Geri Dön

Sepsis hastalarında real-time PCR hızlı tanı sisteminin etkinliğinin araştırılması ve kan kültürü sonuçları ile karşılaştırılması

Investigation of the effectiveness of real-time PCR rapid diagnostic system in sepsis patients and comparison with blood culture results

PDF İndir

  1. Tez No: 1013870
  2. Yazar: SELBİ BEGMYRADOVA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA ORAL ÖNCÜL
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Enfeksiyon ve Klinik Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Giriş ve Amaç: Sepsis ve kan dolaşım infeksiyonları, dünya genelinde yüksek morbidite ve mortalite oranlarıyla önemli bir sağlık sorunu olup, hızlı tanı ve tedavi hayati önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı, sepsis tanısı ile izlenen hastalarda kan kültürü ve tam kandan Real-Time PCR (RT-PCR) yöntemlerinin tanısal performansını değerlendirmek, elde edilen sonuçların klinik ve laboratuvar parametreleri ile ilişkisini analiz etmek ve erken tanı açısından prognostik değerini ortaya koymaktır. Ayrıca, konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemler ile PCR temelli moleküler tanı yöntemleri arasındaki uyumun incelenmesi ve bu yöntemlerin mortalite, SOFA skoru ve inflamatuvar belirteçler ile olan ilişkisinin araştırılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışması, tek merkezli prospektif olarak yürütülmüştür. Ekim 2024-Ocak 2026 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi'nde, Sepsis-3 kriterlerine göre sepsis tanısı alan 18 yaş üzeri hastalar dahil edilmiştir. Hastaların yaş, cinsiyet ve komorbidite bilgileri, geçirilmiş cerrahi öyküsü ve antibiyotik kullanım durumu kayıt altına alınmıştır. Klinik şiddeti değerlendirmek amacıyla SIRS, APACHE II, SOFA ve ASA skorları hesaplanmıştır. Laboratuvar parametreleri olarak; Beyaz kan hücresi (WBC), hemoglobin (Hb), hematokrit (Htc), C-Reaktif Protein (CRP), prokalsitonin (PCT), bilirubin, AST, ALT, kreatinin ve laktat değerleri kaydedilmiştir. Tüm hastalardan eş zamanlı olarak kan kültürü örnekleri alınmış; ayrıca tam kan örneklerinde hızlı moleküler yöntem olan Real-Time PCR kullanılarak etken mikroorganizmalar ve direnç genleri araştırılmıştır. Kan kültürü ile PCR sonuçları arasındaki uyum oranı analiz edilmiş; direnç genleri ayrıca değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmaya toplam 160 hasta dahil edildi. Hastaların %68.8'i erkek, 31.3% i kadın ve yaş ortalaması 59.1±17.8 yıl olarak hesaplandı. Olguların büyük çoğunluğunda (%97.5) en az bir komorbidite mevcuttu. En sık eşlik eden hastalıklar hipertansiyon (% 25), solid malignite (% 20) ve hematolojik malignite (% 17.5) olarak saptandı. Otuz günlük mortalite oranı %28.8 olarak bulundu. Kan kültürü ile PCR sonuçları arasında tam uyum oranı %79.4 (genel uyum %70.6) olup istatistiksel olarak anlamlı (p<0.001) bulundu. Tam uyum olan grupta yaş ortalaması daha yüksek ve kan kültürünün sinyal verme süresi anlamlı olarak daha kısaydı. Ancak gruplar arasında cinsiyet, komorbidite 2 oranı, ASA, SIRS, APACHE ve SOFA skorları açısından anlamlı fark saptanmadı. Ayrıca tam uyum durumu ile otuz günlük mortalite arasında anlamlı ilişki bulunmadı. Kan kültüründe en sık izole edilen mikroorganizmalar Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli saptandı. Ayrıca RT-PCR yöntemi ile %7.5 oranında direnç geni tespit edilmiş olup, en sık saptanan genlerin mecA, OXA-48 ve CTX-M olduğu belirlendi. Mortalite gelişen hastalarda ASA, SIRS, APACHE ve SOFA skorları anlamlı olarak daha yüksekti. Hipertansiyon varlığı, yoğun bakım yatışı ve ikinci antibiyotik kullanımı mortalite ile ilişkili bulundu. Laboratuvar parametrelerinden PCT, bilirubin ve AST değerleri mortalite gelişen grupta anlamlı olarak daha yüksekti. Sonuç: Kan kültürü ile Real Time PCR sonuçları arasında yüksek oranda uyum saptanmıştır. Bununla birlikte, RT-PCR yönteminin yaklaşık dört saat gibi kısa bir sürede hem etken bakteriyi, hem de direnç genlerini eş zamanlı olarak saptayabilmesi, klinik açıdan önemli katkı sağlamaktadır. Ayrıca RT-PCR yönteminin özellikle kültür negatif olgularda ek tanısal katkı sağladığı gözlenmiştir. Mortalite üzerinde belirleyici temel faktörlerin hastalık şiddeti skorları ve hastaların klinik durumları olduğu değerlendirilmektedir

Özet (Çeviri)

