Yeni nesil dizileme çalışmalarında saptanan klinik önemi bilinmeyen splice bölge varyantlarının fonksiyonel etkilerinin RNA düzeyinde araştırılması
Investigation of the functional effects of splice region variants of uncertain clinical significance identified in next-generation sequencing studies at the RNA level
- Tez No: 1013601
- Danışmanlar: PROF. DR. AYFER ÜLGENALP, DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET KOCABEY
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Genetik testlerde saptanan klinik önemi belirsiz varyantların yorumlanması, modern klinik genetik pratiğinin en önemli güçlüklerinden biridir. Özellikle donör ve akseptör splice bölgelerinin dışında kalan varyantların etkisini değerlendirmede in silico öngörüler tek başına yeterli olmayabilmekte, bu durum tanısal belirsizliğe yol açmaktadır. Bu çalışmanın amacı, farklı klinik fenotiplerle başvuran 30 hastada saptanan splice bölgesinde yer alan klinik önemi belirsiz varyantların splicing üzerindeki fonksiyonel etkilerini deneysel olarak araştırmak ve varyantların daha doğru klinik sınıflandırmasına katkı sağlamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 2020-2025 yılları arasında yeni nesil dizileme paneli çalışılmış ve splice bölgesinde klinik önemi belirsiz varyant saptanmış 30 olgu dahil edilmiştir. Periferik kan örneklerinden izole edilen RNA'lar kullanılarak cDNA sentezi gerçekleştirilmiş; hedef bölgeler RT-PCR ve Sanger dizileme yöntemleriyle analiz edilmiştir. Deneysel sonuçlar, SpliceAI, MaxEntScan ve dbscSNV gibi in silico splicing tahmin araçlarından elde edilen verilerle karşılaştırılmıştır. Bulgular: Analiz edilen 30 varyantın %70'i (21/30) fonksiyonel veriler ışığında yeniden sınıflandırılmıştır. Olguların %13,3'ünde (n=4) ekzon atlanması veya kriptik bölge aktivasyonu gibi belirgin aberan splicing saptanarak patojenite kanıtı (PS3) elde edilmiştir. Varyantların %56,6'sında (n=17) ise normal splicing paterni izlenerek varyantların splicing üzerinde nötr etkili olduğu (BS3) gösterilmiştir. Sadece 9 varyant (%30) ise şüpheli izoform değişiklikleri veya metodolojik kısıtlılıklar nedeniyle VUS kategorisinde kalmıştır. Sonuç: RNA temelli analizler, in silico araçların öngöremediği veya belirsiz bıraktığı fonksiyonel etkileri doğrudan ortaya koyarak tanısal verimi anlamlı ölçüde artırmaktadır. Bu çalışma, RNA analizinin rutin tanısal süreçlere entegre edilmesinin klinik belirsizliği giderdiğini, hastalara daha doğru genetik danışma verilmesini sağladığını ve kişiselleştirilmiş tedavi süreçlerine kritik katkı sunduğunu vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Aim: Interpretation of variants of uncertain significance identified in genetic testing is one of the most significant challenges in modern clinical genetic practice. Especially in evaluating the impact of non-canonical splice-region variants, in silico predictions may not be sufficient on their own, leading to diagnostic uncertainty. The aim of this study is to experimentally investigate the functional effects on splicing of splice site variants of uncertain significance detected in 30 patients presenting with different clinical phenotypes and to contribute to a more accurate clinical classification of the variants. Materials and Methods: The study included 30 cases identified via next- generation sequencing (NGS) panels between 2020 and 2025, each carrying splice-site VUS. cDNA synthesis was performed using RNA isolated from peripheral blood; target regions were analyzed using RT-PCR and Sanger sequencing. The experimental results were compared with data from in silico splicing prediction tools, including SpliceAI, MaxEntScan, and dbscSNV. Results: Based on the functional data, 70% (21/30) of the analyzed variants were reclassified. In 13.3% (n=4) of the cases, distinct aberrant splicing, such as exon skipping or cryptic site activation, was detected, providing strong evidence of pathogenicity (PS3). In 56.6% (n=17) of the cases, a normal splicing pattern was observed, suggesting a neutral effect (BS3). A total of 9 variants (30%) remained classified as VUS due to ambiguous isoform changes or methodological limitations. Conclusion: RNA-based analyses significantly enhance diagnostic yield by directly elucidating functional effects that in silico tools may fail to predict or leave unresolved. This study demonstrates that integrating RNA analysis into routine diagnostics resolves clinical uncertainty, enables more precise genetic counseling, and contributes significantly to personalized medicine.
Benzer Tezler
- Meme ve/veya over kanseri öyküsü olan hastalarda ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi
Investigation of associated genes in patients with a history of breast and/or ovarian cancer by next generation sequencing
CANBERK AKKAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZEN
- Tekrarlayan alt solunum yolu enfeksiyonu ve kronik akciğer hastalığı olan çocuklarda yeni nesil dizilemenin uygulanması
Application of next-generation sequencing in children with recurrent lower respiratory tract infections and chronic lung disease
MUSTAFA GÜNEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF YILMAZ GÜLEÇ
- Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population
Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi
NİSAN DENİZCE CAN
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Türkiye'de ailesel multipl miyelom hastalarının tespiti ve ailesel yatkınlığa sebep olan genetik varyantların araştırılması
Detection of familial multiple myeloma cases and investigation of predisposing genetic variants in turkey
ERMAN AKKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
HematolojiAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL BEKSAÇ
- Papiller tiroid kanserinde next genereration sequencing(NGS) moleküler multiple varyant analizi, histopatolojik ve immunhistokimyasal bulguların değerlendirilmesi
Next generation sequence (NGS) molecular multiple variant analysis, evaluation of histopatological and immunhistochemical findings in papillary thyroid cancer
HASLET HÜNLER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Moleküler TıpAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM HALİL ERDOĞDU