önemli bir zorluk te%kil etmektedir. Bu çalışma, yeni bir kanserle ilişkili sitokini hedefleyerek erken HCC tanısına katkıda bulunmayı amaçlamaktadır. Bu sitokin, tümör dokularında yüksek seviyelerde ekspresyonu nedeniyle potansiyel bir tanısal belirteç olarak tanımlanmıştır. Bu bağlamda, çalışma, hedef sitokine karşı spesifik tek zincirli değişken fragmanları (scFv) seçmeyi ve karakterize etmeyi amaçlamaktadır. In vitro seçim, faj gösterim yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. 4 tur biyotaramadan sonra 22 faj klonu tanımlanmıştır. Bu adaylar enzim bağlantılı immünosorbent testi (ELISA) ile karakterize edilmiş ve en iyi bağlanan 5 klon seçilmiştir. Daha ileri analiz için, bu 5 klondan bakteriyel ekspresyon sistemi kullanılarak scFv'ler üretilmiştir. Aday scFv'lerin dizileri Sanger dizileme ile analiz edilmiş ve tamamlayıcı belirleyici bölgeler (CDR'ler) belirlenmiştir. Bu CDR bölgelerinde amino asit frekansı ve motif analizleri yapılmıştır. Sonuç olarak, seçilen scFv'lerin hedef sitokin ile spesifik etkileşim potansiyeli ortaya çıkarılmıştır. Bu scFv'lerin gelecekte erken kanser teşhis uygulamalarına entegre edilmesi amaçlanmaktadır.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma (HCC) has high mortality rates worldwide and presents a significant challenge due to inadequate early diagnosis. This study aims to contribute to early HCC diagnosis by targeting a novel cancer-associated cytokine. This cytokine has been identified as a potential diagnostic marker due to its expression at high levels in tumor tissues. In this context, the study aims to select and characterize specific single-chain variable fragments (scFv) against the target cytokine. In vitro selection was performed using the phage display method. After 4 rounds of biopanning, 22 phage clones were identified. These candidates were characterized by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and the best binding 5 clones were selected. For further analysis, scFvs were produced from these 5 clones using a bacterial expression system. The sequences of the candidate scFvs were analyzed by Sanger sequencing, and complementary determinant regions (CDRs) were determined. Amino acid frequency and motif analyses were performed on these CDR regions. As a result, the specific interaction potential of the selected scFvs with the target cytokine was revealed. These scFvs are intended to be integrated into early cancer diagnosis applications in the future.
Benzer Tezler
- Kardiyovasküler hastalıklarda fragman analizi yöntemine dayalı genetik yatkınlık tanı kiti geliştirilmesi
Development of genetic predisposition diagnostic kit based on fragment analysis in cardiovascular diseases
SELİN GÜL ÜNSAL
Doktora
Türkçe
2024
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ
- Development of fast and economic QPCR-based method for meat species detection
Hızlı ve ekonomik et tür tayini için QPCR tabanlı bir yöntem geliştirilmesi
EDA ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. MUSTAFA KOLUKIRIK
- Mitokondriyal genomun ileri değişken HVRI ve HVRII bölgelerinde görülen varyasyonların Türkiye toplumunda analizleri
Analysis of the variations in the advanced variable HVRI and HVRII regions of the mitochondrial genome in Turkish population
DİLAN BAŞTUĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Adli TıpAnkara ÜniversitesiAdli Bilimler Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NACİYE LALE TUFAN
- Sıçanlarda paratiroit ve tiroit dokusuna özgü referans gen belirlenmesi
Identification of reference genes specific to parathyroid and thyroid tissues in rats
EMRE CAN GÜNAYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. BEYZA SERVET GÖNCÜ
- İntrakranial meningiomlardaMGMT, CDKN2A, GSTP1 ve THBS1 genlerinin promotor bölge metilasyon kalıplarının belirlenmesi
Identification of promoter region methylation patterns seen at the MGMT, CDKN2A, GSTP1 and THBS1 genes of intrakranial meningiom patients
FATİH AYDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
NöroşirürjiBaşkent ÜniversitesiNöroşirürji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET NUR ALTINÖRS