Erzurum ili sebze üretim alanlarında karbapenemaz üreten bakteri strainlerinin izolasyonu tanısı ve karakterizasyonu
Isolation, identification and characterization of carbapenemase-producing bacterial strains in vegetable production areas of Erzurum province
- Tez No: 1018409
- Danışmanlar: PROF. DR. KENAN KARAGÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada; Erzurum ilinde bulunan domates, salatalık, biber, marul ve maydanoz gibi çiğ olarak tüketilen sebzelerin üretim alanlarından alınan 33 toprak örneğinde karbapenem direnci gösteren bakteri yoğunlukları belirlenerek, karbapenem direncine sahip 73 bakteri straini izole edilmiştir. Yapılan fenotipik testler, bu strainlerden 19 tanesinin karbapenemaz üretebildiğini göstermiştir. Karbapenemaz üretimi fenotipik olarak doğrulanan strainlerin 16S rRNA sekans analizleri ile tanısı yapılmış, PZR testleri ile de 13 farklı karbapenemaz geninin (VIM, SPM, IMP, KPC, NDM, OXA, BIC, AIM, GIM, SIM, DIM, GES ve SME) varlığı araştırılmıştır. Veriler değerlendirildiğinde örnekleme yapılan alanlarda Pseudomonas ve Stenotrophomonas cinslerine mensup bakterilerin yoğunluğu dikkat çekmiştir. 16S rRNA sekans analizlerine göre strainlerden 5'i Stenotrophomonas maltophilia, 3'ü Pseudomonas pleccoglossicida, 2'si Stenotrophomonas geniculata olarak tanılanırken, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida, Pseudomonas hunanensis, Pseudomonas asiatica, Acinetobacter calcoaceticus ve Enterobacter cloacae türlerine mensup 1'er strainin varlığı tespit edilmiştir. Pseudomonas strainlerinden 3 tanesinin ise tür düzeyinde tanısı yapılamamıştır. PZR analizleri sonucunda farklı sınıflara ait 11 karbapenemaz geninin (IMP, VIM, NDM, BIC, OXA, KPC, DIM, GIM, AIM, GES ve SME) varlığı belirlenmiştir. Araştırılan 19 bakteri straininden 1'inde 3, 5'inde 2, 12'sinde 1 karbapenemaz geni tespit edilirken, 1 strainde araştırılan genlerden herhangi birinin varlığına rastlanmamıştır. Elimizdeki verilere göre tespit edilen bazı genlerin, bazı bakteri türlerinde bulunurluğu Dünya veya Türkiye özelinde ilk kez bu çalışma ile rapor edilmiştir. Elde edilen bulgular antibiyotik direncinin yalnızca klinik ortamlara özgü olmadığını, tarımsal üretim alanları içerisinde de önemli bir yayılım potansiyeline sahip olduğunu ortaya koymaktadır. Özellikle çiğ tüketilen sebzelerin direnç genleri açısından potansiyel bir rezervuar oluşturabileceği değerlendirilmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, the bacterial densities showing carbapenem resistance were determined in 33 soil samples taken from the production areas of vegetables consumed raw, such as tomatoes, cucumbers, peppers, lettuce, and parsley, in Erzurum Province, and 73 bacterial strains with carbapenem resistance were isolated. Phenotypic tests conducted have shown that 19 of these strains can produce carbapenemase. The diagnosis of strains confirmed phenotypically to produce carbapenemase was made thru 16S rRNA sequence analysis, and the presence of 13 different carbapenemase genes (VIM, SPM, IMP, KPC, NDM, OXA, BIC, AIM, GIM, SIM, DIM, GES, and SME) was investigated using PCR tests. When the data were evaluated, the density of bacteria belonging to the genera Pseudomonas and Stenotrophomonas in the sampled areas was noteworthy. According to 16S rRNA sequence analyses, 5 strains were identified as Stenotrophomonas maltophilia, 3 as Pseudomonas plecoglossicida, 2 as Stenotrophomonas geniculata, and one strain each as Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida, Pseudomonas hunanensis, Pseudomonas asiatica, Acinetobacter calcoaceticus, and Enterobacter cloacae, while 3 Pseudomonas strains could not be identified at the species level. PCR analyses revealed the presence of 11 carbapenemase genes (IMP, VIM, NDM, BIC, OXA, KPC, DIM, GIM, AIM, GES, and SME) belonging to different classes. Among the 19 bacterial strains investigated, 1 strain carried 3 carbapenemase genes, 5 carried 2, 12 carried 1, and no investigated gene was detected in 1 strain. According to the results, some gene–species associations were reported for the first time globally or in Türkiye. These findings indicate that antibiotic resistance is not limited to clinical settings and may spread within agricultural production areas, with raw-consumed vegetables potentially serving as reservoirs of resistance genes.
Benzer Tezler
- Beslenme alışkanlıklarının anne sütünde aflatoksin m1 varlığı üzerine etkisi
The impact of nutritional habits on the existenece of aflatoxin m1 in mother milk
MİNE CENGİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Besin Hijyeni ve TeknolojisiAtatürk ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. ZİYA GÖKALP CEYLAN
- Erzurum ili Uzundere ilçesinde farklı fizyografyaya sahip meyve ve sebze bahçesi toprak örneklerinin bazı özelliklerinin belirlenmesi
Determination of some properties of soil samples from fruit and vegetable garden with different physiography in Erzurum-Uzundere district
MUHAMMET ALTUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatAtatürk ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ADİL AYDIN
- Doğrusala yakın idealtalep sisteminin (LA/AIDS) bir uygulaması: Erzurum ili verileri
An application of linear aproximation of almost ideal demand system using data of Erzurum province
MUSTAFA BAYDEMİR
- Erzurum ili Tortum ilçesinin sosyo-ekonomik durumu ve tarımsal yayım faaliyetlerinin değerlendirilmesi üzerine bir araştırma
A Study on the socioeconomic situation and evaluation of agricultural extension activities of Erzurum country's Tortum district
MURAT SATILMIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
ZiraatAtatürk ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİYA YURTTAŞ