Geri Dön

Alport sendromu ile ilişkili genlere ait varyasyonların yeni nesil dizileme (YND) metodu ile incelenmesi

Investigation of genes variations associated with alport syndrome via the next generation sequencing (NGS) method

PDF İndir

  1. Tez No: 745404
  2. Yazar: CÜNEYD YAVAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Alport sendromu (AS), kalıtsal bir nefrit olup, sensörinöral işitme kaybı ve ilerleyen vakalarda bazen gözlenen farklı göz değişiklikleri ile karakterize bir sendromdur. İlk olarak 1900'lerin başında rapor edilmiştir. Böbrek hastalıklarının incelenmesi ve değerlendirilmesi açısından göz önünde bulundurulan ve üzerinde çokça araştırma yapılmış bir sendromdur. Genel olarak, bu sendromun teşhisi klinik belirtilere ve aile üyelerinin dikkatli muayenesine ve bazal membran yapısının elektron mikroskobik değerlendirmesine dayanır. Hastalık esas olarak X'e bağlı baskındır. Ancak hastalığın otozomal resesif AS ve otozomal dominant AS vakaların sırasıyla yaklaşık %15 ve %20'sini oluşturur. Hastalığın genel popülasyondaki prevalansı net olmamakla birlikte 1/10000-50000 civarında olduğu tahmin edilmektedir. Alport sendromu, bazal membranın temel bileşenlerinden biri olan tip IV kollajenin α3, α4 ve α5 zincirlerini kodlayan COL4A3, COL4A4 ve COL4A5 genlerindeki patojenik varyasyonlardan kaynaklanır. Türkiye'nin farklı yerlerinde yaşayan AS şüphesi ile genetik kliniğine başvurmuş 125 hastanın erişkin ve pediatrik hastayı kapsayan bu çalışmada hastaların klinik bulguları ve genetik sonuçları incelenmiştir. Hastaların ilk değerlendirmedeki ortalama yaşları xiv 23.05±20 yıl (3-63 yaş) olarak hesaplanmıştır. Çalışmada yer alan hastaların 61'i (%48,8) kadın, 64'ü (%51,2) erkek olup kadın/erkek oranı 0,95'dir. Hastalarda en sık bulgu hematüriydi ve bunu ikinci olarak proteinüri izlemiştir. 18 hastada işitme kaybı tespit edildi. 45 hastada ise böbrek hastalıkları olduğu gözlendi. Fakat hastaların hepsinde klinik ile ilişkili olduğu düşünülen bir varyasyona rastlanmamıştır. 27 hastanın kliniğini açıklayabilecek tek gen ya da digenik patojenik/muhtemel patojenik varyasyona rastlandı. 16 hastada ise klinik önemi belirsiz (VUS) varyasyon tespit edilmiştir. Varyasyon tespit edilemeyen 82 hastanın AS ile benzer diğer sendrom ya da hastalıklar açısından değerlendirilmesi önerilmiştir. Bazı genetik hastalık grupları AS benzeri klinik göstermektedir. AS ile ilişkili genlerde klinik olarak ilişkili varyasyonlara sahip olmayan bu 85 hasta, Epstein sendromu, Fechtner sendromu, May-Hegglin anomalisi, Fabry hastalığı, Alport benzeri glomerülonefrit, MYH9 gen varyasyonları ve Sebastian sendromlarına benzer kliniklere sahip olduğundan, bu hastalıklarla ilişkili olduğu tahmin edilmektedir. Bu hastaların muhtemel diğer hastalıklar için daha fazla inceleme ile yeniden değerlendirilmesi gerekir. Bu çalışmamız 125 hastanın yeni nesil dizileme analizi sonucunda; 50 missense, 8 delesyon/duplikasyon, 17 splice bölge mutasyonu (+-20 baz), 3 3'UTR ve 25 sinonim (sessiz) varyasyonu olmak üzere toplam 103 varyasyon tespit edilmiştir. Bu varyasyonların 21'ü patojenik/muhtemel patojenik, 17'si VUS, 63'ü benign/muhtemel benign kriterlerinde saptanmıştır. Bu 103 varyasyondan 33 tanesinin yeni varyasyon olduğu saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

