Pediatrik idyopatik jeneralize epilepsi hastalarında SHANK3 geni metilasyon profilinin incelenmesi
Investigation of SHANK3 gene methylation profile in pediatric idiopathic generalized epilepsy patients
- Tez No: 1009535
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYBERK TÜRKYILMAZ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Epilepsi, Metilasyon, HRM analizi, Epilepsy, Methylation, HRM analysis
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: İdiyopatik jeneralize epilepsiler(İJE) anormal ve aşırı senkronize nöronal aktivite ile bozulmuş uyarıcı-engelleyici denge ile karakterize yaygın poligenik epilepsi sendromlarıdır ancak benzer varyantları taşıyan kişiler arasında gözlenen belirgin fenotipik çeşitlilik, epigenetik düzenlemenin hastalığa yatkınlık ve hastalığın ortaya çıkışına katkıda bulunabileceğini düşündürmektedir. Glutamaterjik sinaps organizasyonu için kritik öneme sahip ve epilepsiye bağlı nörogelişimsel bozukluklarla ilişkili olan bir postsinaptik yoğunluk iskeletini kodlayan SHANK3 biyolojik olarak makul bir adaydır ancak pediatrik İJE'de periferik kanda SHANK3 geni CpG adası metilasyonu değerlendirilmemiştir. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma, nörogelişimsel ve nörogörüntüleme açısından normal çocukların periferik kanında SHANK3 CpG adasının (CGI-1; ekzon 3'ün yukarı akışındaki 122-bp bisülfit-PCR amplikonu tarafından hedeflenen 1.135-bp ada bölgesi) DNA metilasyonunu araştırmış ve bunun non-invaziv bir biyomarker olarak potansiyelini değerlendirmiştir. Etik kurul onayı (Karadeniz Teknik Üniversitesi, Protokol 2025/174; 30 Haziran 2025) ve yazılı onamın ardından, EDTA'lı kandan genomik DNA izole edildi, bisülfit ile dönüştürüldü ve metillenmiş/metillenmemiş kontroller ve yinelenen analizler kullanılarak LightCycler 480 ve CFX96 platformlarında EvaGreen tabanlı yüksek çözünürlüklü erime (HRM) yöntemi ile analiz edildi; istatistiksel karşılaştırmalar için SPSS 26.0 ile χ² ve Mann–Whitney U testleri (p<0,05) kullanıldı. Nihai kohort 178 hasta ve 194 kontrolden oluşmaktaydı. Bulgular: 372 numunenin tümünün HRM profilleri unmetile kontrol ile eşleşti; %100'ü unmetile olarak sınıflandırıldı ve gruplar arasında fark yoktu. Sonuç: Bu bulgular, SHANK3 CpG adası 1'in seçili bölgesinin periferik kandaki metilasyonunun stabil olduğunu ve pediatrik İJE için önemli bir etiyolojik mekanizma veya tek başına bir biyobelirteç olma ihtimalinin düşük olduğunu gösterirken, potansiyel doku spesifikliği, duruma bağlı dinamikler, antiepileptik ilaç etkileri ve düşük düzey/mozaik metilasyon için HRM duyarlılık sınırları göz önüne alındığında, gelecekteki çalışmaları desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Idiopathic generalized epilepsies(IGE) are common polygenic epilepsy syndromes characterized by abnormal, excessively synchronized neuronal activity and disrupted excitatory–inhibitory balance, yet marked phenotypic variability among carriers of similar variants suggests that epigenetic regulation may contribute to disease susceptibility and expression. SHANK3, which encodes a postsynaptic scaffold critical for glutamatergic synapse organization and associated with epilepsy-related neurodevelopmental disorders, is a biologically plausible candidate; however, SHANK3 CpG island methylation in peripheral blood has not been comprehensively evaluated in pediatric IGE. Materials and methods: This study investigated DNA methylation of the SHANK3 CpG island 1 (CGI-1; a 1,135-bp island region targeted by a 122-bp bisulfite-PCR amplicon upstream of exon 3) in the peripheral blood of neurodevelopmentally and neuroimaging-normal children and evaluated its potential as a non-invasive biomarker. Following ethics approval and written consent, genomic DNA from EDTA blood was isolated, bisulfite-converted, and analyzed by EvaGreen-based high-resolution melting (HRM) on LightCycler 480 and CFX96 platforms using methylated/unmethylated controls and duplicate runs; statistical comparisons used SPSS 26.0 with χ² and Mann–Whitney U tests (p<0.05). The final cohort comprised 178 patients and 194 controls. Findings: HRM profiles of all 372 samples matched the unmethylated control, with 100% classified as unmethylated and no between-group difference. Conclusion: While these findings indicate that methylation of a specific region of the SHANK3 CGI-1 island in peripheral blood is stable and that it is unlikely to be a major etiological mechanism or a standalone biomarker for pediatric IGE, they support future studies, given the potential for tissue specificity, condition-dependent dynamics, the effects of antiepileptic drugs, and the sensitivity limits of HRM for low-level or mosaic methylation.
Benzer Tezler
- Epilepsi hastalarında atopi sıklığı
Atopia incidance in epilepsy patients
ORKİDE HÜDAOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ERAY DİRİK
- Ailesel idiyopatik jeneralize ve fokal epilepsili olgularda genetik, klinik, nöbet ve elektroensefalografi özelliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of genetic, clinical, seizure and electroencefalographic features in family idiopatic generalized and focal epilepsy patients
ASIM ORUJOV
- Çocukluk çağı absans epilepsisinin semiyolojik ve elektrofizyolojik özellikleri
Semiological and electrophysiological features of childhood absence epilepsy
İREM KAYIKÇIOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SANEM KESKİN YILMAZ
- İdiopatik jeneralize epilepsi tanılı hastalarda yürütücü işlev, dürtüsellik ve davranış bozuklukları açısından nöropsikiyatrik değerlendirme
Neuropsychiatric evaluation of executive function, impulsivity, and behavioral disorders in patients with idiopathic generalized epilepsy
NİSA SİMGE GÜLER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Medeniyet ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF YÜKSEL KARATOPRAK
DOÇ. DR. ALPEREN BIKMAZER
- İdiyopatik epilepside interlökinlerin yeri
The role of interleukins in idiopathic epilepsy
NESLİHAN DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKaradeniz Teknik ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF ACAR ARSLAN