Identification of neoantigens specific to circulating tumor cells in non-small cell lung cancer
Küçük hücreli olmayan akciğer kanserinde dolaşımdaki tümör hücrelerine özgü yeni antijenlerin tanımlanması
- Tez No: 1020039
- Danışmanlar: PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARGA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Dolaşımdaki tümör hücreleri (DTH), klinik pratikte primer tümörün kanda dolaşan bir uzantısı olarak değerlendirilir. Bu çalışma, söz konusu varsayımın biyolojik açıdan özgün bir kompartmanı gizleyip gizlemediğini ve varyans-duyarlı analizlerin bu yapıyı açığa çıkarıp çıkaramayacağını sınamaktadır. Evre III küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) tanılı hastalardan tedavi öncesinde alınan DTH transkriptomları incelenmiştir (GSE249262; n = 24 DTH, n = 9 sağlıklı donör; Affymetrix Clariom S Human). Standart havuzlanmış analiz, yanlış keşif oranı düzeltmesinin ardından neredeyse tam sinyal kaybına yol açmıştır; bu durum istatistiksel güç yetersizliğiyle değil, DTH kompartmanı içindeki transkripsiyonel varyansın DTH-kontrol farkını aşmasıyla açıklanmaktadır. Beş metrikli konsensüs çerçevesiyle transkripsiyonel olarak uç örnekler belirlenmiş ve dışlanmak yerine biyolojik durum adayları olarak modellenmiştir. İki ayrı dolaşıma özgü transkripsiyonel yapılandırma tanımlanmıştır. Baskın DTH popülasyonu, interferon sinyalleşmesi ve antijen işleme yolaklarının koordineli baskılanmasını trombosit ilişkili yüksek gen ekspresyonuyla birlikte sergilemiş; bu örüntü immün baskılanmış bir duruma işaret etmektedir. Daha küçük bir alt grup ise aktif hücre döngüsü ilerlemesi, ribozomal biyogenez ve parsiyel epitel-mezenkimal geçiş özellikleri göstermiştir. Baskın popülasyonda ITGA2B ve ITGB3'ün eş zamanlı yüksek ekspresyonu, aktif tümör-trombosit etkileşimini desteklemektedir. HLA sınıf I bağlanabilirlik modellemesi, immün görünürlüğün antijen varlığından değil antijen işleme kapasitesinden belirlendiğini ortaya koymuştur. TCGA-LUAD transkriptomları, DTH'lerde saptanan immün baskılanma ve trombosit ilişkili örüntüyü yeniden üretememiştir. Yüzey hedef analizi, her yapılandırmada durum özgü, örtüşmeyen aday setleri belirlemiştir. Bu bulgular, DTH immün kaçışının antijen kıtlığından değil antijen işleme baskılanmasından kaynaklandığını göstermekte; sıvı biyopsi yorumlanması ve fenotip temelli terapötik stratejiler açısından önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Circulating tumour cells (CTCs) are typically interpreted as mobile extensions of the primary tumour. This study tests whether that assumption conceals a biologically distinct compartment and whether variance-aware analysis can recover its structure. Pretreatment CTC transcriptomes from stage III non-small cell lung cancer (NSCLC) patients were analysed (GSE249262; n = 24 CTCs, n = 9 healthy donors; Affymetrix Clariom S Human). Standard pooled analysis produced near-complete signal loss after false discovery rate correction, a consequence of intra-CTC transcriptional variance exceeding the CTC-control contrast rather than insufficient statistical power. A five-metric consensus framework was applied to identify transcriptionally extreme samples and retain them as candidate biological states rather than exclude them as outliers. Two circulation-specific transcriptional configurations were resolved. The dominant CTC population showed coordinated suppression of interferon signalling and antigen-processing pathways alongside elevated platelet-associated gene expression, consistent with an immune attenuated state. A smaller subgroup displayed active cell-cycle progression, ribosomal biogenesis, and partial epithelial-to-mesenchymal transition. Co-upregulation of ITGA2B and ITGB3 in the dominant population supports active tumour-platelet engagement rather than passive RNA contamination. HLA class I ligandability modelling indicated that immune visibility is governed by antigen processing capacity rather than antigen availability. TCGA-LUAD bulk transcriptomes did not recapitulate the immune-attenuated or platelet-associated programme observed in CTCs, confirming compartment specificity. Surface candidate prioritisation identified non-overlapping, state-specific targets with low normal-tissue expression. These results are consistent with antigen-processing suppression as a primary mechanism of CTC immune evasion, rather than antigen scarcity, with implications for liquid biopsy interpretation and phenotype-guided therapeutic strategies.
Benzer Tezler
- Detection of immune targetable cancer biomarkers in the cancer genome atlas datasets
Kanser genom atlası veri setlerinde bağışıklıkla hedeflenebilen kanser bı̇yobelı̇rteçlerı̇nı̇n tespiti
TALİP ZENGİN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoistatistikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Over kanserine yönelik terapötik aşı geliştirilmesi ve etkinliğinin incelenmesi
Development of therapeutic vaccine against ovarian cancer and investigation of its effectiveness
RABİA YILMAZ ÖZTÜRK
Doktora
Türkçe
2026
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RABİA ÇAKIR
- Identification of a theoretical framework for the natural-essential properties of settlements bound to human identity
Yerleşmelerin doğal-özge özelliklerinin insan kimliğine bağlı olarak kavramsal çerçevesinin tanımlanması
YUNUS EŞKİNAT
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
MimarlıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALUK PAMİR
- Identification of motives for language study at the Police Academy
Başlık çevirisi yok
NECAT KUMRAL
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
Eğitim ve Öğretimİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiYabancı Dil Olarak İngilizce Öğretimi Ana Bilim Dalı
DR. AARON S. CARTON
- Identification of the reading comprehension needs of the freshman students at the university of Gaziantep
Başlık çevirisi yok
MEHMET SEMİH SUMMAK