Introduction and Objective: Sepsis and bloodstream infections are major global health problems associated with high morbidity and mortality rates, and rapid diagnosis and treatment are of vital importance. The aim of this study was to evaluate the diagnostic performance of blood culture and rapid PCR methods performed from whole blood in patients followed with a diagnosis of sepsis, to analyze the relationship of the obtained results with clinical and laboratory parameters, and to determine their prognostic value for early diagnosis. In addition, it was aimed to investigate the concordance between conventional microbiological methods and PCR-based molecular diagnostic methods, and to examine the relationship of these methods with mortality, SOFA score, and inflammatory markers. Materials and Methods: In this single-center prospective thesis study, patients aged over 18 years who were diagnosed with sepsis according to the Sepsis-3 criteria at Istanbul University Istanbul Faculty of Medicine between October 2024 and January 2026 were included. Consecutive eligible patients were enrolled in the study. Demographic and clinical characteristics including age, sex, and comorbidities; location of hospitalization (intensive care unit, emergency department, or hospital ward); history of previous surgery; and antibiotic use were recorded. To assess clinical severity, SIRS, APACHE II, SOFA, and ASA scores were calculated. Laboratory parameters including white blood cell count (WBC), hemoglobin (Hb), hematocrit (Hct), C-reactive protein (CRP), procalcitonin (PCT), bilirubin, AST, ALT, creatinine, and lactate levels were recorded. From all patients, blood cultures and RT-PCR from whole blood were performed simultaneously to detect causative pathogens. The concordance between blood culture and RT-PCR results was analyzed, and resistance genes were evaluated separately. Results: A total of 160 patients were included in the study. Of the patients, 68.8% were male and 31.3% were female, with a mean age of 59.1 ± 17.8 years. At least one comorbidity was present in the majority of cases (97.5%). The most common accompanying diseases were hypertension (25%), solid malignancy (20%), and hematological malignancy (17.5%). The 30-day mortality rate was found to be 28.8%. The complete concordance rate between blood culture and RT-PCR results was 79.4% (overall agreement 70.6%), 4 which was statistically significant (p < 0.001). In the group with complete concordance, the mean age was higher and the blood culture time-to-positivity was significantly shorter. However, no significant differences were found between groups in terms of sex, comorbidity rates, ASA, SIRS, APACHE, and SOFA scores. In addition, no significant association was found between complete concordance and 30-day mortality. The most frequently isolated microorganisms in blood culture were Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, and Escherichia coli. Furthermore, resistance genes were detected in 7.5% of cases by PCR, with the most common being mecA, OXA-48, and CTX-M genes. Detection of pathogens by PCR in some cases with negative blood culture results demonstrates the additional diagnostic contribution of molecular methods. Patients who developed mortality had significantly higher ASA, SIRS, APACHE, and SOFA scores. The presence of hypertension, intensive care unit admission, and the use of a second antibiotic were associated with mortality. Among laboratory parameters, PCT, bilirubin, and AST levels were significantly higher in the mortality group. Conclusion: In conclusion, although a high concordance rate was observed between blood culture and RT-PCR, the RT-PCR method can provide significant clinical benefit by identifying both pathogens and resistance genes within a short period of approximately four hours. RT-PCR testing provides additional diagnostic value particularly in culture- negative cases. However, the main determinants of mortality appear to be disease severity scores and the overall clinical condition of the patient.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    552578

    Sepsis etkenlerinin saptanmasında, kültür yöntemine göre real ?time PZR ( polimeraz zincir reaksiyon)?nin tanı değerinin araştırılması

    Research on diagnostic value of real-time PCR (polymerase chain reaction) in comparison with culture method to detect agents for sepsis özlem ögüç şanli

    ÖZLEM ÖGÜÇ ŞANLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT BAYKAN

  2. Tez No

    361603

    Sepsis ön tanısı olan hastalarda multipleks real-time polimeraz zincir reaksiyonu testinin etkeni saptamadaki yeri

    Detectıon of pathogens ın patıents wıth the predıagnosıs of sepsıs usıng multıplex real-tıme polymerase chaın reactıon system

    VECİHE DURSUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE YÜCE

  3. Tez No

    666543

    Sepsis ön tanılı hastalarda tam kandan multipleks real time PCR ile hızlı etken tayininin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması

    The comparison of the multiplex real time PCR method directly from whole blood with the conventional method for the etiological diagnosis in patients with pre-diagnosis of sepsis

    GİZEM ERDOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ

  4. Tez No

    462443

    Ateşi yüksek olan hastalarda kanda bakteri varlığının üniversal primerler kullanılarak hızlı saptanması

    The role of universal primers for rapid detection of bacterial pathogens in blood samples of patients with fever

    HAVVA ÖZLEM ALTAY AKIŞOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CUMHUR ÖZKUYUMCU

  5. Tez No

    970420

    Yoğun bakımda sepsis ön tanısı ile takip edilen hastalarda tam kandan multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile kan kültürü sonuçlarının karşılaştırılması

    Comparison of blood culture results with a whole-blood multiplex real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method in intensive care unit patients with suspected sepsis

    GÜLŞAH CEYLAN YAĞIZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT ARAL

Geri Dön