Alport syndrome (AS) is a hereditary nephritis, characterized by sensorineural hearing loss and different eye changes sometimes observed in progressive cases. It was first reported in the early 1900s. It is a syndrome that is considered in terms of the examination and evaluation of kidney diseases, and it is a syndrome that has been extensively researched and published. In general, the diagnosis of this syndrome is based on clinical signs and careful examination of family members and electron microscopic evaluation of basement membrane structure. The disease is mainly X-linked dominant. However, autosomal recessive AS and autosomal dominant AS constitute approximately 15% and 20% of the cases, respectively. Although the prevalence of the disease in the general population is not clear, it is estimated to be around 1/10000-50000. Alport syndrome is caused by pathogenic variations in the COL4A3, COL4A4 and COL4A5 genes encoding the α3, α4 and α5 chains of type IV collagen, one of the main components of the basement membrane. In this study, which included 125 adult and pediatric patients who were born in different parts of Turkey and applied to the genetic clinic with the suspicion of AS, the clinical findings and genetic results of the patients were analyzed. The mean age of the patients at the first evaluation was calculated as 23.05±20 years (3-63 years). Of the patients 16 included in the study, 61 (48.8%) were female and 64 (51.2%) were male, with a female/male ratio of 0.95. The most common finding in patients was hematuria, followed by proteinuria. Hearing loss was detected in 18 patients. Renal diseases were observed in 45 patients. However, no variation thought to be clinically relevant was found in all patients. A single gene or digenic variation was found that could explain the clinic of 27 patients. In 16 patients, variation of uncertain clinical significance (VUS) was detected. It was recommended that 82 patients with no variation be evaluated for other syndromes or diseases similar to AS. It was recommended to evaluate 82 patients whose variation could not be detected in terms of other syndromes or diseases similar to AS. Some genetic disease groups show AS-like clinic. These 85 patients without clinically related variations in AS-related genes are estimated to be associated with these diseases, as they have clinics similar to Epstein syndrome, Fechtner syndrome, May-Hegglin anomaly, Fabry disease, Alport-like glomerulonephritis, MYH9 gene variations, and Sebastian syndromes. These patients are needed to be re-evaluated with further examination for other possible diseases. As a result of the new generation sequencing analysis of 125 patients in this study; A total of 103 variations were detected, including 50 missense, 8 deletion/duplication, 17 splice region mutations (+-20 base), 3 3'UTR and 25 synonymous variations. 21 of these variations were pathogenic/likely pathogenic, 17 were of VUS, and 63 were found to be benign /likely benign. 33 of these 103 variations were determined as novel variations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    720841

    Alport sendromu ile ilişkili bazı genlerin biyoinformatik araçlar ile analizi

    Analysis of some genes associated with Alport syndrome with bioinformatic tools

    BEYZA RÜMEYSA ERGİNAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MESUT KARAHAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN

  2. Tez No

    625674

    Herediter böbrek hastalıklarına bağlı don dönem böbrek yetersizliği nedeni ile transplantasyon yapılan hastalarda hasta ve graft sağkalımını etkileyen faktörler

    Factor affecting patient and graft survival among patients receiving renal transplantation wi̇th end stage renal disease dur to hereditary reasons

    NURANA GULLER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Nefrolojiİstanbul Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YAŞAR KEREM ÇALIŞKAN

    DOÇ. DR. HALİL YAZICI

  3. Tez No

    913934

    Çocukluk çağı hematüri bulgusu ile başvuran olguların değerlendirilmesi

    Burkan B. evaluation of cases presenting with childhood hematuria

    BETÜL BURKAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bakanlığı

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜLİN GÜNGÖR

  4. Tez No

    158156

    Akut rejeksiyonda ve kronik allograft nefropatisinde panel reaktif antikor ve Fcγ reseptör gen polimorfizmi

    Başlık çevirisi yok

    NEŞE ÖZKAYIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    NefrolojiEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVGİ MİR

  5. Tez No

    371359

    COL4A4 geninde nukleotit yerdeğişimlerinin DNA dizi analizi yöntemi ile saptanması ve alport sendromu ile ilişkisi.

    The nucleotide substitution i̇n COL4A4 gene by using of the DNA sequnce analysis method and its associ̇ati̇on with alport syndrome

    İLKAY DEMİREL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AFİG BERDELİ

    PROF. DR. BAHATTİN TANYOLAÇ

Geri Dön