Geri Dön

Solunum yolu semptomu olan hastalarda coronavirus'ların belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu

Detection and molecular characterization of coronaviruses in patients with respiratory symptoms

PDF İndir

  1. Tez No: 1017112
  2. Yazar: ASLIHAN BEKCİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Coronavirus'lar (CoV), hem kuşlar hem de memeliler dahil olmak üzere insanlarıda içeren geniş bir tür yelpazesini enfekte edebilen yaygın patojenlerdir. Bu tez çalışmasında; solunum semptomu olan hastalardan toplanan nazofarengeal sürüntü örneklerinde, tüm CoV'ları hedefleyen panCoV RT-PCR temelli bir yaklaşım ile CoV'ların sirkülasyonunun değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmaya 15 Eylül 2023 – 15 Eylül 2025 tarihleri arasında Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne solunum semptomları ile başvuran hastalara ait toplam 326 nasofaringeal sürüntü örneği dahil edildi. Bu çalışmada, Orthocoronavirinae ailesinin tüm üyeleri için ortak olan korunmuş RNA'ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) genom bölgesini hedefleyen panCoV primerlerinin kullanıldığı semi-nested RT-PCR tekniği uygulandı. Öncelikle nasofaringeyal sürüntü örneklerinin nükleik asit saflaştırılması; Invitrogen DNA/RNA Kit (Thermo Scientific, 12280050, ABD) kullanılarak üretici firma önerileri doğrultusunda gerçekleştirildi. Sonrasında "RevertAid™ First Strand cDNA Synthesis Kit (Thermo Scientific™, #K16291) ile cDNA sentezi yapıldı. RT-PCR tekniği uygulanıp dizi analizi gerçekleştirildi. Çalışmamızda PanCoV RT-PCR sonucunda toplam 326 örneğin 77 (%23,6)'sinde pozitif kontrol hizasında bant elde edildi. PCR pozitif 77 örnek arasından düzenlemesi yapılan 51 örneğin BLAST, NCBI veritabanında karşılaştırılması ile 36 (%11,0) örneğin SARS-CoV-2, 9 (%2,8) örneğin HCoV-OC43, 3 (%0,9) örneğin HCoV-NL63, 2 (%0,6) örneğin HCoV-HKU1, 1 (0,3) örneğin HCoV-229E olduğu belirlendi. Elde edilen bulgular, SARS-CoV-2 başta olmak üzere HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-HKU1 ve HCoV-229E gibi farklı insan CoV'larının çalışma popülasyonu içerisinde dolaşımda olduğunu göstermiştir. Çalışmada hastaların solunum semptomları, gastrointestinal sistem bulguları, diğer klinik bulgular ve kronik hastalık gibi bulgularına göre panCoV RT-PCR sonuçlarının dağılımı istatistiksel olarak farklı bulunmamıştır. Rutin tanıda kullanılan multiplex solunum paneline kıyasla pan-Coronavirus (panCoV) RT-PCR yöntemi ile daha yüksek oranda CoV pozitifliği tespit edilmiş olup CoV'ların belirlenmesinde daha geniş kapsamlı ve duyarlılığının yüksek olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, Mersin ilinde solunum yolu semptomları olan hastalarda panCoV RT-PCR yöntemi kullanılarak CoV'ların moleküler düzeyde araştırıldığı ilk çalışma olup, bölgesel CoV sürveyansı açısından önemlidir.

Özet (Çeviri)

Coronaviruses (CoVs) are common pathogens capable of infecting a wide range of hosts, including humans, as well as birds and mammals. In this thesis study, it was aimed to evaluate the circulation of CoVs in nasopharyngeal swab samples collected from patients with respiratory symptoms by using a pan-Coronavirus (panCoV) RT-PCR–based approach targeting all CoVs. A total of 326 nasopharyngeal swab samples obtained from patients who presented with respiratory symptoms to Mersin University Faculty of Medicine Hospital between September 15, 2023, and September 15, 2025, were included in the study. In this study, a semi-nested RT-PCR technique was applied using panCoV primers targeting the conserved RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) genomic region common to all members of the Orthocoronavirinae family. First, nucleic acid purification of nasopharyngeal swab samples was performed using the Invitrogen DNA/RNA Kit (Thermo Scientific, 12280050, USA) in accordance with the manufacturer's instructions. Subsequently, cDNA synthesis was carried out using the RevertAid™ First Strand cDNA Synthesis Kit (Thermo Scientific™, #K16291). RT-PCR was then performed, followed by sequence analysis. In our study, as a result of panCoV RT-PCR, bands corresponding to the positive control were obtained in 77 (23.6%) of the 326 samples. Among the 77 PCR-positive samples, 51 were successfully processed and analyzed by BLAST comparison in the NCBI database, revealing that 36 (11.0%) were SARS-CoV-2, 9 (2.8%) were HCoV-OC43, 3 (0.9%) were HCoV-NL63, 2 (0.6%) were HCoV-HKU1, and 1 (0.3%) was HCoV-229E. The obtained findings demonstrated that various human CoVs, particularly SARS-CoV-2, as well as HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, and HCoV-229E, are circulating within the study population. No statistically significant difference was found in the distribution of panCoV RT-PCR results according to patients' respiratory symptoms, gastrointestinal findings, other clinical findings, or the presence of chronic diseases. Compared to the multiplex respiratory panel used in routine diagnostics, the panCoV RT-PCR method detected a higher rate of CoV positivity, indicating that it is a more comprehensive and sensitive approach for the detection of CoVs. This study is the first to investigate CoVs at the molecular level using the panCoV RT-PCR method in patients with respiratory symptoms in Mersin province, and it is important in terms of regional CoV surveillance.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    893349

    Gastroenterit semptomu olan hastaların dışkılarında koronavirüslerin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu

    Detection and molecular characterization of coronaviruses in the stools of patients with gastroenteritis symptom

    ŞEYMA AKBULUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiMersin Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER

  2. Tez No

    857933

    GBP2 ve GBP5 gen ekspresyon düzeylerinin COVID 19 prognozuna etkisi

    The effect of GBP2 and GBP5 gene expression levels on COVID 19 prognosis

    ABDULLAH YÜCEL BABA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAHADIR FEYZİOĞLU

  3. Tez No

    847190

    Prediction of COVID 19 disease using chest X-ray images based on deep learning

    Derin öğrenmeye dayalı göğüs röntgen görüntüleri kullanarak COVID 19 hastalığının tahmini

    ISMAEL ABDULLAH MOHAMMED AL-RAWE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolGazi Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ADEM TEKEREK

  4. Tez No

    683802

    Çocuk acil polikliniğine önceki yıl wheezing ile başvuran okul öncesi çocuklarda prognoz

    Prognosis in preschool children presenting to the pediatric emergency department with wheezing in the previous year

    MUHAMMET ALİ ÇETİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DERYA UFUK ALTINTAŞ

  5. Tez No

    560218

    Kemoterapi sonrası febril nötropeni gelişen akut lenfoblastik lösemi, nöroblastom ve lenfoma tanılı çocuk hastalarda solunum yolu enfeksiyonu yapan virüslerin incelenmesi

    Investigation of respiratory viruses in febrile neutropenic children with acute lymphoblastic leukemia, neuroblastoma and lymphoma after chemotherapy

    DAMLA ALTINTAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM BAYRAM

Geri Dön