Geri Dön

Kalıtsal göz hastalıklarında yeni nesil dizileme ile saptanan genetik varyantların değerlendirilmesi

Evaluation of genetic variants detected by next-generation sequencing in inherited eye diseases

PDF İndir

  1. Tez No: 1019469
  2. Yazar: SÜHEYL ÖNAL
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TANER DURAK
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Göz Hastalıkları, Genetik, Eye Diseases, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: kalıtsal göz hastalıkları, yeni nesil dizileme, moleküler tanı, panoküler değerlendirme, varyant spektrumu, Göz hastalıkları-kalıtsal, inherited eye diseases, next-generation sequencing, molecular diagnosis, panocular evaluation, variant spectrum, Eye diseases-hereditary
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Pamukkale Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Kalıtsal göz hastalıkları, belirgin klinik ve genetik heterojenite gösteren geniş bir hastalık grubudur. Fenotipik örtüşme ve değişken ekspresivite nedeniyle yalnızca klinik değerlendirme çoğu olguda kesin tanı için yeterli olmamaktadır. Bu çalışmada, kalıtsal göz hastalığı şüphesiyle başvuran ve yeni nesil dizileme yöntemiyle analiz edilen olgular retrospektif olarak incelenmiştir. Çalışmada kalıtsal göz hastalıkları anatomik bölge sınırlandırması olmaksızın bütüncül olarak değerlendirilmiş ve genetik varyant spektrumu ortaya konmuştur. Klinik fenotiple uyumlu varyant saptanan 114 olgu çalışmaya dahil edilmiştir. Bir olguda dual moleküler tanı saptanması nedeniyle bulgular 115 moleküler tanı üzerinden değerlendirilmiştir. Varyantlar ACMG/AMP kriterleri ve ClinGen önerileri doğrultusunda yeniden sınıflandırılmıştır. Kohortta 58 farklı gende, 112'si birbirinden farklı toplam 136 varyant saptanmıştır. Farklı varyantların 36'sı literatürde daha önce bildirilmemiş novel varyantlardır. Moleküler tanıların 9'u ön segment, 97'si arka segment ve 9'u her iki segmenti etkileyen bozukluklarla ilişkilidir. En geniş grubu non-sendromik retinopatiler oluşturmuş, bunu siliyopatiler, metabolik/depo retinopatileri, familyal vitreoretinopatiler, optik sinir bozuklukları ve albinizm spektrumu izlemiştir. Bazı hastalarda klinik tablonun tek bir tanıyla açıklanamayacağı görülmüştür. Kopya sayısı değişikliklerinin (CNV) tanısal süreçte kritik rol oynadığı saptanmıştır. Ayrıca negatif veya yetersiz verilerin güncel bilgiler ışığında yeniden analiz edilmesi tanıya önemli katkı sağlamıştır. Çalışmanın retrospektif tasarımı nedeniyle sonuçlar toplum düzeyinde hastalık sıklığı veya tanısal verim olarak yorumlanmamalıdır. Bu çalışma, Türk popülasyonunda kalıtsal göz hastalıklarının moleküler çeşitliliğine katkı sunan tanımlayıcı bir kohort analizidir. Bulgular, kapsamlı dizileme yaklaşımları, CNV analizinin, aile içi segregasyon çalışmalarının ve periyodik varyant reanalizinin kalıtsal göz hastalıklarında tanısal doğruluğu artırdığını ortaya koymaktadır.

Özet (Çeviri)

Inherited eye diseases are a broad group of disorders demonstrating significant clinical and genetic heterogeneity. These disorders can affect different anatomical structures of the eye from the anterior to the posterior segment. Due to phenotypic overlap and variable expressivity, clinical evaluation alone is insufficient for a definitive diagnosis in most cases. In this study, patients who presented with suspected inherited eye disease and were analyzed using next-generation sequencing were retrospectively reviewed. The aim of the study was to evaluate inherited eye diseases holistically without anatomical region restrictions and to establish the genetic variant spectrum. A total of 114 cases with variants compatible with the clinical phenotype were included. Because a dual molecular diagnosis was identified in one case, the findings were evaluated based on 115 molecular diagnoses. Variants were reclassified according to the ACMG/AMP guidelines and ClinGen recommendations. A total of 136 variants, 112 of which were distinct, were detected across 58 different genes in the cohort. Among the distinct variants, 36 were novel. Of the molecular diagnoses, 9 were associated with the anterior segment, 97 with the posterior segment, and 9 with disorders affecting both segments. Non-syndromic retinopatities formed the largest group, followed by ciliopathies, metabolic/storage retinopathies, familial vitreoretinopathies, optic nerve disorders, and the albinism spectrum. In some patients, the clinical presentation could not be explained by a single diagnosis. Copy number variations (CNVs) were found to play a critical role in the diagnostic process. Additionally, reanalysis of negative or inconclusive sequencing data in light of updated knowledge contributed significantly to the diagnosis. Due to the retrospective design of the study, the results should not be interpreted as population-level disease prevalence or diagnostic yield. This study is a descriptive cohort analysis contributing to the molecular diversity of inherited eye diseases in the Turkish population. The findings demonstrate that comprehensive sequencing approaches, CNV analysis, familial segregation studies, and periodic variant reanalysis improve diagnostic accuracy in inherited eye diseases.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    855567

    Computational approaches for improving analysis of diagnostic next-generation sequencing

    Tanısal yeni nesil dizilemenin analizini iyileştirmeye yönelik hesaplamalı yaklaşımlar

    ERDEM TÜRK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    GenetikMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. BARIŞ ETHEM SÜZEK

  2. Tez No

    439578

    A genetic analysis of autoinflammatory diseases

    Otoenflamatuar hastalıklarda genetik analiz

    AYŞE BALAMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Moleküler Tıpİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  3. Tez No

    745404

    Alport sendromu ile ilişkili genlere ait varyasyonların yeni nesil dizileme (YND) metodu ile incelenmesi

    Investigation of genes variations associated with alport syndrome via the next generation sequencing (NGS) method

    CÜNEYD YAVAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Tıbbi BiyolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK

  4. Tez No

    979419

    Investigation of the functional effects of the msh2 a733t variant of uncertain significance identified in the turkish population

    Türk popülasyonunda bulunan klinik önemi bilinmeyen msh2 a733t varyantının protein fonksiyonu üzerine etkilerinin araştırılması

    CEREN ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  5. Tez No

    521074

    Algorithms for structural variation discovery using multiple sequence signatures

    Çoklu dizi sinyalleri kullanarak yapısal varyasyon keşfi için algoritmalar

    ARDA SÖYLEV

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CAN ALKAN

Geri Dön