Geri Dön

Trabzon Fatih Devlet hastanesinde izole edilen klebsiella pneumoniae genomunun biyoinformatik analizi

Bioinformatic analysis of klebsiella pneumoniae genome isolated in Trabzon Fatİh state hospital

PDF İndir

  1. Tez No: 1009056
  2. Yazar: ŞEYMA NUR TOSUN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ESMA AKYILDIZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Tıbbi Biyoloji, Microbiology, Biotechnology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Antibiyotikler, Direnç genleri, Enfeksiyonlar, Genom, Klebsiella pneumoniae, Antibiotics, Resistance genes, Infections, Genome, Klebsiella pneumoniae
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gümüşhane Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Son yıllarda antimikrobiyal direnç küresel ölçekte hızlı bir şekilde artmakta ve bir ülkeden diğerine yayılmaktadır. Son 80 yılda antibiyotiklerin yaygın ve yanlış kullanımı antimikrobiyal direncin oluşmasına neden olmuştur. Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) ciddi enfeksiyonlara neden olan bir patojendir. K. pneumoniae kaynaklı en sık rastlanan enfeksiyon üriner sistem enfeksiyonlarıdır. K. pneumoniae yayılımı temel sağlık problemi haline gelmiştir. K. pneumoniae'nın sebep olduğu enfeksiyonlarda çoklu antibiyotik direnci nedeniyle tedavi seçeneklerinin kısıtlı olması enfeksiyonun yayılmasına ve ölüme yol açar. Bu yüzden K. pneumoniae izolatlarının genomik analizleri, direnç mekanizmalarının aydınlatılması ve etkili kontrol stratejilerinin geliştirilmesi açısından kritik bir öneme sahiptir. Bu tezde Trabzon Fatih Devlet Hastanesinden temin edilen K. pneumoniae K102 suşu kullanıldı. Suşun tüm genom dizilemesi (WGS) gerçekleştirildi ve antimikrobiyal dirençlilikle ilişkili kromozomal ve genetik elementler araştırıldı. K102 suşunun antibiogramı, EUCAST Fenotipik 2017 programı kullanılarak elde edildi. K. pneumoniae K102 suşunda; ampisilin, seftriakson, sefepim, ertapenem, meropenem, siprofloksasin, kolistin, trimetoprin, sefuroksim aksetil, piperasilin/tazobaktam, sefazolin, sefuroksim, sefoksitin ve seftazidime karşı dirençli; amikasin ve gentamisine duyarlı; tigesikline ise orta duyarlı bulundu. Ayrıca suşta metiltransferaz, kapsül, faj, pili, flagella, fimbria, beta-laktamaz ve virülans faktörleri genleri tespit edildi. Bu araştırmada suşun tüm genom analizi MLST analizi, PlasmidFinder 2.1, ISFinder, BRIG, PHAST, ResFinder 3.2 ve VFDB programları kullanılarak gerçekleştirildi.

Özet (Çeviri)

In recent years, antimicrobial resistance has been rapidly increasing on a global scale and is spreading from one country to another. The widespread and incorrect use of antibiotics in the last 80 years has led to the formation of antimicrobial resistance. Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae) is a pathogen that causes serious infections. The most common infection caused by K. pneumoniae is urinary tract infections. The spread of K. pneumoniae has become a major health problem. The limited treatment options due to multiple antibiotic resistance in infections caused by K. pneumoniae lead to the spread of the infection and death. Therefore, genomic analyses of K. pneumoniae isolates are of critical importance for elucidating resistance mechanisms and developing effective control strategies. In this thesis, K. pneumoniae K102 strain obtained from Trabzon Fatih State Hospital used. Whole genome sequencing (WGS) of the strain was performed to investigate chromosomal and genetic elements associated with antimicrobial resistance. The antibiogram of the K102 strain was determined using the EUCAST Phenotypic 2017 criteria. The K. pneumoniae K102 strain was found to be resistant to ampicillin, ceftriaxone, cefepime, ertapenem, meropenem, ciprofloxacin, colistin, trimethoprim, cefuroxime axetil, piperacillin/tazobactam, cefazolin, cefuroxime, cefoxitin, and ceftazidime; susceptible to amikacin and gentamicin; and intermediately susceptible to tigecycline. Furthermore, genes encoding methyltransferases, capsules, phages, pili, flagella, fimbriae, beta-lactamases, and virulence factors were identified within the strain. Whole genome analysis was conducted using MLST analysis, PlasmidFinder 2.1, ISFinder, BRIG, PHAST, ResFinder 3.2, and VFDB tools.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    415372

    Trabzon ve Giresun illerindeki çeşitli hastanelerde izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve beta-laktamaz genlerinin araştırılması

    Investigation of antibiotic resistancy profiles and beta lactamases genes of Klebsiella pneumoniae strains isolated from trabzon and gi̇resun hospitals

    MERYEM GEZİCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FATİH ŞABAN BERİŞ

  2. Tez No

    700568

    Trabzon Fatih Devlet Hastanesinde izole edilen Acinetobacter baumannii suşunun tüm genom analizine dayalı karakterizasyonu

    Characterization of Acinetobacter baumannii sushens insulated from Trabzon Fatih State Hospital based on whole genome analysis

    MELİKE GÜLBÜZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyolojiArtvin Çoruh Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL SARAL SARIYER

  3. Tez No

    749458

    Hemşirelerin COVID-19 pandemi dönemindeki tükenmişlik düzeyleri (Trabzon Fatih Devlet Hastanesi örneği)

    Burnout levels of nurses during the COVID-19 pandemic period (Example of Trabzon Fatih State Hospital)

    MÜRVET HOYUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Sağlık YönetimiGümüşhane Üniversitesi

    Sağlık Yönetimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NİLGÜN ULUTAŞDEMİR

  4. Tez No

    480750

    Sağlık kurumlarında iletişim sorunlarının analizi: Trabzon Ortahisar ilçesinde bir uygulama

    Analysis of the problems of communicative conflicts in health institutions: The case of Trabzon Ortahisar district

    MERAL KIVANÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Sağlık Kurumları YönetimiAvrasya Üniversitesi

    Yönetim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN ÖZYURT

  5. Tez No

    897323

    Fiziksel risk faktörlerinin tıbbi görüntüleme ünitelerindeki sağlık çalışanları tarafından iş sağlığı ve güvenliği bağlamında değerlendirilmesi

    Assessment of physical risk factors by health workers in medical imaging units in the context of occupational health and safety

    KÜBRA KAYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Sağlık YönetimiAnkara Hacı Bayram Veli Üniversitesi

    Sağlık Yönetimi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA MANSUR

Geri Dön