PAR1 ve PAR4 genleri ile antikoagülan ilaç etkileşimlerinin kenetlenme yöntemi incelenmesi ve olası daha aktif ilaç moleküllerinin tasarımının yapılması
Investigation of anticoagulant drug interactions with PAR1 and PAR4 genes by docking methods and designing possible more active drug molecules
- Tez No: 643827
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Biyomühendislik, Chemistry, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gelişmekte olan ülkelerde kardiyovasküler hastalıklar en sık ölüm nedenlerinden biridir. Tromboz, dünyada ilk üç arasında kardiyovasküler hastalıklar yer almaktadır. Tromboz tedavisinde kullanılan trombin reseptörlerinden Proteaz ile aktive olan reseptörler, ilaç geliştirme için önemli hedeflerden biridir. Öncelikle incelediğimiz 19 adet bileşiğin geometri optimizasyonları, DFT/B3YLP/6- 31+G* metodu ile Spartan' 14 programıyla hesaplanmış, sistem için uygun doking programı ve uygun trombosit agregasyon inhibitörlerinin yapısını belirlemek için Protein Data Bankasından alınan PAR1 ve PAR4 ait üç-boyutlu yapı koordinatlarını içeren 3VW7 ve 3QDZ kodlu yapılar kullanılarak Autodock ve Autodock Vina Programları ile moleküler kenetlenme çalışması yapılmasıyla, Discovery Studio Visualer programı görselleştirmeler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Kenetlenme sonucu afiniteleri yüksek olan moleküllere hidrofilik ve lipofilik fonksiyonel gruplar takılarak tekrar afiniteler gözlenmiştir. PAR1 enzimi için 3VW7 PDB ID kodlu protein yapısı İndobufen molekülüyle kenetlenmesi ile afinitesi -9,0 kcal/mol 'den -9,9 kcal /mol 'e , PAR4 enzimi için 3QDZ PDB ID kodlu protein yapısı Vorapaxar molekülüyle kenetlenmesi ile afinitesi -8,6 kcal/mol'den -9,1 kcal /mol 'e çıkarılmıştır. Elde edilen docking çalışmaları ve aminoasit ligand etkileşimleri PAR1 ve PAR4 enzimi için daha iyi bağlanma enerjisine sahip olabilecek iki adet aday molekül tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Cardiovascular disease is one of the most common causes of death in developing countries. Thrombosis, cardiovascular diseases are among the top three in the world. One of the thrombin receptors used in thrombosis treatment, protease-activated receptors are one of the important targets for drug development. First of all, geometry optimizations of the 19 compounds we examined were calculated with Spartan '14 program with DFT / B3YLP / 6- 31 + G * method, the appropriate docking program for the system and the three-dimensional data of PAR1 and PAR4 taken from the Protein Data Bank to determine the structure of the appropriate platelet aggregation inhibitors. By using 3VW7 and 3QDZ coded structures containing structure coordinates, molecular interlocking studies were carried out with Autodock and Autodock Vina Programs, and by using Discovery Studio Visualer program visualizations. By attaching hydrophilic and lipophilic functional groups to molecules with high affinity as a result of coupling, affinities were observed again. 3VW7 PDB ID coded protein structure for PAR1 enzyme has an affinity from -9.0 kcal / mol to -9.9 kcal / mol by coupling with indobufen molecule, 3QDZ PDB ID coded protein structure for PAR4 enzyme has an affinity of by coupling with Vorapaxar molecule. It was increased from -8.6 kcal / mol to -9.1 kcal / mol. Obtained docking studies and amino acid ligand interactions. Two candidate molecules that could have better binding energy for PAR1 and PAR4 enzymes were determined.
Benzer Tezler
- Küçük hücreli akciğer kanserinin tedavisinde CAV/EP alterne kemoterapi protokolünün etkinliği, prognostik faktör olarak hipofosfatemi ile p53'ün önemi ve yeni tanımladığımız informatif bir mikrosatellit aleli (D5S67-6)
Efficiency of CAV/EP alternate chemotherapy protochol in small cell lung cancer, importance of hypophosphatemia and p53 as prognostic factor and recent described informative microsatellite allele (D5S679-6)
MUSTAFA PEHLİVAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiDahili Tıp Bilimleri Bölümü
Y.DOÇ.DR. UĞUR YILMAZ
- İzmir ili ve çevresinde cruciferae familyasına bağlı bitkilerde zarar yapan pieridae (Lepidoptera) türleri, önemleri, bunlardan lahana kelebeği Spieris brassicae (L.)Ö'nin biyolojisi ve populasyon dalgalanmalarına ...
Investigations on the species and their importance of pieridae (Lepidoptera) which harmful on crucifers at İzmir with the biology and factors affecting the population trends of large white butterfly Spieris brassical ...
PERVİN HINCAL
- Atopik dermatit hücre kültür modelinde sert suyun kallikrein-ilişkili peptidazlar ve oksidatif stres üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of hard water on kallikrein-related peptidases and oxidative stress in atopic dermatitis cell culture model
ALİ DORUK UZUNKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ÇAĞATAY KARAASLAN
- Niğde-Misli ovası topraklarının fiziksel özellikleri ve bu topraklarda nitrojen hareketi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
AHMET ALİ IŞILDAR
- Koyunlarda kuzulamanın kontrolü üzerinde çalışmalar
Studies on the control of lambing in sheep
TAYFUR BEKYÜREK
Doktora
Türkçe
1989
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiVeterinerlik Doğum ve Reprodüksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İ. HAKKI İZGÜR