Akciğer hücre hattında nitrofenin global gen ifadelenmesine etkilerinin RNA-Seq yöntemiyle incelenmesi
Investigation of the effects of nitrofen on global gene expression in a lung cell line using the RNA-Seq method
- Tez No: 1015431
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET KOÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: BEAS-2B, Diferansiyel Gen Ekspresyonu, Nitrofen, RNA-Seq, Toksisite, BEAS-2B, Differential Gene Expression, Nitrofen, RNA-Seq, Toxicity
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı, çevresel bir toksikan olan nitrofenin insan bronşiyal epitel hücre hattı BEAS-2B üzerindeki moleküler etkilerini transkriptomik düzeyde değerlendirmek ve elde edilen bulguları doğrulayıcı yöntemlerle desteklemektir. Materyal ve Metot: BEAS-2B hücreleri kültüre edildi ve hücre canlılığı analizi sonucunda belirlenen 800 µM nitrofen ile 24 saat muamele edildi. Ardından RNA izolasyonu yapıldı ve örnekler RNA-Seq analizi için dizilendi. Diferansiyel gen ekspresyon analizi yapıldı; anlamlı genler GO ve KEGG zenginleştirme analizleri ile değerlendirildi. Seçilen genlerin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR ile, protein düzeyindeki değişimler ise Western blot ile doğrulandı. Bulgular: RNA-Seq analizi sonucunda 502 genin anlamlı düzeyde diferansiyel eksprese olduğu ve bu genlerin 320'sinin artan, 182'sinin azalan genler olduğu belirlendi. Zenginleştirme analizleri ile nitrofen maruziyetinin hücresel stres yanıtı, metabolik süreçler ve epitel fonksiyonları ile ilişkili yolakları etkilediği gösterildi. RT-qPCR sonuçları ile RNA-Seq bulguları arasındaki uyum büyük ölçüde doğrulandı, Western blot analizleri ile de seçilen hedeflerde benzer eğilimlerin gözlendiği belirlendi. Sonuç: Nitrofen maruziyetinin BEAS-2B hücrelerinde geniş kapsamlı gen ekspresyon değişimlerine yol açtığı ve stres yanıtı, metabolik düzenleme ile epitel bütünlüğüyle ilişkili yolakları etkilediği belirlendi. Bulgular, nitrofenin insan hava yolu epiteli üzerindeki çok yönlü etkilerine işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Aim: This study aimed to evaluate the molecular effects of nitrofen, an environmental toxicant, on the human bronchial epithelial cell line BEAS-2B at the transcriptomic level and to validate the findings with complementary methods. Materials and Methods: BEAS-2B cells were cultured and treated with 800 µM nitrofen for 24 hours, as determined by the cell viability assay. Total RNA was isolated and sequenced for RNA-Seq analysis. Differential gene expression analysis was performed, and significant genes were assessed by GO and KEGG enrichment analyses. Selected genes were validated by RT-qPCR, and protein-level changes were examined by Western blot. Results: RNA-Seq analysis identified 502 significantly differentially expressed genes, including 320 upregulated and 182 downregulated genes. Enrichment analyses showed that nitrofen exposure affected pathways related to cellular stress response, metabolic processes, and epithelial function. RT-qPCR largely confirmed the RNA-Seq findings, and Western blot analysis showed similar trends at the protein level for selected targets. Conclusion: Nitrofen exposure induced extensive gene expression changes in BEAS-2B cells and affected pathways associated with stress response, metabolic regulation, and epithelial integrity. These findings suggest that nitrofen exerts multifaceted effects on human airway epithelium.
Benzer Tezler
- Akciğer kanseri hücre hattında cetuximab, cisplatin ve melatonin uygulamalarının p53 geni ve apoptoz aktivasyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of cetuximab, cisplatin and melatonin administration on p53 gene and apoptosis activations in lung cancer cell lines
CİHAN GÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyokimyaAtatürk ÜniversitesiVeterinerlik Biyokimyası Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SEÇKİN ÖZKANLAR
- İnsan akciğer hücre hattında (A549) propofol, ketamin ve propofol-ketamin kombinasyonunun sitotoksik ve antioksidan etkinliğinin araştırılması
Investigation of cytotoxic and antioxidant activity of propofol, ketamine and propofol-ketamine combination in human lung cell line (A549)
ZEYNO NUHOĞLU
Doktora
Türkçe
2025
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiVeterinerlik Farmakoloji ve Toksikolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHMAN AKSOY
- Küçük hücreli olmayan akciğer kanseri hücre hattında (A549) yeni bir tirozin kinaz inhibitörü olan pazopanibin (GW786034) antianjiyojenik etkilerinin araştırılması
Investıgatıon of A new tyrosıne kınase ınhıbıtor of pazopanıb (gw786034) antı-angıogenıc effects on NON-SMAll cell lung cancer cell lıne (A549)
BUKET DEMİRTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MİRİŞ DİKMEN
- A549 insan akciğer kanseri hücre hattında trastuzumab ve 5-fluorourasil kombine ilaç tedavisinin etkisinin incelenmesi
Investigation of the effects of combination drug treatment with trastuzumab and 5-fluorouracil on A549 human lung cancer cell line
ELİF KORKUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
GenetikBilecik Şeyh Edebali ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EROĞLU
- İnsan akciğer kanseri hücre hattında traıl ve bortezomib'in apoptoz yolağı genlerinin MRNA ve protein ekspresyonları üzerine etkilerinin araştırılması
Researching effects of trail and bortezomib on apoptosis pathway genes MRNA and protein expressions human lung cancer cell line
MEHMET ALİ ERKOÇ
Doktora
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DAVUT ALPTEKİN