Moleküler kenetlenme metodu ile β-mirsen ve meme kanseri hedef reseptörleri arasındaki etkileşimlerin analizi
Analysis of interactions between β-myrcene and breast cancer receptors using the molecular docking method
- Tez No: 1016894
- Danışmanlar: DOÇ. DR. PELİN BALÇIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser, küresel çapta en önemli morbidite ve mortalite nedenlerinden biri olup ölüm nedenleri arasında ikinci sırada yer almaktadır. Meme kanseri kadınlarda insidans açısından birinci sırada olup, kansere bağlı ölümlerde de ilk sırada yer almaktadır. Geçmişten günümüze hastalıklara bitkisel kaynaklı biyomoleküller ile tedavi yaklaşımı ilaç keşfinde merkezi rol oynamıştır. Bitkisel sekonder metabolitlerden olan terpenler, farklı yapıları, çeşitlilikleri, biyolojik etki spektrumları ve farmasötik potansiyelleri ile dikkat çekmektedir. Terpen ailesindeki monoterpen alt grubu temsilcilerinden β-Mirsen (7-metil-3-metilen-1,6-oktadien) şerbetçiotu, limon, defne, mine çiçeği gibi çeşitli aromatik bitkilerin yağlarında bulunmaktadır. Doğal kaynaklı bu bileşiklerin hücresel süreçlere etkileri ve biyomoleküllerle etkileşim potansiyelleri, kanser gibi kompleks hastalıkların moleküler mekanizmalarının anlaşılmasında önemli fırsatlar sunmaktadır. Bu tez çalışmasında meme kanserinde hücre çoğalmasında ve anjiyogenezde rol oynayan reseptörler ile β-Mirsen biyomolekülünün etkileşimi biyoinformatik analiz yöntemi kullanılarak incelenmiştir. Meme kanserinin progresyonunda insan epitelyal büyüme faktörü reseptörleri (ErbB) ve Vasküler Endotelyal Büyüme Faktörü reseptörlerinin (VEGFR) aşırı ekspresyonu; meme, akciğer, kolon, karaciğer ve pankreas gibi birçok kanser tipinde tanımlanmıştır. Çalışma kapsamında, VEGFR-1, VEGFR-2, VEGFR-3, HER2 (ErbB2) ve HER3 (ErbB3) reseptör yapıları hedef alınarak β-Mirsen protein-hidrokarbon ile arasındaki protein-ligand etkileşimleri in silico moleküler kenetlenme simülasyonları ile modellenmiştir. Modelleme sonucunda β-mirsenin, VEGFR-2 ve HER2 için yüksek afiniteye sahip olduğu ve ikili hedeflemede kullanılma potansiyeline sahip olabileceği tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Cancer is one of the most important causes of morbidity and mortality worldwide and ranks second among the leading causes of death. Breast cancer ranks first in terms of incidence among women and is also one of the leading causes of cancer-related deaths. The treatment of diseases using plant-derived biomolecules has played a central role in drug discovery from past to present. Terpenes, which are plant secondary metabolites, attract attention due to their diverse structures, wide biological activity spectrum, and pharmaceutical potential. β-Myrcene (7-methyl-3-methylene-1,6-octadiene), a representative of the monoterpene subgroup within the terpene family, is found in the essential oils of various aromatic plants such as hops, lemon, bay leaf, and verbena. The effects of such naturally derived compounds on cellular processes and their interaction potential with biomolecules provide significant opportunities for understanding the molecular mechanisms of complex diseases such as cancer. In this study, the interaction between the β-myrcene biomolecule and receptors involved in cell proliferation and angiogenesis in breast cancer was investigated using bioinformatics analysis methods. The overexpression of human epidermal growth factor receptors (ErbB) and vascular endothelial growth factor receptors (VEGFR) has been identified in many cancer types, including breast, lung, colon, liver, and pancreatic cancers. The scope of the study, protein–biomolecule interactions between β-myrcene and the receptors VEGFR-1, VEGFR-2, VEGFR-3, HER2 (ErbB2), and HER3 (ErbB3) were modeled using in silico molecular docking simulations. The modeling results revealed that β-myrcene exhibits high affinity particularly toward VEGFR-2 and HER2, suggesting that it may have potential for use in dual-target therapeutic strategies.
Benzer Tezler
- Yeni schıff bazlarının sentezi, karakterizasyonu, teorik hesaplamaları, antimikrobiyal aktivitelerinin ın vıtro ve ın sılıko olarak incelenmesi
Synthesis, characterization, theoretical calculations of new schiff bases, investigation of their antimicrobial activities in vitro and in silico
ARZU BODUR
- Synthesis of alkynyl-substituted pyrrole and 1,4-thiazepine derivatives
Alkinil-sübstitüye pirol ve 1,4-tiyazepin türevlerinin sentezi
ELİF SEREL YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN ZORA
- Structural dependence of protein binding and vibrational spectra of some odor molecules: Molecular docking and TD-DFT study
Koku moleküllerinin protein etkileşimlerinin ve titreşim spektrumlarının yapıya bağlılığının moleküler kenetlenme ve ZB-YFT ile incelenmesi
AYSUN SIRMA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
- C-C Coupling metodu ile 3,4-disübstitüye tiyofenlerin sentezi
The synthesis of 3,4-disubstituted thiophenes with C-C Coupling method
SUZAN MUTLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OKAN SİRKECİOĞLU
- PAR1 ve PAR4 genleri ile antikoagülan ilaç etkileşimlerinin kenetlenme yöntemi incelenmesi ve olası daha aktif ilaç moleküllerinin tasarımının yapılması
Investigation of anticoagulant drug interactions with PAR1 and PAR4 genes by docking methods and designing possible more active drug molecules
CEREN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
KimyaÜsküdar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY